朝、寺町通りの小松屋とか錦市場の畑野軒でお菓子を買う。
お昼はラーメン。おいしゅうございました。
関東にも進出しているらしい。
伊丹から長崎行き。はじめての 737NG。しかも、隣同士のゲートに JA01AN と JA02AN が並んでおり、金色の ANA 特別塗装がかっこいい！
で、長崎ついて、そのまま大学へ (つづく)。
[高温・高圧の地下原油鉱床における固有微生物群とその特性]
秋田市八橋、新八橋油田。
- SR123 1687m, 98度, 113atm
- SR39 1100m, 74度, 29.2atm
のふたつの井戸から、地層水を含めてサンプルを直接採取。ここは海水注入とかそういうことはしていない井戸で、地表の取り出し口じゃなくてその地層のところから直接サンプルを採取している。
菌種の分布には違いがある。
高熱性の菌は GC-content が高いので、それを使って並べ替えると面白い。地表の取り出し口ではいろんな菌が増殖している。油井を掘るときに岩を削るのにたくさん水を流すので、そこでコンタミして、昔はいなかった連中がいる可能性もある。
重要なのは Bacteria と Archaea がうまくまじっているということ。酸素がない状況で Bacteria が有機物から水素を生成して Archaea がそこからメタンを作ることによる栄養共生。
[ランチョンセミナー]
Roche GS Junior
- Read length: 350bp
- Reads/run 100,000
- レーザープリンタと同じくらいのサイズで、机における。経済性を追求。
- 454 の 1/3 くらいの値段 (キャピラリーシークエンサと同じくらいの値段?)
- 2000万円あれば周辺機器も全部買えます。本体は1500万円くらいかな? コンピュータも付属
- 1 run の費用は10万円くらい
GS FLX Titanium 1k
- Read length: 1000bp
- Reads/run: 1,000,000
ガスケットで仕切るのと tag を使って分けるのとどっちがいい？ → サンプルが少ないときはガスケット使った方が簡単。
[受賞記念講演]
真核生物の研究は酵母や動物細胞で行われており、植物では遅れている。
植物は倍数体が多いのでしんどいが、光合成をする真核微生物であれば、いろいろなことがわかる。
なるほどなー。
アブラムシの共生細菌からの水平転移遺伝子群。細胞内共生。
もう細菌は住んでいないけど、水平転移して残っている、というのがある。
共生とか寄生は面白いなあ (寄生されるのは、いやだけど)。
[マルカメムシ類の腸内に存在する必須共生細菌イシカワエラの比較ゲノム解析]
植物師管液を主たる栄養源とし、腸内に必須共生細菌イシカワエラをもつ。
ダイズでどれくらい繁殖できるか、というのが共生細菌で決まっている。
[Metagenomics-based 16S ribosomal RNA gene profiling]
454を使うので、chimera ができたり PCR bias がかかったりしない。
そうかー。うーん。やっぱり metagenomics って難しいんだなあ。
[比較ゲノム解析から発見されたグラム陰性細菌の新規タンパク分泌機構]
慢性歯周病の最重要細菌 Porphyromonas gingivalis.
偏性嫌気性、糖非発酵性、タンパク質分解酵素産生分泌、ヘム鉄要求性...
(つまり血液寒天培地で増やす)
II 型、III 型の分泌機構をもっていない！
この新しい分泌機構は2成分制御系で動いている。でもなんでだろ？
外部環境との関係とかがあるのかな、というお話。
[酢酸菌のゲノム易変異性の解析]
リケッチアとか根粒細菌と同じ Alpha-proteobacteria だけど独立して増殖できる。
ナタデココ (セルロース) を合成する奴もいる。
いろいろな carbon source を使っていろいろな二次代謝産物を作るのでよく使われるが、培養している間にどんどん形質がかわって、複数のコロニーを形成するようになることがある。
プラスミドが7つとか、たくさんある。それから、全遺伝子3000くらいで、そのうちトランスポゾンが300個くらい。10% 近いので、わりと多い方。Microsatellite, short tandem repeat がみられ、その長さで DNA polymerase III とか DNA helicase が変わってしまう。
90kbp とかの欠失が起きている株もあり、このグループの連中は genome reduction が起きやすいのかも?
