月別アーカイブ: 2009年5月

The Language of God: 読了

3ヶ月近くかかって、ようやく読み終えた。長かった。
ちょうど、いま僕が関わっているゲノムの解読プロジェクトも終盤戦にかかっているところで、この本の著者の言葉を借りれば、「神様がこの生物のゲノムを書いて以来、まだ誰も読んだことのない」ファイルが、僕の MacBook のハードディスクに入っている、という状況。配列の解析、というのは、想像以上に時間と体力のかかる仕事だと実感しているけれど、非常に愉快だ。
最後の方から二箇所、引用することにしよう。
Science is the only legitimate way to investigate the natural world. Whether probing the structure of the atom, the nature of the cosmos, or the DNA sequence of the human genome, the scientific method is the only reliable way to seek out the truth of natural events. Yes, experiments can be misguided, and science can make mistakes. But the nature of science is self-correcting. No major fallacy can long persist in the face of a progressive increase in Knowledge.
Nevertheless, science alone is not enough to answer all the important questions. Even Albert Einstein saw the poverty of a purely naturalistic worldview. Choosing his words carefully, he wrote, “Science without religion is lame, religion without science is blind.”

科学は自然界について調べるための、唯一適切な方法である。原子の構造や、宇宙の成り立ちや、ヒトのゲノム配列といったもののどれを調べるにしても、自然界のできごとに関する真理を探るためには科学が唯一の信頼できる方法である。もちろん実験は間違うことがあるし、科学も間違いを犯すことがある。しかし、科学はそれ自身を修正することができ、連続した知識の集積によって、大きな間違いが長い間にわたって残ることはありえない。
それでも、科学だけではすべての重要な問題に答えるには不十分である。アインシュタインでさえも、純粋に自然主義的な世界観の貧困さに直面している。彼の言葉を注意深く選べば、彼は「信仰のない科学は不完全であり、科学のない信仰は盲目である」と書いている。

それからもうひとつ、違うところから。
In that context, science can be a form of worship. Indeed, believers should seek to be in the forefront among those chasing after new knowledge. Believers have led science at many times in the past. Yet all too often today, scientists are uneasy about admitting their spiritual views. To add to the problem, church leaders often seem to be out of step with new scientific findings, and run the risk of attacking scientific perspectives without fully understanding the facts. The consequence can bring ridicule on the church, driving sincere seekers away from God instead of into His arms. Proverbs 19:2 warns against this kind of well-intentioned but misinformed religious fervor: “It is not good to have zeal without knowledge.”

そういう意味では、科学は神をあがめることのひとつの形になりうるのである。はっきり言えば、信仰を持つ者こそが、新しい知識を求める者たちの間で先頭に立とうとしなければならない。過去には何度も、神を信じる者たちが科学を牽引してきた。しかし今日においても、科学者たちにとって自分の信仰を言い表すことは容易ではない。さらに問題を難しくしているのは、教会の指導者たちが新しい科学的な知見から取り残され、それゆえに充分に事実を理解することのないまま科学的な見方を攻撃することがしばしば起きる、ということである。結果として教会に対する嘲笑を呼び、誠実に神を求める人たちを神に近づけるどころか遠ざけてしまうことになるのである。箴言19編2節はこのような、善意ではあるが間違った情報に基づく宗教的情熱に対して「知識のないまま熱意を持つのはよくない (英文から直訳)」と警告している。

「キリスト者だから」○○はしない、とか、信じない、というのは簡単で、信仰的な選択に見えることも多いけど、僕は思考停止というのは決して正しくない選択である、と思う。信仰というのは、神様との交わりの中で、聖書によって日々新たにされる (改革派教会的な言い方でいえば、まさに、「改革され続ける」) ものでなければならないはずだからだ。科学的な発見や知見に関して思考停止に至る、というのは、いわゆる「証にならない」行動であって、何事においてもキリスト者として真実を求め続ける姿勢を貫く、というのが重要ではないだろうか。
他にもいろいろ書きたいと思うことはあるが、ちゃんとまとめないとよくないと思うので、それはまたの機会に。

Overworkload

ここ数週間やたらと忙しくて、全然 blog とか書いてないわけですが、
一応生きてます。
どれくらい忙しいかというと、核実験とかミサイル発射とか、
全然しらなかった、というくらい。
毎日授業以外は研究室にこもってます。
これあと一ヶ月続いたら、倒れるなあ。
まあ、たまには逃げ出して、コンサート行ったりしており、
精神状態はそれほど悪くないですが。

