Bioinformatics な人じゃないと全然わかってもらえないネタですが、
————- EXCEPTION: Bio::Root::Exception ————-
MSG: Each line of the fasta entry must be the same length except the last.
Line above #1087 ‘ACTTTGTTCCTTGAATAAGT..’ is 57 != 61 chars.
まじかよ。ひどい制約だ…
でも、たしかに全部の行の長さが揃っていたら、いろいろ楽ですね。