投稿者: yasu

[ Changing Volumes: S. Hoops ]
体積が変化する場合、initialAmount の場合と initialConcentration の場合で、違う挙動をしなきゃいけない (concentration なら維持するが、amount なら濃度が変化しなきゃいけない… んだと思う)。
hasOnlySubstanceUnit flag
[ MathML: N. Le Novére ]
扱えるようにしたいもの:
sum, product, vector, matrix, selector etc.
SBML は MathML の使える範囲を限定するべきかどうか? うむむ。
[ Putting state-variables on SBML entities: N. Le Novére ]
Stochsim のモデルのプロパティの縮小版。
[ Rule-based modeling ]
Reaction based modeling = 数式に帰着できる
Rule based modeling = SBGN
たとえば physical entity (bond とか) 。
なにがどこに bind みたいのを書ける (いまは celldesigner とかが独自に表現しているやつだ)。
[ らいねんの Hackathon ]
3月に すてれんぼっしゅ (South Africa)
うわ、マジ遠いな…
[ SBML Development process: M. Hucka ]
12月に選挙をして来年から Editor がふえるよー。

[ Status of SBML: M. Hucka ]
Survey by Klipp et al. [ Nat. Biotech. Apr 07]
– 80% は標準化が必要だと認識
– 60% は SBML を使っているといっている
今後の課題
– Validation: Test suite の充実
– Semantics: MIRIAM + SBML recommendation (annotation approach), SBO (annotations regarding mathematical approach), etc.
– Governance: SBML の開発体制をどうするか
[SABIO-RK database: M. Golebiewski @ EML]
シミュレーションには実験による kinetics data が必要で、その kinetic parameter は環境条件によって大きくことなり、酵素の活性とかは生物種その他によって異なる。そういうのを網羅的に扱うデータベース。
人手による作業が大変そうだ。
[ VCell: J. Schaff ]
PIP2 diffusion のシミュレーション結果とか出てた。How cool!
[ SBML3 orientation: M. Hucka ]
SBML を「モジュール化」する。たとえば XML の namespace を使って。
じゃあ、SBML3 の “Core” はどうすればいい?
Level 3 でできてほしいこといろいろ。
[ Modifying SBML level 2 to be Level 3 Core: N. Le Novére ]
なんとかしたいこと
– Inclusion
– Unit of kineticLaw
– Extension of MathML
– No mandatory orders on dependencies
< listOfModules > ができるかな?
[ Model Composition / Aggregation: I. Moraru ]
階層構造は atoms which are not really atomic で実現される。なるほど。
Hierarchal model extension
– Model Container: listOfSubmodels
– Linking elements = overloading: ListOfReplacements
[ Spatial modeling : J. Schaff ]
mesh とは限らないぞ！
1次元や2次元 (膜とか) の系もある。
場、とかも考えねばならないときがある。
うひー。