打楽器奏者への道

大げさなタイトルですが (笑)
パンデイロ という、タンバリンみたいな楽器が猛烈にほしい。
これ、昔、しばじゅん ライブにいったときに、パーカッションの人が持ってて、すごかった (「しばじゅん、はじめました!」の DVD に入ってる)。
で、今日、野口茜さん というピアニストの方のライブを聴く機会があったのだけれど、そのトリオの打楽器の方が、これ持ってて、目の前で叩くのをじっくり見せていただいた。すげーよー。
うおー。
難しそうだけどね。

The Language of God: その後

だいぶ読み進んだ。
p.206:
Creation is not an event that happened in 4004 BC; it is a process that began some 10 billion years ago and is still underway… Does the evolutionary doctrine clash with religious faith? It does not. It is a blunder to mistake the Holy Scriptures for elementary textbooks of astronomy, geology, biology, and anthropology. Only if symbols are construed to mean what they are not intended to mean can there arise imaginary, insoluble conflicts.

創造、というのは紀元前 4004 年に起きたできごとではなく、数百億年前にはじまって現在も続いているプロセスである。進化論は信仰と対立するものだろうか?そうではない。聖書を天文学、地質学、生物学、人類学の入門テキストと捉えることは大きな間違いである。シンボルが本来意図されたのと違う意味で解釈されるならば、架空の (本来存在しない) そして解決することのできない問題が発生する。

p.210:
I do not believe that the God who created all the universe, and who communes with His people through prayer and spiritual insight, would expect us to deny the obvious truths of the natural world that science has revealed to us, in order to prove our love for Him.

宇宙のすべてを創造し、祈りと霊的な働きにおいて人々と交わりをもたれる神が、私たちに対して科学が明らかにしたこの自然界の真理を否定するという形で神への愛を示すことを望まれる、などということは私は信じない。

なるほど。
聖書の無謬性を支持する、ということと、科学の入門テキストとして捉えない、ということは対立することではない、と思う。たぶん。

RECONF May.15, 2009

[ 三重冗長ソフトコアプロセッサにおける同期復旧処理の一検討 ]
エラーが起きなければ3つのプロセッサが同じところを取りに行くけど、エラーが起きると voter とか detector が必要ですよ。壊れたら部分再構成で高速に直します。
voter が壊れることは考慮している (井口先生) ? 確率としては voter の面積を小さくすれば故障率が下がりそうですが → voter が壊れたら全体再構成するしかないから、復旧時間の隠蔽はどうせできないので、今回の scope とは異なる。
Bus macro はどういうの使ってますか (堀先生) ? → async だと思う → bus macro が足を引っ張っているようなので、sync にしたほうが速いかも。
[ 配線性とアクティビティを利用するFPGAの低消費電力化クラスタリング手法 ]
クリティカルパス上にあるものをクラスタリングの対象にするのではなくて、アクティビティが高い net 上のものをクラスタリングの対象にすることで、クラスタ内部に frequency が高い配線を閉じこめる。
電力は確実に落ちる。遅延はだいたい悪くなるが、よくなる場合もある。
アクティビティはどうやっていれる (名古屋先生) ? → testbench を流して、というわけではなくて、and だったら 1+1 のときしか 1 にならないとか、そういう static な activity をとるので、実際とは違うかもしれない。
必要な論理ブロック数は変わっていない (柴田先生) ? → 変わってません。
内部配線を使うことでどれくらいお得になるか、という数字は (谷川先生) ? → わかりません。
[ リコンフィギャラブルシステムにおけるマルチスレッドプログラミングモデルを用いたメモリアクセス最適化手法の一検討 ]
[ 動作合成による暗号回路の生成と性能評価 ]
Catapult 使ってみた。AES実装。
HDLより小さいのも、ソフトウェアより速いのも、一応作れる。
なるほど。
[ 高速パターン認識システムのための動的な再構成手法の評価と比較 ]
DDI (Direct Data Implementation) でカーネル関数を作る。
関数は GA でチューニングする。
on-chip dynamic DDI の再構成には 7 分くらい (GA の計算に時間がかかるので、再構成自体は 0.04 秒)。
[ FPGAを用いた局所的コントラスト強調の実時間処理の実現 ]
ヒストグラム作ってもげもげ。
42.6fps @ 1920×1080
[ 幾つかの画像処理問題を用いたGPUとFPGAの性能比較 ]
すべてのピクセルが独立、みたいな問題だと GPU はすごいが、やっぱりいろいろ難しそう。
FPGAの性能を制約しちゃってるのは何 (佐野先生) ? → GPU はグローバルメモリのバンド幅。FPGA の場合は BlockRAM に入っちゃってるので。
GPUはメモリアクセスのところのプログラミング次第で性能が大きく変わってくる (濱田先生)
[ A comparative study of implementing N-body simulation on FPGAs, GPUs and general purpose processors ]
電力効率: FPGA > GPU > CPU
演算性能: FPGA はだいたい Core2 と同じくらい。
Floating point ですよね (井口先生) ? → FPGA は内部で対数使ってる。
誤差の点は公平な比較になっている? → 結果が正しい範囲で使っているから、上の性能比較も、この業界で求められる範囲での話。
FPGA が電力効率がいいのはなぜ (弘中先生) ? → SPARTAN-3 を使ってるところがポイント。省電力。
[ CFD専用計算機FLOPS-2Dへ向けたUPACS制限関数群モジュール化の検討 ]
[ FPGAによるUPACSサブルーチンの高速化 ]
うあ、Mac なのにパワポ使ってるよ!
– GFLOPS 換算でちゃんと測らないとダメ
– なぜボードは V4 なのに V5 なのさ
– 分割は手でやるの? 無理です。

