月別アーカイブ: 2009年10月

つくば藻類・プロティストフォーラム

という名前の研究集会でしゃべってきた。発表はかなり手応えがあり、いろいろな方から質問や、使ってみたい、というコメントをいただいた。
僕以外の2件は病気関係の話。病原性のある生物のゲノムは、ものすごい勢いで解読が進んでいることを実感した。
以下メモ。
[原虫における膜輸送の特殊性と多様性: 赤痢アメーバからの情報発信]
感染研の中野先生。
アメーバ赤痢の感染者5000万人、死亡4〜10万。
国内でも700人。
接着、プロテアーゼの分泌と宿主の認識、ファゴソームでの分解、貪食など、すべて膜輸送としてみることができる。
ゲノムは解読されており、20Mbp くらい。9800遺伝子。
GTPase が小胞の形成や分解に関与。
Rabタンパク質 (Ras superfamily に入る、膜融合タンパク質) の多様化:
多細胞化で組織特異的な輸送系が必要になるので、種類が増える (ゲノムにはたくさんコードされているが、ひとつの細胞で動いているやつは少ない) が、
赤痢アメーバ、テトラヒメナ、ゾウリムシ、トリコモナスではヒトより多く、種特異的なものが多い。こちらは、ゲノムにもたくさんコードされており、発現している種類も多い。
ゲノムサイズは細胞性粘菌なんかと同じくらいなのにね。
Ras ファミリ的にはアメーバ運動するやつらが Rho (アクチン細胞骨格) 遺伝子をいっぱいもっている。
Rab が多様化した連中は、Ras super family 全体が増えているわけではなく、Rab ファミリだけが増えている。特徴としては、
– オルガネラが大きく、丸い
– ファゴサイトーシスが活発で、取り込みが速い
ということがあり、つまり膜輸送が活発。
[ マラリア原虫 SERA 遺伝子ファミリーの系統進化 ]
阪大の有末先生。
年間の感染者数2〜3億、死亡者数100〜300万。ほとんどが子供。
マラリア原虫: 肝細胞で増殖して赤血球に入る。赤血球の中で増えて赤血球をぶっ壊す (ここではじめてヒトの免疫システムにさらされる)。
肝細胞期ワクチン、赤血球期ワクチン、伝搬阻止ワクチン。
SERA ワクチンは SERA タンパク質のSerine repeat のところにくっつく。
SERA タンパク質は遺伝子ファミリを形成しており、protease domain がある (基本的に serine protease だが、cysteine protease なグループもある)。
シゾントからメロゾイトがわっと出てくる過程に関与し、メロゾイトが出てこられないようにすることで感染を抑える。そこの機構は霊長類マラリアと齧歯類マラリアで異なる。
なんども感染しても SERA に対する抗体価が上がらないひとがいる。でも、SERA5 recombinant を注射で入れちゃえば上がって、ワクチンとして使える。臨床実験中。
SERA間での recombination とか gene conversion も起きている模様。

仙台いってきた (その3)

なかなか仙台にたどり着きませんが、まあ、ぼちぼちと。
というか、仙台 (秋保) は仕事だったので、特に書くことがない訳で。
そんなわけで、横手から電車に乗って新庄まで。
横手 – 新庄はなんだか、両側に新幹線がきて、すっかり取り残された感じの区間で、非常にいい感じだった。しかし、ここも 701 系でロングシート。しょんぼりです。
それで、新庄につくと、線路が行き止まり。
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つまり、新庄から南は新幹線規格なので、レール幅が変わっちゃって、駅の真ん中で線路が分断されているというわけ。
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なんか、こう、もともとつながっていた線路が分断されちゃっている、というのは切ないね。昔は、上野から福島、山形を回って秋田へ抜ける列車が、ここを通っていたんだけれど…
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それで、乗りつぎにはまだずいぶん時間があるので、駅を出てみる。
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納豆汁物語。そうか、このあたりは納豆がポピュラーな地域なのよね。
納豆菌ゲノムプロジェクトとしては、いつか納豆汁にチャレンジせねばなるまい。
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泊まらないと怒られそう。
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駅から城跡にいく道を歩いて行くと、ところどころに「こぶとり爺さん」のお話が書いてある。
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どうも、通りごとに違うお話が書いてある模様。
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右へいくと真室川。真室川音頭の真室川でしょうかね。
ファントム無頼。
「鮭川」っていう地名もなんだかすごい。
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城あとは神社になっていた。
のんびり歩いたら案外時間がなくて、帰り道は急ぎ足。
駅はなんだか、超モダンです。まあ、新幹線の終点だもんね。
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仙台いってきた (その2)

