しばらく忙しさにかまけてサボっていたのがバレバレ。
Pawan Dhar, Tan Chee Meng, Sandeep Somani, Li Ye, Anand Sairam, Mandar Chitre, Zhu Hao, and Kishore Sakharkar
Cellware—a multi-algorithmic software for computational systems biology
Bioinformatics Advance Access published on February 10, 2004
Bioinformatics 2004 20: 1319-1321; DOI: 10.1093/bioinformatics/bth067
*Application Note
J. A. Izaguirre, R. Chaturvedi, C. Huang, T. Cickovski, J. Coffland, G. Thomas, G. Forgacs, M. Alber, G. Hentschel, S. A. Newman, and J. A. Glazier
COMPUCELL, a multi-model framework for simulation of morphogenesis
Bioinformatics Advance Access published on February 5, 2004
Bioinformatics 2004 20: 1129-1137; DOI: 10.1093/bioinformatics/bth050
うむむ。これは難しい（とりあえず関係ないんだが面白そう）。
Justin Ebedes and Amitava Datta
Multiple sequence alignment in parallel on a workstation cluster
Bioinformatics Advance Access published on February 5, 2004
Bioinformatics 2004 20: 1193-1195; DOI: 10.1093/bioinformatics/bth055
* Application Note
Zheng Rong Yang and Kuo-Chen Chou
Bio-support vector machines for computational proteomics
Bioinformatics Advance Access published on January 29, 2004
Bioinformatics 2004 20: 735-741; DOI: 10.1093/bioinformatics/btg477
この vector machine というのは、ベクトル計算機ではないみたいだ。
とりあえずあんまり関係ないので、いいや。
Kouichi Takahashi, Kazunari Kaizu, Bin Hu, and Masaru Tomita
A multi-algorithm, multi-timescale method for cell simulation
Bioinformatics Advance Access published on January 22, 2004
Bioinformatics 2004 20: 538-546; DOI: 10.1093/bioinformatics/btg442
E-Cell3 に、Gillespie-Gibson なモジュールを載せてる。
Thomas R. Kiehl, Robert M. Mattheyses, and Melvin K. Simmons
Hybrid simulation of cellular behavior
Bioinformatics 2004 20: 316-322; DOI: 10.
1093/bioinformatics/btg409
Gillespie とかのを、解析モデルと併用する話。かなり面白い。
Reference の Press et.al, 2002 は要チェックな感じ。日吉の図書館にある。
Numerical recipes in C++ : the art of scientific computing
Excel / FPGA
先週と今週の講義ではExcelの使い方をざっと教えているのだが、ペースの読みを大幅に間違えてしまったらしくて、途中までで終わることにした。まあ、切りのいいところで終わらせられたのでよしとしよう。
Excel は、ちょっと教えるのは難しいのだが、いろいろ式を操って計算をやらせる分だけ「コンピュータっぽい」よさがあって、Word とか PowerPoint みたいな、普通の文書成形っぽいものより、学生が理解したときの反応が良い感じだ。
ようやく雑用が片付いた感じなので、そろそろ研究モード。夜は研究室でFPGAのアーキテクチャに関する輪講。なんちゅうか、こう、勉強することは常にたくさんあるね。ちょっと思うところがあって、最近の FPGA/CPLD 製品のサーベイをしてみる予定。
乗ってるぜー
昨日泥だらけになっちまったので、洗車してたら遅くなってしまったが、今日は調子がよい。昨日と全然違って、しっかり乗れてる感じがする。往路は多摩川沿いを 36～38km/h で快調に飛ばして、車道を走るときは40km/hちょっとまでペースを上げるが、信号にひっかかりまくり。
大学まで36分15秒、平均時速30.6km。なんか、途中でsilviaを抜かしたら、悔しかったらしくてちょっと危ない運転をされた。だが言っておくぞ、排気音がうるさいだけで腕のないお前らより、俺のほうが速い。ましてや、峠なんか行った日にはぶっちぎりだな（ただし、下り）。
大学では学術振興会に出す申請書を手直しして提出して、それから明日の講義の準備をしたり、いろいろ。なんかこう、だいたい雑用が片付いた感じだ。講義も前半戦がしんどいスケジュールなので、これからだんだん楽になる感じ。研究するぞ、研究するぞ！
10時すぎになって明日の講義の骨組みができた感じなので帰宅する。なんか、今日は飛ばせる感じがしたので府中街道経由。信号でばしばし引っかかるものの、往路と同じくらいのノリで目一杯飛ばす。往復の平均時速は 30.5km で、所要77分2秒。ちなみに電車だと片道90分だ。どうだ参ったか。
Giro は今日は山岳で、Cunego が勝った。強いな。
ぺたっき
Giroではペタッキが絶好調で、昨日の第15ステージではついに8勝目を挙げてしまった。異常なまでの強さである。僕は、といえば、昨日は土砂降りの中を自転車で帰宅。昨日は普段の雨のときよりブレーキがちゃんと効いてくれて、快適に帰れた。背中の荷物が心配だったが、USPSのメッセンジャーバッグの防水性は意外にもばっちりである。二重構造になっていて、内側がちゃんと防水らしい。二子のあたりで雨はやんでしまった。
世田谷通りがなんか混んでるぞ、と思ったらオートバイの事故で、まあ、要するに不注意だったらしいが、通行どめにして現場検証が行われている最中だった。怖いなぁ。自分の責任でどっかに突っ込んで事故を起こすのならともかく、他人に突っ込まれて死ぬのだけは嫌だ。歩道に上がってすり抜ける。狛江通りで携帯電話で通話中の車にぶつけられそうになる。怖すぎ。
結局身体も自転車も砂だらけになってしまったので、服を着たまま風呂に直行するはめに。
ほげほげ。
こう、なんか、最近Web上で何かをする仕組みっていうのが急激に増えている気がして、たとえばWikiであったりBlogであったりするわけだけれど、どうもそういうのは苦手。きっとこれは、昔Unixのブラウザで日本語がちゃんと入らなかった（最近はそんなことないのでぜんぜん構わないわけだが）後遺症なのだな。
ともいってられないので、はじめてみることにした。
でも、他人のところのサービスを利用するのはなんか気持ち悪いので、MovableTypeをダウンロードしてきてインストール。比較的簡単だった。というか、非常によくできていて、セットアップが楽チン。
freeなやつを見つけるのに苦労したが、ここから、Movable Type Freeを選べばおっけい。