RECONF May.14, 2009

[ MeP の拡張機能を用いた再構成型プロセッサHy-DiSCの性能評価 ]
MeP で逐次処理、DS-HIE プロセッサでストリーミング処理。
データ供給などは MeP が行うので、キャッシュミスが性能低下の要因になるので、メモリアクセスを含んだ部分のシミュレータを構築。
評価アプリケーションは JPEG encoder の DCT とか。
キャッシュは 2-way set associative.
[ 動的リコンフィギャラブルプロセッサ MuCCRA-3 の実機評価 ]
DR な電力評価はなかなか詳細が出てこないので、やってみる。
Interconnect は、island style と直結のハイブリッド。
SMU やめました。ALU とレジスタファイルだけ。SMU のかわりに、シフトとかをやるための回路がALUの入り口についている。
α blender @ 41MHz で 11mW.
データパスの変更とかクロックツリーの電力が大きい。
コンテキスト数は? (井口先生) → 32コンテキスト持っている。
4×4 で評価しているが、もっと大きいのでやった場合の電力評価の結果はどうなると考えられる? (弘中先生) → 待機・実行時の電力を分類したので、PE 数が増えても割合は変わらないと思う。リークは 0.6mA ですごく小さいので、面積が大きくなってもリークが大変、ということはなさそう。
さまざまなアーキテクチャの変更と消費電力削減の関係は (パナソニック上田さん) → いままであまり利用されていなかったことを削ったところが効いていると思う。プロセスが違うので単純な比較ができないです、すいません。
性能は? → 今回は評価をとっていないので、何とも。レジスタを入れたのでクロック数は増える傾向だけど、10% か 20% くらい。
[ Performance and Cost Evaluations of On-Chip Network Topologies in FPGAs ]
2D-Mesh, 2D-Torus, Spidergon, Fat-Tree, Concentrated Mesh の5種類のトポロジを評価。
Spidergon は bidirectional ring だけど、各ノードが反対側のノードへショートカットできる経路をもつ。
Hardware amount (area), bandwidth, latency を評価。
対象デバイスは V4LX200.
トラフィックパターンは、なすぱら、でいいの? (柴田先生) → Yes, HPC on FPGA を想定しています。
[ スモールワールドネットワーク化配線構造による FPGA の消費電力削減 ]
FPGAは配線リソースがたくさん必要。
SWN にして、低負荷容量の配線経路を作る。Activity と負荷容量を考慮した配線。
Activity が高い net は負荷容量の低い配線経路に載せたい。SW ラインは、通過するスイッチブロックが少なく、斜め配線で配線も短いので、負荷容量が小さくなる。
VPR のコスト関数に activity x capacity の項を追加した。P-VPR (power aware VPR) を元にしている。ベンチマークは MCNC. Regular に比べて平均 8.3% くらい電力を減らせる (static power がほんのすこし増えて、dynamic power が減る)。遅延は減ることもあるけど、基本的に伸びてしまう (なんで?? long line 削ったから???)。
static power が dynamic に比べてひとけたくらい小さいのはなぜ? V4 とかだと、40% くらいが static ですが。プロセスのせいなのかしら (天野先生)? → 評価とるときに、あれ? というポイントがあったので、もしかしたら正しくないかも…
Dynamic は斜め線で短くしたのがきいているのか、ランダムにショートカットできることが効いているのか (天野先生)? → 通過するスイッチが減らせる点が大きいのだと思います。
斜め配線はランダムにつけるようだが、規則正しく斜めに入れるのと比べるとどう? 配線レイヤが増えることには変わりないよね (井口先生@JAIST)? → 以前やった評価ではどちらでもあまりかわりなかったです…
遅延がちょっと大きくなっているのは負荷容量が低い配線を使って遠回りになった、というのがよくわからない。容量が低いのは短いのでは (井口先生@JAIST)? → 迂回よりも long line を削っちゃったことが問題。
飯田先生: 規則的にたくさん入れるより、ランダムに少なくいれたほうが節電になっていい。配線は2層に制限している。電力の削減を目的に frequency が高いのを SW line に割り当ててしまうので、配線が長いやつが SW line に行けずに遅くなったりしているかもしれない。
[ 高いスループットを実現する組み合わせ生成アルゴリズムの提案と実装 ]
[ FPGAを用いたHMMERの高速化 ]
誰が使うのか? という根本的な質問が安永先生から。
でも、次世代シーケンサとかで配列がどんどん出てくるので、計算機のコストと性能もなんとかしなければいけない時代かな、と思います。
[ FPGAを用いた汎用生化学シミュレータにおけるハードウェアモジュール自動生成アルゴリズムの実機評価 ]
演算器のスケジューリングはどうなってるの (弘中先生)? : DFG を作った後パイプラインを作る時点でやってます (しばたさん)
結合したほうが周波数があがるのはなぜ (名古屋先生) ? : そういうこともあります…
[ インタラクティブ・スーパーコンピューティング環境の実現へ向けて ]
可視化: spatial resolution は高いが、遅延には寛容
可触化: spatial resolution は低いが、遅延にはものすごく敏感
Simulation caching: remote でやっている高解像度の計算と、local でやっている低解像度のシミュレーションを協調させる。力覚のほうは local のをリアルタイムで、視覚のほうは remote のをデータが届き次第呈示。でも、「届き次第」だと、ジッタがあるので、どうしよう。ここは人によって好みが大きく異なる。