金曜は大学がお休みだったので、一日フリーで、秋田から山形方面へ各駅停車の旅。
秋田駅で駅弁買って、横手行きの各駅停車に乗り込む。高校生で大混雑。
運良く座れたのだが、若干不愉快な思いもしたりなんかして。ロングシート (都市部では普通の、進行方向と直角に座るやつ) って嫌だな。
奥羽本線は途中まで秋田新幹線と並走する。複線の片方がふつうの線路幅で、もう一方が新幹線、みたいな感じらしい。途中学校がある駅でどっと降りて、横手までいく人は少ないらしく、大曲あたりで誰もいなくなった。
横手は北上線の終点で、
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それから釣りキチ三平と、
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かまくらと、
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やきそばの街。
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朝早くて、どこもお店が閉まっている上に、雪の季節じゃないから、かまくらもないわけで、ポストの上のブロンズや、駅の看板に冬の風景を想像してみたり。
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街をぐるっと回ってみたが、けっこう大きな街だ (そりゃそうか)。
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かまくら大福と、はたはたパイはすごく食べたかったんだけど、お店が開いてなかった。駅のコンビニで、同じお店の柿羊羹を買って、新庄へ。
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こんごのよてい

最近すげえまじめに働いてるんですよ。
まあ、それで研究が進んでいるかというと、それは微妙なんですが。
10/26 (明日!) プロティスト (原生生物) フォーラム @ 筑波大
12/2-4 デザインガイア @ 高知工科大
12/9-11 ReConFig ’09 @ Cancun, Mexico
12/16-18 数値計算流体力学シンポジウム @ 東北大
発表めじろ押しであります。授業やレポートの採点なんかもあり、非常に忙しい。
とりあえず明日は筑波大で僕と握手!

水分子クラスター

最近、「水分子クラスター」とかいう文字をよく見るわけですが、
山形大の天羽先生のページ をみてすっきりした。
(本当は別のネタを調べててたどり着いたんですがね…)
なんていうか、活性酸素 (つまり酸素ラジカルのことらしい) といい、
マイナスイオンとか、そういうの、
世の中、ちゃんと物理とか化学を勉強した身にはわからないことだらけです。
僕らはいちおう理系なので、
作用機序が理解できないものは買わない、という選択ができますが、
「効くんですよ」といわれたら、藁にもすがる思いでお金を出す人だっているわけで。
いいのかね?
大阪大学の菊池先生などはこの問題に真正面から取り組んでおられるが、こういうの、ちゃんと考えないといかんよねえ。

ふかつののろし

秋晴れで、今日からチャリ通勤復活。
朝、環八回るべ、と思い立って、甲州街道に出たら、
仙川に上がるところの坂で前に2台ロードがいた。
当然ぶっちぎりであります。
そんで、烏山のあたりから激しい渋滞で空気悪くなって、
夕方まで気管のあたりがいやな感じで、変な咳がとまらなかった。
東京やばいね。
帰りは空いていて、いいペースが作れたと思う。
まあ、比較的乗れてる感じではあるんだけど、
おそらく長距離はダメになってるので、しばらくマジメに乗ります。
24.04km @ 27.1km/h (53m10s) odo 7196.6km

