月別アーカイブ: 2010年3月

那覇-知名

沖永良部島の知名というところで研究会があって、その前々日まで福岡だったので、那覇経由で行くことにした。鹿児島から沖永良部には JAC が飛んでいるのだけれど、福岡から鹿児島から出るのが面倒なのと、那覇からの第一航空のフライトは機体が BN-2 Islander だ。
福岡の学会を夕方で切り上げて、那覇には夜着いた。とりあえず洗濯。
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ホテルの乾燥機で空手の道着を乾かしちゃいけないらしい。琉球空手をやりにくる外国の人が多いのかしら?
翌朝は風が強くて心配だったけれど、時間に空港へ。
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まずは航空会社のカウンターで荷物を預ける。預け入れ荷物と、持ち込み手荷物+本人の重さを量られる。これで席を決めるのかな。
まだ集合時間までは時間があったので、となりの食堂でソーキそば。
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意外とさっぱりで、おいしゅうございました。集合時間になると、ストラップ付きのすてきな搭乗券が配られる。回収されちゃうんだけどね。
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座席が 2A ということはつまり、操縦席のすぐ後ろです。ひゃほー。
それで、駐車場の一角にとめてあるマイクロバスへ案内される。バスに乗る前に保安検査があって、バスの座席は指定席。これは、飛行機に通路がないからで、ちゃんと順番に乗らないと乗れなくなるから、逆順にバスに乗せるわけ。
バスは那覇空港の中をぐるーっと回ってエプロンへ。ILS とかのアンテナの前を通ったりして、これだけでもかなり面白かった。その間にテレビで安全設備の説明がある。機内にはモニタがないから。
飛行機のところまでは10分くらい。けっこうかかる。僕は一番前の席なので、乗るのは最後。
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乗ると、機長から飛行ルートとか救命胴衣とかの説明。エンジンが冷えててなかなかかからなかった (笑)。
飛行機が小さいので、誘導路から見る大型機は大迫力!
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滑走路に出て離陸の許可が下り、スロットルを前に押し込むとあっという間に浮く。なんというか、乗用車がそのまま空を飛ぶような感じで、ちょっと怖かった。
高度が低いのと、非与圧キャビンの窓は大きいのとで、景色がすごい。晴れていたら気持ちいいだろうな−。
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途中でマリックスラインのフェリーを追い越し、
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与論島の上を飛んで、
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いよいよ沖永良部島がみえてくる。
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横風がすごいので、このままの角度でアプローチします。機長のお手並み拝見。
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着陸はじつに見事だった。すごい。
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風の強い日でだいぶ揺れたけど、前の席はこんな感じに計器が見えるので、全然怖くないという特典が。沖永良部では一旦全員降りて、徳之島へ行く人はもう一度乗ります。
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空港と知名は、ちょうど島の東の端と西の端なのだけれど、小さな島なのでバスで50分くらい。タクシーならもっと速いらしい。バスは少ないけれど、それでもけっこう走っており、急がなければ便利でした。
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旅先で乗るバスは、地元の言葉が聞けたりして非常に面白い。が、沖永良部の人たちの会話は全然ききとれませんでした。僕に話しかけてくるときはみなさん、標準語なのだけれどね。
(つづく)

長崎

もう一ヶ月半も経ってしまったので、いい加減に長崎出張の顛末記を終わらせよう。
朝、ホテルのコインランドリーに洗濯物を入れる。そのまま大学に行っちゃうと洗濯物を放置(+洗濯機を占拠)することになるので、しばらくお散歩。ホテルの近くには、一本足鳥居の山王神社があるのだけれど、行ったことがなかったので、行ってみることにした。
原爆の爆風で片足をもぎ取られた鳥居は、住宅街の中にあった。
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吹き飛ばされた部分は集められて、近くに置いてある。
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住宅街の真ん中にこういうものがある、というのが強烈だった。東京の両国のあたりにも、街の中に空襲で焼けた鉄骨が置いてあるところがあるけれど、そういうふうにして戦争の記憶というのは、形に残っているものなのだ。
歩き回っているうちに洗濯も片付いて、大学へ。論文を仕上げて (さらっと一言で書くが、これはとても大変なのだ!)、翌日の朝は空港へ向かう。
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最近駅なんかでよく見かける、くねくねの手すり、あれ、Made in Nagasaki なんですね。知らなかった。
(おわり)