Yamato-Kobuchizawa

甲斐大和の駅で電車を降りて、20号線を西へ。韮崎から県道17号に入り、小淵沢から富士見高原へ上がる… はずだった。
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電車を降りて自転車を組み立てる。午後1時。
登山に行くらしいご夫婦に、どちらへ、と聞かれる。
これから八ヶ岳を上ります、というと、いいねー、がんばって、とのお言葉。
自転車旅は、こういう言葉のひとつひとつが、力になる。
甲府市街へ向けて、国道20号を快調にとばす。甲府盆地の入り口で、ずっと下り。
52×12 をずっと踏み続けて、メーターの平均時速が 40km/h を指す。
盆地に入ってからも、竜王駅あたりまでは平地。バイパスは信号も少なく、35〜45km/h で快調。途中で、トレーニング中の地元サイクリストと出会い、しばらく前を引いたりする。調子はよいと感じていたが、このとき既に左ふくらはぎに違和感があったのは事実。
甲府市街を抜けて韮崎に向かう 20 号線の風景は美しい。
並走したワゴン車の助手席のおばちゃんに「がんばってねー」と声をかけられたり、
信号待ちで停まった、ショッピングモールの駐車場の警備員さんに応援されたりして、
韮崎まではまあまあの調子。途中一度、変速ミスでチェーンが外れたけど。
韮崎から県道6号、すぐに17号に変わる。
脚の違和感はますます大きくなっており、こりゃ攣るかもな、と思うが、
体温が上がっているわけでも、脱水気味なわけでもないし、
これまでほとんどマジメに踏んでいないのだから、筋肉が疲れているわけでもない。
とりあえずカリウム補給しとくか、と、野菜ジュースを飲んで再出発。
17号は起伏が少ない、と聞いていたのだけれど、いきなりループで、びびる。
DSCN2404.JPG
ま、見た目ほどの勾配でもなく、むしろ楽しかった。
ループは、3年くらい前の天城ぐるぐる以来だ。
もちろん、最終的には富士見峠の上まで行くわけだから、全体としては登り基調だけれど、それほどきつい坂があるわけでもなく、39×25 くらいあれば余裕な感じ。調子がよければ 23 でも行けそう。だけど、今日はなぜか 27 でもしんどい。
そんなわけで、ところどころ休む。
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南アルプスを眺めたり。
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全般的に舗装もよく、走りやすい。
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しかし、いっこうに調子はよくならず、長坂あたりでかなりきつくなり、小淵沢町に入ってからはかなり絶望的な感じ。
でも、長坂駅のあたりから見た八ヶ岳はきれいだった。
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なんとか17時頃に小淵沢駅前を通りすぎ、高速のインターチェンジの前を通って、八ヶ岳南麓の登りにかかる。八ヶ岳高原道路は交通量も多く、路肩の路面状況はかなり悪くてきつかったが、裏道に抜けてからは意外と調子が戻ってきて、行けるかな、と思い始めた。
