月: 2005年12月

CellDesigner 3.0をちょっといじってみた。
レイアウト関係で変わった点:
– 物質に反応の矢印がくっつくポイントを選べるようになった (16方位: N, E, W, S, NE, NW, SE, SW, NNW,…)
– 反応の矢印を何カ所でも曲げられる (矢印を右クリックして add anchor point) ようになって、offset による平行移動がなくなった
– complex は枠が付くようになった
XML の記述面ではだいぶ進歩して、baseReactants とか baseProducts に、ちゃんと specie と alias が入るようになったので、レイアウト情報を読むコードを書く人にとってはかなりいい感じだ。
offset の処理が必要なくなったのもいいですね！

エチゼンクラゲをそのまま肥料に ってすごいな。畑にばらないてそのままトラクターで掘り返すわけだ。
たしかに、クラゲの主成分は水なわけですが、あんだけプランクトン食ってりゃそれなりに栄養豊富なわけで、ものは考えようです。効率よく脱塩する方法があれば塩害にもならないな。

このひとすげえな。
iTMS で試聴して買ってみた。
最近の若手歌手とか全然しらないんですが、いい感じだ。
ていうか、さっさと論文書けよ、という状況なわけですが、とりあえず論文誌の修正を片づけましたのよ。

eclbkbox.sty
これ必須。複数の段落を枠で囲むの。
\def\revised{\begin{breakbox}}
\def\endrevised{\end{breakbox}}
としておいて、
\begin{revised}
\end{revised}
で修正箇所を囲んで査読用のやつを作る。
んで、めでたく通ったら、
\def\revised{}
\def\endrevised{}
にしてやれば、枠が全部消えるってわけだ。

教員公募一件出しました。
論文誌の条件付採録のやつを修正しています。
博士論文書き始められそうです。緒論くらいは一気に書きたいです。
風邪を引きそうなので今日は自宅でお仕事です。家はとても寒いんだけど。

東大の加藤先生の Mathematica FAQ を参考にさせていただきましたですよ。
つまり、ふつうは
m=SBMLRead[“hogehoge.xml”] (ぺし)
n=SBMLNDSolve[m,100] (ぺし)
SBMLPlot[n] (ぺし)
とやってグラフがでるわけですが、
p=SBMLPlot[n] (ぺし)
Display[“hogehoge.eps”, p, “EPS”] (ぺし)
とか叩けばいいわけです。
vector graphics なフォーマットとしては、APS (Mathematicaな何か。PS 準拠?), EPS, PDF, PICT, SVG, WMF などがつかえるもよう。
で、結局何がしたかったかというと、色つきのグラフを白黒にして、点線と実線にしたかったんですが、SVG を出力して、SVG なら手でも書けるぜー、とかいいながら修正しました。Emacs でいじって、sodipodi で確認して別のフォーマットに落とせばおっけー。WMF (Windows Meta File) にして、visio かなんかで編集するのも手かもしれません。

逃げようと思ってたら443センセイにおこられました。ほんとすいません。
なんか、CellCycle (Goldbeter, 1991) のモデルをまわしたときの性能を計算してみたら意外に速いかも。単体で 3.5Mreaction/sec. くらいで、面積的には半分しか使ってないので、もう一個のせれば 7M になる計算だ。
ところが、手元に PowerPC しか MPU がないので、vs Intel な評価がとれないですよ。
明日やろう。

筋トレ再開しました。実はしばらくサボっており、自転車にものれなかったので、けっこう体重が増えてしまっている。ということで、食事とかもかなり節制気味。
春までに完全復活します。
みてろよ！

めるせんぬついすたー

少しでも片付けていかないと、全然間に合わない。
とりあえず今日は、教員公募の書類を書き上げて寝る予定。