大きな欠失があっても代謝系が壊れない (死なない) のでいろいろな mutant が見つかるのかも、というコメントも。
[転写開始点の塩基種に依存した枯草菌の緊縮転写制御ネットワークの解明]
アミノ酸飢餓状態とかでの転写制御系が、転写開始点の1文字目2文字目が A か G かで正の制御になるか負の制御になるかが違う。GC 含量ってそういうところにもきくのかな？なんか面白いね。
大腸菌と枯草菌では違う系だということだけど、他はどうなってる？ → グラム陽性・陰性でずばっと分かれるのかも。
[新規情報学的手法によるインフルエンザAウイルスの俯瞰的可視化及び新型H1N1の変化予測]
BLSOM で、4塩基連続頻度をマップしてみると宿主別にきれいに分かれるよ、というお話。でも、新型H1N1はいままでの human のとは傾向が違って、avian のとの境界あたりにマップされる。これ使うと、いろんなインフルエンザウイルスのどれが次にヒトに感染しやすいか、みたいなのを計算できる。
Human flu は AT rich らしい。まじで？
[次世代シーケンサSOLiD3システムを用いた泡盛実用黒麹菌の比較ゲノム解析]
A. niger, A. awamori, A, saitoi など。
A. niger などの既報配列と比べたり。
GejiGeji: リファレンスと2試料について類似性を調べるツール (これ、read depth がずっと出るわけだけど、けっこう面白いな)。これを使ってみると、それぞれの麹菌株に特徴的な欠失領域があり、A. awamori と A. niger は大きく異なることがわかった。
欠失があるのはわかったが、特異的に多いところというのはわからない？ →いまの解析方法だとわかんないです。
[バクテリアゲノムのリシーケンスによる変異解析とその問題点]
枯草菌168のリシーケンスのお話。枯草菌がみんなに配布されてから20年で、その間にいろいろ変異が溜まっておる。
maq (ungapped) と bwa (gapped) を使っている。
挿入・欠失など De novo のところは velvet + mummer を使っている。
いろいろなところの株を読んでみた。SNPは遺伝子の中に、indel は遺伝子間に多い。変異はいろいろあるが、どこでも同じようなところの変異が起きている。3rd letter の変異率が高い (42%)。ナンセンス変異は起きていない。
[多数株の種内比較によるゲノム進化ダイナミクス解析]
ピロリ菌日本株。
Mutagenesis, recombination, rearrangement で、とにかくゲノム進化が速い。
正確に読みたかったので Sangar 法で読んだ。
東アジア株はずいぶん遺伝的に遠いんだな。
1200の遺伝子について、RECOGを使ってマッピングしている。
東アジア株で特異的に喪われている遺伝子が5、特異的に存在する遺伝子が３。
東アジア株で特異的に重複が起きている、あるいは逆の遺伝子もある。などなど。
Mauve で rearrengement を計算している。Mauve か・・・悲しい。
[大腸菌における複製と翻訳の遺伝的ネットワーク解析]
E.coli の網羅的一遺伝子ノックアウトライブラリ (Keio collection) を使ってる。
ミーティングで日吉に行ったりで、けっこう走った。
メンテナンスのために、シマノの2万円くらいのホイールに変えているんだが、これくらいの距離なら悪くない。合成が低いから加速は悪い気がするけど、乗り心地はふわふわしてて楽ちん。
54.04km @ 24.6km/h (2h11m26s) odo 8095.4km
今日はちょっと時間をとって、自転車を整備することにした。何かと忙しくて後回しにしがちだけど、ちゃんとやらないと、あちこち傷むしね。
洗車して、予備のホイール (WH-R550) についていた古いタイヤをはがして、ハブをグリスアップしてリムフラップからタイヤまで交換。かなりの重労働だった。これでしばらく予備のホイールで走れるんだけど、後輪のフリー側はかなりグリスがどろどろになっており、ベアリングの球もちょっと曇っていたりして、心配な感じ。まあ、ボールレースは錆びてなかったし、大丈夫でしょうけれど。タイヤはずっと前に買ってあった Panaracer Extreme Evo2 と、Valiant Evo2. 同じのを2本買ってあるつもりだったんだけど、違ったか。ま、基本的に同じようなタイヤなので、予備としてはこれでいいでしょう。
ハブの調整は汗をかかない時期にやったほうがいい気がするので、気合い入っているほうのホイールも近々ちゃんとやろうと思う。が、今日は時間と体力がなくなったので、これでおしまい。
雨降ったり体調崩したり出張したりして、3週間ぶりに乗った。
まだ胃の具合があんまりよくなくて、帰りは全然飛ばせない感じで、まあ、のんびり。
23.15km @ 23.6km/h (58m51s) odo 8041.4km
It's important to know the RCB, read completion boundary to decode the completion TLPs for read request.
The RCB configuration is written in the Link Control Register, bit 3. The bit is 1'b0 if the RCB of root complex is 64 bytes, and 1'b1 for 128 bytes.
FYI, the bit appears on cfg_lcommand[3] on Xilinx's Endpoint Block Plus.
土曜の夕方からずっと胃腸炎で寝込んでいたわけですが、その間にも夢に PCI Express の transaction layer interface (Xilinx のやつ) の波形が出てきたりして、だいぶそっち方面でも病的だった。
昨日は死んだように眠っていたので、ほとんど何もしなかったんだけど、今日は布団の中で上半身起こして、わりとごりごりやって、RTL の波形ではかなりいい感じになった。少なくとも、Handshake はちゃんとできている感じ。
あとは、ヘッダをちゃんと作るとか、上位のモジュールとやりとりするための信号をいくつか作り込めばあとは、いま動いている PIO なインタフェイスとくっつける作業かな..
The comment out by C-c C-c is very cool:
/* -----\/----- EXCLUDED -----\/-----
#(2*STEP)
trn_tdst_rdy_n <= 1;
#(1*STEP)
trn_tdst_rdy_n <= 0;
-----/\----- EXCLUDED -----/\----- */
While I'm writing a DMAC on my Virtex-5 PCIe card, I've found that the "MAX_PAYLOAD_SIZE" register has only 3 bits, while the size will be between 128 and 4096. And here's the answer:
3'b000 128B
3'b001 256B
3'b010 512B
3'b011 1024B
3'b100 2048B
3'b101 4096B
3'b110 Reserved
3'b111 Reserved
(from Xilinx application note XAPP1052 documentation).
and now I can continue!
Recent Comments