[ 原始的な真核藻類 Cyanophora paradoxa のフィコビリソームの解析 ]
おそらくもっとも原始的な真核藻類。
葉緑体の2枚の膜の間にペプチドグリカンを持つ。
形成のされかたもほかの生物の葉緑体とはだいぶ違う。
[ 植物内生細菌 Azospirillum sp. B510 のゲノム構造解析 ]
rrn のコピーがたくさん。9セット。
プラスミドにのみ存在しているものもある・・・必須遺伝子が主染色体にない、ということはあるのか？
E.coli の必須遺伝子 303 のうち、18遺伝子がプラスミドの配列にヒットした!!
複数の染色体様構造を持つケースはいくつかの proteobacteria でも報告されているが、6 つもあるのは珍しい。
[ 植物生息微生物の群衆構造に対する根粒共生系の影響 ]
過剰窒素施肥で根粒菌のバランスが変わる。なるほどー。
[ 改良型汎用 RIVET (Recombinant in vivo expression technology) による根粒菌共生遺伝子の新規検出 ]
根粒菌は根毛から感染。宿主特異性がある。
共生には効かないけど競合に効く遺伝子がある? ふうむ、おもしろいな。
[ 次世代シーケンサを用いた感染症のメタゲノミック診断 ]
患者さんからの臨床検体を直接シーケンスして診断する試み。
従来の細菌検査では培地や PCR プライマーをいろいろ用意しなければならなかったが、シーケンサを用いれば単一の手法で検査を行うことができる。ウイルスや寄生虫にも適用可能かもしれない。ただしインフルエンザなどの場合、RNA 抽出＋ cDNA の作成、が必要。
[ タイリングアレイによるらい菌ゲノム全域の網羅的発現解析 ]
RNA 発現を RT-PCR で定量して、いくつかの偽遺伝子が転写されていることがわかった。
タイリングアレイはそれから。
60bp のプローブを 18bp 間隔。相補鎖分も作成。
治療前後の RNA 発現パターンを測定できると病態解析ができたりするかなー。
偽遺伝子がなんらかの役割をもっていて、選択圧に対する抵抗力になっている？
M.ulcerans もけっこう偽遺伝子があるので、偽遺伝子が残る、というのは Mycobacterium に特有だったりするのでは？ (まだ検討されてないそうですが)
[SOLiD]
csfasta format というので配列がでてくる。2base encoding.
[ Structure evaluation using the consensus and quality assessment for protein modeling ]
構造予測コンテストの話。
[ BL-SOM ]
池村先生のところの発表。
生物種の推定だけではなくて、タンパク質機能推定にも使える?
SOM の specificity / sensitivity はどうやって評価するの? → たとえば COG を正解セットにして評価するとか。
[ Genome Matcher ]
大坪さん。
配列解析のところは BLAST と MUMmer.
多対多の dot-plot のやりかたは参考になるかも? でもお互いあんまりマネしない方がいいよね…
Excel2Fasta とか、GenBank2Excel とか、いけてる。
blastn とか tblastn のところを入れ替えるのはユーザができる？→プログラムなおさなあかん。
いろんなツールは pipeline にできる? → Excel に貼り付けてくりかえし。
[ 大量のオーソログデータを用いた微生物の系統推定 ]
着目する遺伝子をかえると、種の系統関係が変わってしまうことがある。
原核生物17門について新しい方法でオーソログデータセットを作成し、それをもとに系統関係を決定。新しい系統樹分岐点評価法を開発する。
MBGDから入手したオーソログセットから、アウトパラログ(種分化の前に起こった遺伝子重複によって生じた遺伝子群)を除去。それをもとに連結系統樹を作成し、連結系統樹のそれぞれの分岐点が、各オーソログ系統樹によってどれだけ支持されているかを計算する。