10th Workshop on Software Platforms for Systems Biology
@ Harvard Medical School
とっても長いので、興味のある方だけ全文をどうぞ。
[ libSBML update (B.Bornstein) ]
Level 2 Version 2 をサポートした奴がもう書き上がってるらしい。
わぉ。
[ SBMLToolBox update (S.Keating) ]
SBML/MATLAB import/export
Release 2.0.2
– schema validation / consistency checking
– with libSBML API
– simulation (incl. events, rules and functions)
[ MathSBML update (B.Shapiro) ]
Mathematica でシミュレーションするやつ。お世話になっております。
– Full support of events with delays
– Full support of L2V2 proposal
– More info returned by SBMLRead
– Enhanced plotting
Mathematica の plot のオプションが全部使えたり、凡例が隠せたりする模様。
[ CellML2SBML update (M.Schilstra) ]
CellML と SBML ってだいぶノリが違うのね。
XSLT で変換してる模様。
きゅうけい。
[ CD3 (A.Funahashi) ]
New Feature: SBGN + Built-in SBML ODE Solver
[ CD Layout Annot. Converter (Y.Osana) ]
プロジェクタつないだ瞬間にマシンが死にました。
「再起動してください」というアレ、昔の Mac でいう爆弾マーク、
Unix でいうところの kernel panic、がプロジェクタに映ってしまったよ。
(Stack trace とかは、さすがに出ませんが)
まじびびった。みなさんごめんなさい。
動揺のあまりひどい発表でしたが、質疑応答はちゃんとかわせたので、
まあよかったかな。
Render Extension な人たちから、色とかの情報も入れられないか、
といわれました。矢印とか Species の素性の記述が、Layout Extension とか
SBGN のあたりでかっちり統一されればそっちに手を出してもいいかな、
と思うのだが。ううむ。
[ ReCSiP (Y.Iwaoka) ]
堂々としてらっしゃいました。りっぱなもんだ。
質問多いぜ。
任意の kinetics を動かすにはどうしたらいい、ってやっぱり気になるのね。
でかいのは外部メモリを使う必要ありです。やり方はもうちょい考えさせて。
[ SBML Render Extension (F.Bergmann) ]
Adopt SBGN for default styles.
SBML Layout Viewer これ、いいっすね。
SBML Layout Extension と JDesigner Layout Annotation に対応していて、
わしので吐いた奴も見られます。
CVODE 使ったシミュレータでシミュレーションした結果を
pathway map 上に3次元で見せるのとか、面白い。
[ More on SBML Render/Layout Extension (S.Sahle) ]
Layout Extension 対応の auto layouter をつくって、
みんなで幸せになろうよ。
Layout を semantic なレベルでやるのはわかるんだが、
Rendering に SVG namespace 使っちゃえばいいんじゃないの？
→ これは hot topic なので、明日やりましょう
[ PathwayLab (M.Jirstrand) ]
Visio ベースでモデリングとかシミュレーションとか。そんなんできるのか。
ビットマップとか貼り付けてそれを species として扱ったり。
[ SBMLmerge (W.Liebermeister) ]
SBML のモデルをくっつけるときに、ID がぶつかったりするわけだが
それをうまいことやるのを支援するためのツール。KEGG ID とかの
annotation も使える。すてき。
[ DSMTS (D.Wilkinson) ]
Discrete Stochastic Models in SBML.
シミュレータの挙動をテストするための testsuite が 22 本。
[ BioModels.net (M.Hucka) ]
SBML で共通にモデルが書けるようになったら次はそれを共有。
[ MIRIAM (N.Le Novere) ]
Minimum Information Requested In the Annotation of biochemical Models
(not SBML specific, but also for CellML, GENESIS, … )
[ BioModels Database (N.Le Novere) ]
トイレ行ってました。あうー。
1時間ほどスケジュールが遅れております。
[ Brief Overview of SBO (M.Hucka) ]
[ Making SBO a Reality (N.Le Novere) ]
kineticLaw とか、parameter とか、
definitionURL=http://www.biomodels.net/foo/bar/ で
定義の所在を明示してやるのはどうだ。ふむ。モデルの定義がかっちりしていいかもな。
[ SBGN (H.Kitano) ]
[ SBML ODE Solver ]
CVODES を使って sensitivity analysis
DAE support with IDA
などを近々の予定として考えている。
Precise event determination / parameter determination は長期的予定。
[ Summary of L2V2 Draft (A.Finney) ]
SpeciesType っていうのができるらしい。
たとえばこんな感じだ。
<listOfSpeciesTypes>
<speciesType id=”Aspartate”>
</listOfSpeciesTypes>
<listOfSpecies>
<species id=”Aspartate_in_cytosol” speciesType=”Aspartate” compartment=”Cytosol”>
<species id=”Aspartate_in_Mitochondrial_Matrix” speciesType=”Aspartate” compartment=”Mitochondrial_Matrix”>
</listOfSpecies>
こりゃいいぜ。Compartment が山ほどある場合に、
どれが同じ物質なのかかちっと書けるし。
あとは Constraint とか、InitialAssignment とか。
前者はシステムの各変数のとりうる値の範囲を規定したりとかで、
後者は初期値をほかの初期値から計算させたりとか。
– Removal of predefined annotation namespaces
– definitionURL on SBase: ものを定義するときはちゃんと URL も書け
– nested unit definitions: minute は second x60 とか、そういう定義
– dimensionless units
– substance mass derived
– SpeciesType
– constraints
– initial assignment structures
– reaction symbols
– use of Id attribute on SimpleSpeciesReference
– dependant variables semantics
[ Restructuring the SBML Process (M.Hucka) ]