しかし、17:30、485 号線の半分くらいのところで左太腿が攣る。ふくらはぎを庇いながら走ってきたので、いつの間にかそっちはよくなっていたのだけど。
しばらく動けなかったが、膝が曲がるようになると案外ダメージは少なくて、また上るものの、結局 17:45 頃、日没を前にして両親の車に回収される。あと 7km くらいだった。面目ない。
あとから振り返ってみると、そうとう体調が悪かった (というか、過労だったっぽい) 走っても全然おなかが空かないとか、明らかに水分の吸収能力が落ちているとか、そういう感じだった。
いつでもいくらでも走れるぜー、という感じで長いこと生きてきたのだけれど、体力が落ちたのか、それとも最近の仕事の量が異常なのか…

はまとら

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JAXA でミーティングがあったあと、家のすぐそばを通過して、
別件のミーティング、というか、延々と作業をしに矢上へ。
ご飯を食べるタイミングを逸してしまい、終電間際に「ハマトラ」でラーメン。
久しぶりで、おいしゅうございました。
ごちそうさまでした。

MOTTAINAI!

日本で、食べられるのに捨てられている食品は年間 11 兆円だそうです。
アメリカは 4 兆ちょいだそうで、日本の方が多いのか…
「食べられるのに」には、食べ残しは入っていない気がするので、まあ、微妙といえば微妙ですが。
しかしね、もったいないっす。

理系と文系と生涯賃金

この国においては、理系と文系では、理系のほうが生涯賃金が安いそうですね。ええまあ、それは、なんとなく感じていたことですが。だって、文系の学部を4年で卒業した連中とか、かなりの確率で俺の2倍とか3倍稼いでいるんですよ。「おまえ大学の先生なんだから給料いいんじゃないの?」とかよく聞かれますが、それは大きな間違いです。我々が選ぶ (というか与えられている) のは、好きなことをやって生活できるという自由であって、カネではないのだ。ま、それでいいと思ってやっているんだから、いいんだけどね。まあ、たまになんか悲しくなることもありますが、俺のことはどうでもいいです。
しかしまあ、メーカーの研究開発職よりも、管理職の方が給料いいってのは、よくわかりませんけどね。なんか搾取っぽいけどみんなそれでいいのか、という話を、昨日の夜吉祥寺のスタバで延々とした。
で、家に帰ったら、こんな記事を見つけました。http://fjt.webmasters.gr.jp/hogehoge/2009.04.25.html#04M28D-18h11m12s です。いつも日記を読ませていただいてる方ですが、いつも通り愉快な見解です。どこがツボだったかというと、 「それより聞いてくれよ。 今夜発で富士山だぜ。ヒャッハー!」というくだり。俺も、そういう感じの話をしたあとで、今日は甲斐大和の駅から小淵沢までチャリで走ってきました。体調悪くてつらかったけど、ま、結局のところ、そういうことするために生きているからそれでいいってことで。