[ Software Innovation in Systems Biology ]
Herbert M.Sauro.
CompuCell3D: lattice-based な 3D モデリング
What’s missing from Today’s simulation tools
– Automatic model reduction via time scale separation
– Model composition, ability to build models from small models.
– Assistance in choosing rate laws (rate law builders)
– Robust bifurcation analysis tools for large systems
– Interactive tools
[ Copasi tutorial ]
Deterministic では LSODA を使ってる (LSODA は Adams / backward differentiation formula (BDF) でできてる)。あと 4th RK.
Stochastic では NRM.
Hybrid もあるんだぜ。
MCA: elasticity = how reaction rates are changed by concentration change.
Parameter scan
[ CellDesigner ]
reaction / specie を ontology に binding するのはどう？
ときかれてました。
[ Virtual Cell ]
Parameter space を探索するのではなくて、
model space exploration はどうだろう？ とかいう discussion がでてた。
つまり、model が given でそのパラメータをスキャンするのではなくて、
reaction とかそういう、model 自体をかえながら探索するってのは
どうなのかね？と。
おもしろそうだけど。