そろそろ書きますよ
- 緒論
- 背景・関連研究
- Modeling / Simulation Platform
- 生化学モデル
- 反応速度式とか
- 確率モデルを使う方式もある (\cite するだけだな)
- SBML とか CellML とか
- BioModels.net とかのデータベース
- シミュレータ (software based ones)
- FPGA-based なシステム
- スパコンとか
- 科学技術系のアプリケーション
- FPGAs in Bioinformatics
- ReCSiP の構成と実装
- 設計目標
- なぜFPGAか
- モデルの定義
- 性能目標と用途
- 基本方式
- 静的パイプライン構成
- 反応経路処理機構
- 構成
- 反応速度式 (Solver Core)
- 積分の方式
- スイッチ
- インタフェイス
- 評価と考察
- 評価
- 面積
- 速度
- CellCycle
- 基本性能向上のためのアプローチ
- Multi-threaded Simulation
- パラメータスキャン機構
- 拡張性
- 分散スイッチ構成
- マルチチップ構成
- 結論
- 付録: ボードのおはなし