調布空港

久しぶりにいったら、武蔵野の森公園が拡大しており、南側の滑走路端からも写真が撮れるようになってた。昼間は滑走路西側の道路も開放されており、ぐるっと空港を回れる。いいね。
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ロケットエンジン

H-IIA/B ロケットに使われている LE-7A エンジンが、丸の内 OAZO の2階にある JAXA の広報室で展示されているというので、見てきた。本物ですよ!
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ロケットは高さが50m 以上あるのに、エンジンは意外と小さい。重量も 500t からある H-IIB を 1.8t のエンジン2機で飛ばすのだそうで、すごいなー。
– LE-7A は二段燃焼サイクル。pre-burner で燃やしたガスでタービンを駆動して、そのガスも主燃焼室に送るので無駄がない。これはすごい。
– ノズルやら何やらは燃料の液体水素で冷やしている。銅製なので、冷やさないとさすがにもたない。全部チタンか何かでできていると思っていたけど違うんだなあ。
– ロケットエンジンは飛行機のエンジンと違って、1気圧から真空までの条件で動かないといけないので大変。これは、超音速噴射ノズルの出口の圧力が外と一緒になってないと効率がよくないから。真空に近い条件で作動させるために、本体の大きさに対してノズルの長さが非常に大きくなる。
– エンジンはつり下げられた状態になっており、その向きをアクチュエータでかえることでヨー・ピッチの制御を行っている。
– H-IIA はメインエンジンが一基しかないので、ロールの制御のための補助エンジンが付いている。H-IIB は二基あるので、それをつかってロール制御もする。
– 固体燃料ロケットは一度火を付けたらとめられない。ノズルの向きは変えられる。燃料を詰めてからだと港の火薬量の規制で船に乗せられないので、種子島で詰めている。固体燃料ロケットの入れ物は CFRP.
– 1段目は切り離されてすぐ落ちてくるけど、まあ、燃え尽きる。
– 2段目は高いところまでいくので、何周かしてから大気圏突入。
など、いろいろと教えていただき、非常に有意義でした。
なんつうか、こういうのを、ミサイルを飛ばすためじゃなくて、平和憲法のもとで純粋に科学技術と夢のために飛ばす、というのは、最高にカッコイイと思う。

Virtex-5 CAM memo

I’ve generated a BlockRAM based CAM core, 32bit x 64entries. The core occupies several 36k BRAMs, and was VERY SLOW WITHOUT OUTPUT REGISTERS.
Read latency = 1 configuration (w/o output registers) was < 100MHz, but read latency = 2 configuration works 150+MHz.

帰還

先週は発表3件とかいうムチャなスケジュールをこなし、なんとか無事に帰ってきました。来週は締切がふたつあるので、いま、大絶賛実装中。そんなわけで、詳しくはまたそのうち…
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週後半の発表は沖永良部だったのですが、海辺を歩いていたら、こんなお墓を見つけました。
小さな島でクリスチャンとして生きる、というのは、いろいろ大変なのだと思うけれど、こうやって証を立てる、というのは非常にかっこいい。

