While I'm writing a DMAC on my Virtex-5 PCIe card, I've found that the "MAX_PAYLOAD_SIZE" register has only 3 bits, while the size will be between 128 and 4096. And here's the answer:
3'b000 128B
3'b001 256B
3'b010 512B
3'b011 1024B
3'b100 2048B
3'b101 4096B
3'b110 Reserved
3'b111 Reserved
(from Xilinx application note XAPP1052 documentation).
and now I can continue!
[ DNA はどのように折りたたまれているのか? ]
森下先生@東大。
源氏物語: 原本は存在しなくて、写本がたくさんあり、それぞれ巻数が違ったり indel とかがある → ゲノムの染色体の本数とか配列の違いに似ている？
ヒトのゲノムは 10 時間で複製される。50塩基/秒で、100並列。
祖先ゲノムがどうだったか、ということを知るのに、ヒト・チンパンジーとホヤ・ナメクジウオだけではなくて真ん中の魚類くらいのが必要だった。
脊椎動物の祖先ゲノムは10本くらいの染色体があったのではないかと推定しており、ヒトに至るには2度のゲノム重複が起きている。魚類はさらにもう一度。
染色体が物語の一巻だとしたら、ページに対応するのがヌクレオソーム構造。
プロモーター結合がページを開くことに、メチル化がページを閉じることに例えられる。
(染色体をコピーするときはヒストンに巻きついた状態で複製され、体細胞の分裂の際にはメチル化の情報も伝わっているっぽい、のだそうです。)
メダカ＋Solexa で調べてみた結果、ヌクレオソーム構造を取っているところとそうでないところで、塩基置換率が違う (ヌクレオソーム構造を取っているところでは、ヌクレオソーム構造を保存する方向に塩基置換が起きている。10年くらい前の酵母の研究では、ヌクレオソーム構造の中心ではリンカーの部分に比べて修復率が落ちているので、そっちが問題なのかも) ことがわかった。おもしろいな。
コンピュータはだいたい 2x in 18month なのが、sequencer は 2x in 8month なのでやばいね、というお話も。そうなんです...
Solexa は 1bp/h くらいで超並列だけど、Pacific bio のは 4bp/s くらい。ただ、後者は並列化が課題みたい。
中国はすごい勢いで Solexa GA とかを購入して頑張っているそうだ (台数としては、日本全体とあんまりかわらないけど、日本は分散しているのが問題かな。)。うおー。がんばらないとなあ。
[ Wiki によるデータベースと研究成果の発信 ]
有田先生＠東大。
計測と解析は速くなった。でもその真ん中にある整理 (curation) は？
科学は知識の積み上げだから、成果が再利用されないと意味がない。でも、論文も学会発表も報道発表も、再利用には向いていない。
我々はデータ中心という新しいパラダイムに直面している。一般人は科学を信じ、期待しているのに、科学者は一般人に理解してもらうことを放棄。科学者がデータ中心の概念に対応できていないのは問題で、いつまで雑誌崇拝がつづくのか？
subscription fee が上がっている背景には、投資ファンドが雑誌の出資元を持っていることも影響している。
有田先生 Wiki はすでにいくつかの学会の公式なデータベースとして認定していただいているそうで、成果公開というのは大変重要なプロセスにおけるこういう活動は非常に重要だと思う。
数式とか理論的なものはいいけど、ゲノムとかそういう大規模なデータはどうやったらいいと思いますか (森下先生) → Wiki は backend が RDB なので、なにかそういうものを考え直さないといけない。いずれにしても Web ベースでやれる仕掛けは必要。
[ 多生物種のゲノムを高速に比較する並列システムの開発 ]
榊原先生＠慶應大。
質疑だけメモ。
- マウス・ラットでは再編成が起こりやすい系統があるようですがそういうのと比べてみると面白いかもしれません。
- X染色体はヒトとチンパンジーでかなり保存されているがY染色体はシャッフルされている、という話がでているけれど、どうでしょう。 → Y のほうはまだアセンブリがきれいに進んでいない生物が多いので比較ができないのが現状です。
- NIG とか UCSC で visualize できなくて Murasaki & GMV でできるものは? 入力フォーマットは一般的なもの? → お答えしておきました。まさか回答させられるとは・・・
長名の担当科目の時間割は以下の通りらしいです。時限はまだ確定ではないけど、科目は確定。
前期
木曜3-4限 基本プログラミング実験 (1年次)
金曜1限 コンピュータ入門 (1年次）
後期
月曜4-5限 基本プログラミング実験 (再) (1年次)
木曜1-2限 情報科学プロジェクト実験 (3年次)
金曜1-2限 ハードウェア実験 (2年次)
金曜5限 コンピュータ基礎 (1年次)
なんか担当科目増えたな...
