[ Status of SBML: M. Hucka ]
Survey by Klipp et al. [ Nat. Biotech. Apr 07]
– 80% は標準化が必要だと認識
– 60% は SBML を使っているといっている
今後の課題
– Validation: Test suite の充実
– Semantics: MIRIAM + SBML recommendation (annotation approach), SBO (annotations regarding mathematical approach), etc.
– Governance: SBML の開発体制をどうするか
[SABIO-RK database: M. Golebiewski @ EML]
シミュレーションには実験による kinetics data が必要で、その kinetic parameter は環境条件によって大きくことなり、酵素の活性とかは生物種その他によって異なる。そういうのを網羅的に扱うデータベース。
人手による作業が大変そうだ。
[ VCell: J. Schaff ]
PIP2 diffusion のシミュレーション結果とか出てた。How cool!
[ SBML3 orientation: M. Hucka ]
SBML を「モジュール化」する。たとえば XML の namespace を使って。
じゃあ、SBML3 の “Core” はどうすればいい?
Level 3 でできてほしいこといろいろ。
[ Modifying SBML level 2 to be Level 3 Core: N. Le Novére ]
なんとかしたいこと
– Inclusion
– Unit of kineticLaw
– Extension of MathML
– No mandatory orders on dependencies
< listOfModules > ができるかな?
[ Model Composition / Aggregation: I. Moraru ]
階層構造は atoms which are not really atomic で実現される。なるほど。
Hierarchal model extension
– Model Container: listOfSubmodels
– Linking elements = overloading: ListOfReplacements
[ Spatial modeling : J. Schaff ]
mesh とは限らないぞ！
1次元や2次元 (膜とか) の系もある。
場、とかも考えねばならないときがある。
うひー。