SGMJ 2010: Day 3

[次世代シーケンサによる新規マラリア原虫ゲノムの解読]
– P.falciparum (熱帯熱マラリア)
– P.vivax (三日熱マラリア) 薬剤耐性のが出現。P.cynomolgi, P.knowlesi など、アジアサルマラリア原虫に近縁。肝臓休眠期があって治療が困難。未熟な赤血球に好んで寄生するため難培養。
– P.vivax ヒト
– P.knowlesi サル・ヒト 肝臓休眠期なし
– P.cynomolgi サル・ヒト (P.vivax にもっとも近縁)
P.cynomolgi を読んで3種間比較ゲノム解析を進めている。
454FLX と GAII と Fosid. P.vivax をリファレンスとしてアセンブル。真核なのでわりとしんどく、次世代シーケンサでの真核の新規ゲノム解読はおそらく日本初。
予想ゲノムサイズ 27Mbp で、現在 22Mb 。Scaffold 数は染色体と同じ 14 本になっている。
9割の遺伝子 (4649) は3種間で保存されている。
保存されてない遺伝子は 1298. そのうちアノテーとされているのは半分で、そのほとんどが多重遺伝子族。
赤血球進入関連遺伝子と宿主域との関係が興味深い。
[メタゲノム解析から見える下北半島沖地下生命圏生態系]
海底1000mくらいまで何カ所かでボーリングしている。1cm^3 あたり 10^6 〜 10^7 くらいの微生物がいる。
深度が深いサンプルほどとれる DNA 量は減少するが、rRNA の種類はあまりかわらない? 深いほど多様性が上がるのかも。
CO2 から Acetyl-CoA まで持っていく嫌気的な代謝回路とかが推定できた。
抗酸化システムも酸素を発生しない、嫌気的なパスウェイに関連する遺伝子が多数。
[イネ共生細菌の群衆構造解析]
イネ科とマメ科の共通性と相違性は?
植物はエンドファイト・エピファイト・根圏微生物を制御しているのではないか?
マメ科では根粒菌形成、菌根形成を制御する植物-微生物のシグナル伝達系があり、イネにもホモログが存在している。
イネの CSP 遺伝子型に依存する属がある (劣性ホモだと菌が増えない)。
エンドファイトや根圏微生物の細胞をうまく濃縮してとってくる方法を開発。濃縮した場合とそうでない場合で出てくるグループがちょっと違う。これは、土壌に強く attach しているやつなんかが土壌と一緒に落ちるからではないか、とのこと。つまり、scope は違うけど両方正しいのかな。
rRNA と nifH (nitrogenase: 窒素固定遺伝子) でグルーピング。
根まで入れると大変なので地上部のメタゲノム。
[高温発酵コンポスト及び原料汚泥の最近群衆構造解析]
下水汚泥の余剰分をコンポスト化する方法がとられはじめている。高温堆肥化法 (80度以上で発酵させる!)。高度好熱菌の関与がありそう。
高分子汚泥、消化汚泥、石灰処理汚泥では嫌気性の菌が多いが、コンポストでは好気性のが多いので、高温発酵のところで大きく変わるのかも。ただし、出てきたのは中等度好熱菌で、高度好熱菌は見つからなかったが、これは実験の sensitivity が低いからか、あるいは分類が悪くて実際には中等度ではなく高度好熱菌なのかも。
[大腸菌多重遺伝子欠損株の解析によって明らかになった中心炭素代謝の新経路]
中心炭素代謝回路の70遺伝子中、必須なのは (glucose が炭素源の場合) 4遺伝子だけ。
バイパスがいろいろありそう。wet 実験と同じことを計算機シミュレーションでも実施。
ふむむ。dry のほうはそこまでモデリングできるものかな?
[半定量的発現プロテオミクスによる芳香族分解の代謝経路解析]
ラベルフリー法、というのでタンパク質定量 (MS/MS スペクトルの数を使う) を行い、サンプル間比較。emPAI という指数を使って、タンパク質混合物中にそれぞれのタンパク質がどのくらいの量で存在しているかを相対的に知ることができる半定量法。
Pseudomonas putida F1 を使用。5.96Mbp, 5250proteins. ベンゼン、トルエン、エチルベンゼンなどを分解できる。
どんな芳香族を入れるか・入れないかで発現が変わる様子を測定。ゲノム上のどこのタンパク質が出てるかを見られるのって面白いなー。
[トリコスタチンA処理の Aspergillus fumigatus におけるゲノムワイドヌクレオソームマップ解析]
TSA treated / untreated でヒストン脱アセチル化酵素に発現をみると、treat したほうがたくさん出ている。そのほかのヒストン関係の遺伝子もみてみた。
TSA treatment によってヒストンに巻き付く長さが増える。プロモータのところでは位置が重要で、ボディではそうでもない?
[大規模な逆位による染色体再編を利用した染色体機能領域の解析]
複製終了領域が細胞分裂時の染色体分配に非常に重要であることを発見!
複製開始点は両局に移動し、終了領域 (Ter domain) は細胞中央に局在するが、後者はただ引っ張られていると思われてきた。
変異株で Ter domain を分断すると染色体分配能が失われ、染色体を持たない無核の細胞が高頻度に生じる。
[非分化性の社会性アメーバAcytosteliumの遺伝子解析]
植物でも動物でも菌類でもありません。
概ね昨日お伺いしたとおりで、持っている遺伝子はだいたい同じだけど重複遺伝子の数が違うので、そのへんに注目しているよ、とのこと。