北大の山本先生がトラ技コンピュータとかに連載していた記事を web でみつけた。
そういえば高校生の時に、「今時の超並列コンピュータ」 とかそういうのを読んで、計算機科学やろうと思ったんだよなあ。
最近はすっかり web の時代になってしまいましたが、HTTP が流行り始めた頃の記事でもあり、当時は雑誌が僕みたいな若者に与える影響って大きかったんだなあ、と、しみじみ思う。
本屋で書架をブラウズするのと違って、最近は web な世の中なので、検索して何かにたどり着くのがあたりまえになってしまい、そうすると、知らない分野に興味を持つきっかけというのは何なんだろう、と思ったりもする。
まあ、そんなわけで教育をやっていこうと思ったのかもね。
デバイスドライバ書いてると、mmap() が使えるようにしたいなー、とか思うわけで。
みたいな記事を読んで、理解できた気がするね。「Linux デバイスドライバ」という本がすごいわけですが、あれだけだとちょっと不十分な感じだったのだ。
そういえば普通にファイルを mmap() して読み書き、というのもやったことないや、と思ったので、ちょっと書いてみた。
#include <stdio.h>
#include <sys/mman.h>
#include <fcntl.h>
#include <unistd.h>
int main(){
int fd;
char* p;
int i;
fd = open("textfile", O_RDWR);
if(fd<0) printf("can't open!\n");
printf("fd=%d\n", fd);
p= (char*)mmap(NULL, 100, PROT_READ|PROT_WRITE, MAP_FILE|MAP_SHARED, fd, 0);
printf("p=%lx\n", (long unsigned int)p);
if(p==MAP_FAILED) printf("can't mmap!\n");
for(i=0; i<100; i++)
putchar(p[i]);
for(i=0; i<10; i++)
p[i]=0x30+i;
close(fd);
return 0;
}
これで、配列の値を変更した通りにちゃんとファイルが書き換わる。Unix はかっこいい仕掛けがいっぱいあるなー。
畏れ多くも座長を仰せつかったので、数値計算流体シンポジウムというのに行ってきます。
僕らはアクセラレータのセッションで、つまり、どうやって速く計算するか、ということなので、計算機科学の立場からのアプローチ。
流体というと、飛行機や船舶をはじめとして乗り物とか、エンジンとか風車みたいなものを連想しがちですが、プログラムを見るとかなり面白い。防災 (竜巻とか) から医療 (血流とか) まであり、流れるもの、というのは身の回りにいくらでもあるわけで、でも、やっぱり気体とか液体の挙動というのは難しくて、それを研究する余地というのは無限にあるんだなあ、と思った。なんというか、流体というのは抽象度を下げてマジメにシミュレーションしようとすればするほど、果てしなく計算量が増えるので、まだまだこれからな気がする。
しかし、生命とか流体とか、なんでそういう、無限に計算量がある世界に踏み込んでしまったのか... ま、いろんな分野に貢献することが計算機科学の使命であり、発展の原動力だと思うので、いいんだけどね。
というわけで、仙台で会いましょう。でも... 日帰り? まじで??
