去年僕が写真を撮りまくっていたからか (笑)、撮影しちゃだめよ、ということになっていたので、今年は文章だけ。
今日から中央大 @ 後楽園 でやってます。
初日の今日は、大学であれこれやってたので、夕方のポスターセッションから。
[ 海洋植物プランクトンに感染するウイルスのゲノム性状 ]
既知のウイルスファミリに属さないもの。
dsDNA, ssDNA, ssRNA (ds=double strand, ss=single strand) ウイルスを分離。
一本鎖で、一部にだけ二本鎖領域がある DNA とか。不思議ちゃん。
インテイン = 前駆体タンパク質から splice される、タンパク質版のイントロンみたいなもの。
partial double strand DNA というのはほかにもあるらしい。
宿主は藻類とからしい。
[ Acytostelium 属細胞性粘菌のゲノム・cDNA 解析 ]
D. discoidium A. Acytostelium
size 36M / 28M
AT contents 78.8% / 43.7%
Coverage 8x / 6x
Gene model 13,340 / 11,xxx
Acytostelium の遺伝子構造を確定して、おおよその発現情報を得たい。
cDNA を作ってアセンブルして、ゲノムに当てたら 3,451 個当たった。
[ ゲノム解析が明らかにしたシロアリ腸内原生生物細胞内共生細菌の空中窒素固定能 ]
木材には窒素がほとんどないから、それだけ食べても生きていけるわけがなくて、腸内細菌が空中の窒素を固定していることがわかった。1uL くらいの腸に、数千の原生生物と一億の腸内細菌。
原生生物は木片を食べている。
共生細菌は培養できないので、１細胞を取り出してきて DNA を増幅して配列読んだ。
窒素固定遺伝子をはじめとして、多くの遺伝子が Bacteroidales のものに似ている。水平伝搬?
木片を原生生物が分解して単糖をつくると、その一部を共生細菌がとりこんで、窒素代謝に使っている。すげーな。
[ 機能性メタゲノム解析により明らかにされた環境中の芳香環分解遺伝子の実態 ]
分解メガプラスミド (50kb 以上) があって(染色体に乗っていることもあるけど) 、分解遺伝子群はだいたいひとまとまりのオペロン構造になっている。
[ 環状DNA合成法およびcell-free cloning法 ]
微量の微生物 DNA 増幅の場合、コンタミネーションコントロールが問題で、既知配列じゃないとだめ。
byproduct = DNA プライマーを使うのが問題で、プライマーの single strand にくっついちゃう。
RNA プライマーを使えば、プライマー由来の byproduct がなくなる。
[ Pre-amplified inverse PCR を用いた環境試料からの新規エステラーゼ遺伝子の取得 ]
遺伝子の全長を復元する Inverse PCR は (たぶん self ligation の効率が悪いので) PCR よりたくさん試料が必要。
事前に対象のところだけ増幅したい。
終わったあとは、なかよしチームで東京ドームのあたりのレストランへ行き、アメリカンな感じの体に悪そうな揚げ物いろいろを食べてきました。
胃の薬飲んで寝るかなー。