仙台いってきた (その1)

仙台いってきた。
旅立ちは上野駅。自転車乗るつもりだったんで、日本海経由の「あけぼの」に乗る。締め切りがたくさんあるので、自転車は体力的にあまりにしんどいので、やめちゃったんだけどね。
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高崎くらいまで向かいのベッドの人といろいろ話をしてた。秋田から仕事でときどき出てくるんだそうで、青森まで新幹線が通ったらこの列車なくなっちゃうのかな、体力的にはしんどいけど便利だからなくなってほしくないんだけど、とのこと。そうだよねー。夜行バスなんて、遊びにいく人は乗るんでしょうけれど、きっと翌日疲れて使い物にならんし。そういえば、乗車率は九州行きのブルートレインとは比べものにならないくらいで、ビジネスマンがかなり乗っていた。
高崎を出たあたりでシーツをしいて、カーテン締めておやすみなさい。
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鶴岡あたりで一度目が覚めて、でもあまりに眠いのでもう一度寝る。秋田到着は 6:45 で、6時ちょっと前に布団から抜け出した。昔ながらの寝台車で、通路には折りたたみ式の腰掛けがあって、ここに座って外を眺めるのはとてもいい感じ。
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外は、霧がすごい。きれいだけど、運転士さんは神経使うんだろうな。
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夜汽車から朝陽に照らされる風景を見る、というのは、とてもすてきな瞬間。
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秋田に着くと、雨が降っていた。通学の高校生にまじって、奥羽線の各駅停車で横手へ向かう (つづく)。

ひとのふりみてなんとやら

昨日のこと。
吉祥寺駅のみどりの窓口に並んでいたら、隣の窓口におじさんがやってきた。えらい早口で、窓口のお姉さんに言っていることをだいたい文字にすると、こうだ。
「さっき買った (新幹線の) 切符ですが、そのうち指定席券代というのはいくらですか」
まあ、この質問自体はそれほど感じ悪くない。ただ、ちょっと JR の料金の仕組みをしっている人ならわかるが、特急に指定席券というのはない。特急というのは原則が指定席であるから、特急券には座席指定があり、ある意味特例として「自由席特急券」というのがあるからだ。当然、窓口のひとはちょっと戸惑う。そうすると追い打ちをかけるように、こうだ。
「その日の指定席券代が510円なのか710円なのか聞いているんです。質問に答えてください」
質問に答えてください、って、偉そうになんだよ、と思う。その時窓口は大変混雑しており、並んでいる人全員の視線が集まる。
が、窓口の人はさすがプロだ。
「指定席と自由席の差額ということでしたら、その日は510円です。」
それで、
「じゃあ、それを差し引いた分だけ、○×ファーマ宛で領収書をください。」
と、某大手製薬会社の名前を口にする。ああ、会社の品位が下がるなあ。
窓口のお姉さんが、「書いてくださいますか」とメモ用紙を渡すと、会社名を書いた。それで、領収書を受け取って出ていったあと (一応本人の名誉のために書いておくと、受け取ったときにはちゃんとお礼を言っていた)、また戻ってきて、「さっき会社の名前を書いたメモを返してください」だそうだ。まあ、理由はなんとなくわからないでもないが、それは自分の言葉遣いとかに対して何か感じるところがあるからじゃないか、と思う。
日本人だから、メインで創薬に関わっている人じゃないのでしょうけれど、単に営業の人というわけでもなさそうで、きっと頭は切れるんだろうけど、人間それだけじゃないよね。
今日のこと。
秋田から横手行きの各駅停車に乗る。ラッシュで混んでいる。
すわれたけど、隣の男性がものすごく脚を大きく広げており、僕は縮こまっていたのだけれど、30分もするとさすがに脚が痛くなってくる。
そこで、遠慮せず普通に座らせていただくことにした。そしたら、舌打ちされたよ。はぁ。
こういうのを、東洋のある国では「恥知らず」というそうだ。