京都-長崎

朝、寺町通りの小松屋とか錦市場の畑野軒でお菓子を買う。
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お昼はラーメン。おいしゅうございました。
関東にも進出しているらしい。
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伊丹から長崎行き。はじめての 737NG。しかも、隣同士のゲートに JA01AN と JA02AN が並んでおり、金色の ANA 特別塗装がかっこいい!
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で、長崎ついて、そのまま大学へ (つづく)。

SGMJ 2010: Day 2

[高温・高圧の地下原油鉱床における固有微生物群とその特性]
秋田市八橋、新八橋油田。
– SR123 1687m, 98度, 113atm
– SR39 1100m, 74度, 29.2atm
のふたつの井戸から、地層水を含めてサンプルを直接採取。ここは海水注入とかそういうことはしていない井戸で、地表の取り出し口じゃなくてその地層のところから直接サンプルを採取している。
菌種の分布には違いがある。
高熱性の菌は GC-content が高いので、それを使って並べ替えると面白い。地表の取り出し口ではいろんな菌が増殖している。油井を掘るときに岩を削るのにたくさん水を流すので、そこでコンタミして、昔はいなかった連中がいる可能性もある。
重要なのは Bacteria と Archaea がうまくまじっているということ。酸素がない状況で Bacteria が有機物から水素を生成して Archaea がそこからメタンを作ることによる栄養共生。
[ランチョンセミナー]
Roche GS Junior
– Read length: 350bp
– Reads/run 100,000
– レーザープリンタと同じくらいのサイズで、机における。経済性を追求。
– 454 の 1/3 くらいの値段 (キャピラリーシークエンサと同じくらいの値段?)
– 2000万円あれば周辺機器も全部買えます。本体は1500万円くらいかな? コンピュータも付属
– 1 run の費用は10万円くらい
GS FLX Titanium 1k
– Read length: 1000bp
– Reads/run: 1,000,000
ガスケットで仕切るのと tag を使って分けるのとどっちがいい? → サンプルが少ないときはガスケット使った方が簡単。
[受賞記念講演]
真核生物の研究は酵母や動物細胞で行われており、植物では遅れている。
植物は倍数体が多いのでしんどいが、光合成をする真核微生物であれば、いろいろなことがわかる。
なるほどなー。
アブラムシの共生細菌からの水平転移遺伝子群。細胞内共生。
もう細菌は住んでいないけど、水平転移して残っている、というのがある。
共生とか寄生は面白いなあ (寄生されるのは、いやだけど)。
[マルカメムシ類の腸内に存在する必須共生細菌イシカワエラの比較ゲノム解析]
植物師管液を主たる栄養源とし、腸内に必須共生細菌イシカワエラをもつ。
ダイズでどれくらい繁殖できるか、というのが共生細菌で決まっている。
[Metagenomics-based 16S ribosomal RNA gene profiling]
454を使うので、chimera ができたり PCR bias がかかったりしない。
そうかー。うーん。やっぱり metagenomics って難しいんだなあ。