きのうきょうあした

緒論くらいは一気に書きたいです。… 家はとても寒いんだけど。

教員公募一件出しました。
論文誌の条件付採録のやつを修正しています。
博士論文書き始められそうです。緒論くらいは一気に書きたいです。
風邪を引きそうなので今日は自宅でお仕事です。家はとても寒いんだけど。

MathSBML で EPS を吐きたいアナタに

東大の加藤先生の Mathematica FAQ を参考にさせていただきましたですよ。

東大の加藤先生の Mathematica FAQ を参考にさせていただきましたですよ。
つまり、ふつうは
m=SBMLRead[“hogehoge.xml”] (ぺし)
n=SBMLNDSolve[m,100] (ぺし)
SBMLPlot[n] (ぺし)
とやってグラフがでるわけですが、
p=SBMLPlot[n] (ぺし)
Display[“hogehoge.eps”, p, “EPS”] (ぺし)
とか叩けばいいわけです。
vector graphics なフォーマットとしては、APS (Mathematicaな何か。PS 準拠?), EPS, PDF, PICT, SVG, WMF などがつかえるもよう。
で、結局何がしたかったかというと、色つきのグラフを白黒にして、点線と実線にしたかったんですが、SVG を出力して、SVG なら手でも書けるぜー、とかいいながら修正しました。Emacs でいじって、sodipodi で確認して別のフォーマットに落とせばおっけー。WMF (Windows Meta File) にして、visio かなんかで編集するのも手かもしれません。

せいのうひょうか

なんか、CellCycle (Goldbeter, 1991) のモデルをまわしたときの性能を計算してみたら意外に速いかも。… ところが、手元に PowerPC しか MPU がないので、vs Intel な評価がとれないですよ。

逃げようと思ってたら443センセイにおこられました。ほんとすいません。
なんか、CellCycle (Goldbeter, 1991) のモデルをまわしたときの性能を計算してみたら意外に速いかも。単体で 3.5Mreaction/sec. くらいで、面積的には半分しか使ってないので、もう一個のせれば 7M になる計算だ。
ところが、手元に PowerPC しか MPU がないので、vs Intel な評価がとれないですよ。
明日やろう。

きんとれっくす

実はしばらくサボっており、自転車にものれなかったので、けっこう体重が増えてしまっている。 ということで、食事とかもかなり節制気味。

筋トレ再開しました。実はしばらくサボっており、自転車にものれなかったので、けっこう体重が増えてしまっている。ということで、食事とかもかなり節制気味。
春までに完全復活します。
みてろよ！

D論

そろそろ書きますよ

  • 緒論
  • 背景・関連研究
    • Modeling / Simulation Platform
      • 生化学モデル
        • 反応速度式とか
        • 確率モデルを使う方式もある (\cite するだけだな)
        • SBML とか CellML とか
      • BioModels.net とかのデータベース
      • シミュレータ (software based ones)
    • FPGA-based なシステム
      • スパコンとか
      • 科学技術系のアプリケーション
      • FPGAs in Bioinformatics
  • ReCSiP の構成と実装
    • 設計目標
      • なぜFPGAか
      • モデルの定義
      • 性能目標と用途
    • 基本方式
      • 静的パイプライン構成
      • 反応経路処理機構
    • 構成
      • 反応速度式 (Solver Core)
      • 積分の方式
      • スイッチ
      • インタフェイス
  • 評価と考察
    • 評価
      • 面積
      • 速度
      • CellCycle
    • 基本性能向上のためのアプローチ
      • Multi-threaded Simulation
      • パラメータスキャン機構
    • 拡張性
      • 分散スイッチ構成
      • マルチチップ構成
  • 結論
  • 付録: ボードのおはなし