新幹線があるから、いいか。がんばろう。
それで、誰か僕の発表スライドを作ってください... もういっぱいいっぱいです。
朝ごはんを食べていたら、ドイツに留学している中国人の男の子とその奥さんに会った。
彼とはどうも、Heidelberg で会ったことがある気がしていて、ごはんの後にビーチで立ち話。FPL at Heidelberg と FPT at Kitakyushu にいったよ、というので、"Oh, both I was there" といったら、"I think you were there" だって。覚えていてくれたかな。彼らは明日までここにいるんだそうだ。来年もここにこられたらいいねー、といって、別れる。
空港へ向かうシャトルバスで、North Carolina Univ で、BLASTn をやっている彼と、偶然一緒になった。彼は Atlanta へ、僕は Mexico City へ。30分くらいの間に、いろいろな話をした。
- 僕は若く見えるらしい (これは、海外へ行くと、いろんな人に言われる)。もう学生じゃなくて faculty staff だ、というと驚いていた。それで、大笑いしたのが、「アメリカでは Professor になるには、お腹が大きくなきゃいけない」だそうだ。僕は生涯サイクリストでいたいので、それは無理。
- 彼は ASIMO がお気に入りだそうで、日本の、mechanics, eletctronics を含めたトータルの技術力を大変高く評価していた。僕が、"China and India is going to overtake Japan" といったら、インドには TI とか、いろいろな device vendor が出てきているけど、やっていることは software だけだよー、とのこと。インドのソフトウェア開発能力はものすごい、と僕は思うのだけれど、ハードウェア的なものはまだ日本にも分があるのかな。がんばりましょう。
- Life science と computer science の collaboration はものすごくエキサイティングだ、というのが僕らの共通見解。彼のスライドには、GenBank のレコード数増加グラフが出ていたのだけれど、僕らの役割は life science の superlinear な発展にコンピュータを追いつかせることなのかもね、という話をした。
- FCCM に投稿するのが時期的にしんどいのは、日本人だけじゃないらしい。来年は FPL に出したいなあ。
- National Geographics のドキュメンタリーで、Megastructures というのがあって、それで関西空港の話を見たらしく、"日本の K で始まる、海の上にある空港はすげえな!" と大絶賛。僕もあそこは大好きです。夜、伊丹へ向かう飛行機から見る関空はめちゃめちゃきれい。
- Megastructures ともうひとつ、Aircraft accident investigation を見るのが好きらしい。「いや、それ、飛行機に乗る前に見ちゃダメでしょ」といったら、「そうだよね、Linux のシステムはしょっちゅうクラッシュするし、コンピュータは信用できない」それに、飛行機は floating point numerics でデザインされているから怖いって誰かのスライドにあったよね。"I want take control everything... " といっていた。確かに僕も、copper wire / opt fibre よりも、gears, springs and steel wire のほうが安心だと思う...
そんなこんなで、ターミナルでお別れ。
また世界のどこかで会いましょう。いい会議でした。
最近すげえまじめに働いてるんですよ。
まあ、それで研究が進んでいるかというと、それは微妙なんですが。
10/26 (明日!) プロティスト (原生生物) フォーラム @ 筑波大
12/2-4 デザインガイア @ 高知工科大
12/9-11 ReConFig '09 @ Cancun, Mexico
12/16-18 数値計算流体力学シンポジウム @ 東北大
発表めじろ押しであります。授業やレポートの採点なんかもあり、非常に忙しい。
とりあえず明日は筑波大で僕と握手！
毎年恒例になった ゲノムひろば にいってきた。予算の都合で今年で最後かもしれない、という話もあるのだけれど。
去年までは比較ゲノム解析ソフトウェアの話で、それでもけっこう普通の人に楽しんで話をきいてもらえたのだけれど、今年はあれですよ、納豆菌。けっこう強烈なインパクトがあったようです。一昨年は大阪天満橋、昨年は名古屋大で、それぞれ2日で1000人くらいの来場者で、それでも一日中誰かとしゃべっている感じでしたが、今年の秋葉原はなんと1日で1000人近い来場者。すごかった。10時からずっとしゃべっていて、途中でご飯を食べにいって、またずっとしゃべって、気がついたら17時で、おしまい。いやー、疲れたね。
しかし、こういうのは楽しい。オープンキャンパスなんかと違って、いろんな年齢層の、興味のある人だけがくるので、こちらとしても非常に刺激的です。
枯草菌 (B. subtilis subsp. subtilis) で作った納豆 (納豆っていうのかな?) と、納豆菌 (B. subtilis subsp. natto) で作った納豆。発酵が進みすぎて、若干やばかった (笑)。納豆は発酵が進みすぎるとアンモニアが発生してやばい感じなので、賞味期限内に食べましょう。納豆菌は胞子形成するので、かなり不死身で、煮沸したり冷凍したくらいでは死に絶えませんが、冷凍しておけばその間は活性が落ちて冬眠状態になるので、冷凍保存するのもアリ。
そういえば、お客さんのなかに、フジツボの研究しているお姉さんがいらっしゃった。富士山型のいわゆるフジツボは、昨年ゲノムが解読されたらしい (うおー) んだけど、彼女がやっているのは浮遊物に付着するやつで、それとは違うらしい。
海洋生物、ロマンですなあ。いいなあ。
微生物もいいけどね。
