月: 2007年10月

777

そういえば、こっちくるときのフライトは 777 だったんだが、747 だと窓側の席の上にあるエアコンの吹き出し口が、777 では通路上に設置されており、静かなのと、直接風が当たらないので快適だった。こないだ SQ の 747 で LAX に飛んだときは、
寝ている間に眼が乾いちゃって、左眼の表面に傷が付いて、最初の一日はよく見えなくて不快だったんだけど。
777 までは通路上2カ所から下向きに風が出ていたのが、787 は左右のラゲッジスペースの上下計4カ所からの横向きになるんだそうだ。787 はもちろんボーイングの機体だが、多くの日本の部品と、launch customer である ANA の意見ががっちり入っており、そういう飛行機が来年から世界中を飛ぶというのは、日本のエンジニアとして、なんだか嬉しい。

US

今年二度目のアメリカ。
海岸のリゾートな感じの場所にあるカンファレンスの会場からダウンタウンのホテルまで、歩いて30分。昔大暴動が起きたロス近郊であり、ダウンタウンは、特に夜なんかは、それなりに怖い。怖い、というのは、結局のところ、アメリカの社会のさまざまな問題が顕在化した結果なのだ。それに比べれば、日本はまだマシだと思う。もちろん、日本も昔と違って、アメリカ化しつつある気がする。みんなでちゃんと考えていかないとね。で、結局、滞在中は、夜に会場から戻ってくるときも含めて、公共交通機関は使わなかったのだが (電車の切符は一度買ったのだが、全然こないのでついカッとなって、歩いて帰ってきてしまった)、安全を確保するために大事なのは「地元の人っぽく振る舞う」ことなんじゃないか、という話を、昼食のときにウィーンの大学の先生とた。地図をみてキョロキョロしたり、というのが、やっちゃいけないことの代表例だ。他民族国家だし、サングラスかけてヘッドフォンして歩いてれば、地球の反対側からやってきた奴だとは誰も思わない。
ま、いろんなことはあるが、この国の連中は基本的にみんな気のいい奴であり (ワシントンあたりの偉い人たちは違う気がする。これは日本でも同じだ)、僕は彼らが好きだ。彼らはたぶん、僕ら日本人と違って誰もが、おおらかに人生を楽しむ、ということを知っている。
ああ、この国の人たちっていいな、と思ったのは何年か前に UA の LAX 行きの便に乗った折、定刻より 45 分くらい早く着陸して、そのときに客席から一斉に拍手が起きたときだ。その頃はまだ、アメリカにはほとんどきたことがなくて、だから一人で街を歩いたこともなかった。だから、アメリカというと、なんかこう、犯罪に巻き込まれるイメージしかなくて、一歩引いたところから見ていたのだけれど、その時に僕のアメリカ像がだいぶ変わった気がする。日本人は飛行機がはやく着陸したからといって、拍手なんかしないけど、この人たちは素敵だな、と思ったのだ。
ただ、ここに住むか、といわれると、やっぱり日本とか、あるいは欧州の田舎とか、そういうところのほうがいいかなー、と思うのだが…

SBML Forum: Day 2

[ Changing Volumes: S. Hoops ]
体積が変化する場合、initialAmount の場合と initialConcentration の場合で、違う挙動をしなきゃいけない (concentration なら維持するが、amount なら濃度が変化しなきゃいけない… んだと思う)。
hasOnlySubstanceUnit flag
[ MathML: N. Le Novére ]
扱えるようにしたいもの:
sum, product, vector, matrix, selector etc.
SBML は MathML の使える範囲を限定するべきかどうか? うむむ。
[ Putting state-variables on SBML entities: N. Le Novére ]
Stochsim のモデルのプロパティの縮小版。
[ Rule-based modeling ]
Reaction based modeling = 数式に帰着できる
Rule based modeling = SBGN
たとえば physical entity (bond とか) 。
なにがどこに bind みたいのを書ける (いまは celldesigner とかが独自に表現しているやつだ)。
[ らいねんの Hackathon ]
3月に すてれんぼっしゅ (South Africa)
うわ、マジ遠いな…
[ SBML Development process: M. Hucka ]
12月に選挙をして来年から Editor がふえるよー。

SBML Forum: Day 1

[ Status of SBML: M. Hucka ]
Survey by Klipp et al. [ Nat. Biotech. Apr 07]
– 80% は標準化が必要だと認識
– 60% は SBML を使っているといっている
今後の課題
– Validation: Test suite の充実
– Semantics: MIRIAM + SBML recommendation (annotation approach), SBO (annotations regarding mathematical approach), etc.
– Governance: SBML の開発体制をどうするか
[SABIO-RK database: M. Golebiewski @ EML]
シミュレーションには実験による kinetics data が必要で、その kinetic parameter は環境条件によって大きくことなり、酵素の活性とかは生物種その他によって異なる。そういうのを網羅的に扱うデータベース。
人手による作業が大変そうだ。
[ VCell: J. Schaff ]
PIP2 diffusion のシミュレーション結果とか出てた。How cool!
[ SBML3 orientation: M. Hucka ]
SBML を「モジュール化」する。たとえば XML の namespace を使って。
じゃあ、SBML3 の “Core” はどうすればいい?
Level 3 でできてほしいこといろいろ。
[ Modifying SBML level 2 to be Level 3 Core: N. Le Novére ]
なんとかしたいこと
– Inclusion
– Unit of kineticLaw
– Extension of MathML
– No mandatory orders on dependencies
< listOfModules > ができるかな?
[ Model Composition / Aggregation: I. Moraru ]
階層構造は atoms which are not really atomic で実現される。なるほど。
Hierarchal model extension
– Model Container: listOfSubmodels
– Linking elements = overloading: ListOfReplacements
[ Spatial modeling : J. Schaff ]
mesh とは限らないぞ！
1次元や2次元 (膜とか) の系もある。
場、とかも考えねばならないときがある。
うひー。