System Verilog tutorial @ デザインガイア

– 曖昧のない言語:- 検証を効率化 – 高度抽象化: TLM (Transaction Level Modeling) 構造のサポート。

– 記述量削減: 抽象度をあげるのではなく、RTL の記述効率を削減 (concise RTL)
– 曖昧のない言語: Verilog の信号競合は大問題
– 検証を効率化:
— advanced testbench 構文 (C++ like で、クラスが使える) 、assertion / coverage 構文
– 高度抽象化:
— HDL のピンモデル (in/out/inout + 0/1/X/Z) では抽象度があがらない
— TLM (Transaction Level Modeling) 構造のサポート (interface 構造)
— PLI に代わる DPI (Direct Programming Interface) で、C/C++ の function をそのまま verilog の function として呼ぶことが可能
[ 記述編 ]
Logic 型 (4値: 0, 1, X, Z)
– reg, wire の区別なく書ける
– wire として使用した場合にはドライバがひとつに限定され、race condition を防ぐ
Bit 型 (2値: 0, 1)
– シミュレーションの高速化
– 初期値は 0
typedef
– 可読性向上。わお。
– typedef logic[31:0] word_t; word_t A, B; みたいな感じ。
struct, enum
– C のといっしょ
多次元配列
– reg [3:0][7:0] mem [9:0] とかすると、byte enable [3:0] つきメモリみたいになる
interface
– インタフェイスを定義しておいて、各モジュールの宣言ではその名前だけかいてつなげる
always_comb / latch / ff
– 組み合わせ回路かそうじゃないのかをズバっと書ける。
– always_comb は sensitivity list がいらない!
unique/priority, case/if
– priority つきかなしかを指定できる
[ 検証編 ]
property
– やっていいこと悪いこと(禁止状態)、を記述

SBML Forum (Oct.12) @ Odaiba

大遅刻。 着いたら Narrator の説明やってたが、途中からでよくわからず。

大遅刻。
着いたら Narrator の説明やってたが、途中からでよくわからず。
Copasi の新しい paper が bioinformatics に載ったそうだ。
Layout Extension のやつも (Ralph Gauges が first author)
BioPAX: biological pathway exchange.
WOL (Web Ontology Language だっけ?) がベース。
220 も pathway database がある!! ので、共通のフォーマットを作りたいわけ。
PPI とか、そういうのはどうやって SBML に変換するかね?
SBML が well-defined なモデルの記述なのに対して、BioPAX は知識の記述な感じですな。

FPL実況

携帯電話が、実はカンペだったりする。 かっこいいが、バレバレだ(笑)。

ポスターの会場は大混雑
20060828010
発表中の宮田さん
20060828011
20060828012
発表準備中の吉見くん
20060828013
発表中の吉見くん。携帯電話が、実はカンペだったりする。かっこいいが、バレバレだ(笑)。
20060828014

ANSS’06

[宇宙開発・宇宙科学における数値シミュレーションの利用]混相流・軸振動・燃焼・破壊などのモデリング・シミュレーション。 シミュレーションの信頼性はどうか?

JAXA の計算科学シンポジウム。
別に、biology を辞める、とかそういうわけではないんですが、
流体方面の方から共同研究のお話をいただいたので参加してみました。
CFD はぜんぜんやったことがないのですが・・・
[宇宙開発・宇宙科学における数値シミュレーションの利用]
– 構造解析
– 混相流
– ロバスト最適化
など。Robust な解を探すのはどこでも重要だな…
流体でもキャビテーションがあったりとか、液滴を含む燃焼系とか。
シミュレーションの信頼性はどうか?精度は?といったところが問題。
航空機体周りに関してはかなりいろいろ進んでいるが、宇宙ではそうもいかない。
流体以外のシミュレーション技術の innovation が必要。
エンジン解析・プルーム音響解析(衛星へのダメージなど)・プラズマ系解析(衛星の帯電など)、など。
宇宙では Euler ではだめで、粘性・剥離をちゃんと考えないとダメ。
直交格子だけで計算すると精度的にしんどい場合もあるので、物体近くでは補助格子を使うとか。
火星の大気密度は地球の 1/100 、音速は 2/3 。
速度をあげるとあっという間に遷音速になっちゃうので、揚力を稼ぐのはけっこう大変。
そんなシミュレーションもあるんだな。
[航空機開発のためのCFDの現状と課題]
A380 とか B787 とか、どんどん大きくなるのでとても大変そう。
大型機も小型機も開発競争。
最近の航空機の設計でいちばんしんどいのは遷音速 (transonic) な部分の計算が入ったこと。
いままでは要素設計をやっていたが、これからは全機設計する時代だぜ。
ツールはそろってきているが、精度はどうなのか?
macro な最適化はけっこう大変。勾配法は速いけど local minimum に落ちてしまいがち。GA 使ったりする人もいる。設計最適化をやる場合は、形状定義とかが難しい・・・人工生命を使ったデザイン最適化とか、できるかも!?
micro な最適化も重要。実験だと難しくて、CFD を使うことで幸せになれる可能性も。
機体がでっかいと、micro な最適化を全体に適用したときの効果は大きい。
欧州は Airbus を中心にして産官学の連携がうまくいっているっぽい。
[革新的計算科学技術への展望]
設計最適化で、いろんな要素を最適化する方法が必要(MDO: 多目的最適化?)。
SOM (自己組織化マップ) なんかを使ってやるわけですよ。
計測融合シミュレーション。
航空機で生データを測定して、晴天乱気流のシミュレーションとか。 
[Supercomputing History]
小柳先生。
日本製の supercomputer が top500 に占める割合がどんどん下がっている、と大変お嘆きでした。
中国 (Lenovo) とかも supercomputer を作る気らしいぞ。
日本も頑張らないとな。

RECONF2006 @ 東北大 Day 1

[ Flex Power FPGA における最適ボディバイアス電圧値組み合わせの詳細な分析 ]Vth の異なるトランジスタを使い分ける – リークの大きな高速トランジスタの使用を限定: コンフィギュレーションメモリなど、動作速度の関係ないところを作り分けるには効果的FlexPower FPGA ではダブルゲートトランジスタで Vth を配置配線後に最適化する方法を採っている。 これは、供給バイアス電圧を変更することで実現している。

東北大にきています。
最近ほとんど寝ないで仕事してたので、非常にねむい。

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科学技術振興調整費「システム生物学者育成プログラム」シンポジウム

[ 榊原先生: ゲノム上の非コード領域の解析 ]「この3年間に生成されたデータは過去4万年の間に蓄積されたデータの総量よりも多い」という統計があるらしい。 そうかもな。

[ 榊原先生: ゲノム上の非コード領域の解析 ]
「この3年間に生成されたデータは過去4万年の間に蓄積されたデータの総量よりも多い」という統計があるらしい。そうかもな。
プロモータ領域の解析:転写因子結合部位
機能性RNA (非コードRNA) の同定と解析: tRNA とか snoRNA
細胞内転写物の 98% が非コード RNA  かも。RNA 干渉による発現制御が行われている?
転写因子結合部位(モチーフ)
共通配列パターンの検出: データマイニング。
結合「する」「しない」の両方のデータを使って精度を向上。
RNA配列の2次構造と文脈自由文法。回文構造のところには非コード RNA が潜んでいる可能性が高く、これを見つけてやる。構造的アライメント手法の開発。PHMMTS。