Tour of Japan 南信州ステージは 5/20に決定 だそうです。いつも通り水曜日。
去年はいけなかったんだけど、今年の時間割的にはいけそうな雰囲気です。がんばろう。
March 2009 Archives
昨夜は、高分子吸収剤の粒が見えない、お粥みたいな状態になってたんだが、今朝みたら、粒が膨らんでビー玉みたいになってたよ。きれいだな。
まだタマゴは割れません。
春ですねー。
駅から大学に行く途中にあるお寺の桜が咲いてた。
いろんな木の芽もそろそろ。
今日はけっこう実装した。といっても、書いたコードはほんの数行で、
読んだコードが数百行だ。
これで PCI express の transport layer packet (TLP) を理解した、と思う。
なんとなく道筋が見えてきたので、しばらくドライバを書いたり、PCIe endpoint の実装をいじったりする日々になりそう。
動き出すと楽しいね。
しかし、他にもやることは山積みで、これからスタバいって物書き。
水入れて50分経過。
なみなみと注いだ水がほとんど高分子吸収剤に吸われて、タマゴがぐぐっと持ち上がってきました。吸収剤すごいなー。
寝るか。
本をたくさん読みます。
まあ、職業柄、というのもあるけどね。
でも、論文とか専門書以上に文学書とかを読んでいる気がするよ。
で、今日は、いつもチェックしている web の日記のひとつ に、
打合せが終って東海道線で帰るところ。「プレジデント」とかを真顔で読んでいる若い会社員が居る。
年収1800万の勉強術だそうだよ。 萎える。
電車ではこういう馬鹿を目のあたりにせねばならないところが辛いな。
この手の根拠無き上昇指向はカルトだな。
という記事がでてた。まったく同感です。
なんていうか、最近電車に乗ると、「こうすれば成功する」みたいな本の広告と、それを読んでいる人ばっかりなわけですが、なんだかね。つまんないよね。
年収が 1800 万あったら、私生活で充分な蓄えをしたとしても 1000 万くらい余裕で研究につぎこめるよなー、わけわかんないプロジェクトとか走らせて楽しいこといろいろできるよなー、とか思ってる時点で、そういう上昇志向の人たちから見ればアホなんでしょうが。
向上心のない人間はダメだと思いますが、
向上心がお金とか成功とか、研究者でいうと論文の本数とか、
そういう、誰にでも見える方向を向いているうちはダメだと思うのです。
1ヶ月遅れの誕生日プレゼントで、小学校の時からの友人にタマゴもらった。
中にマメが入っていて、発芽するとメッセージを書いた葉っぱが出てくるんだそうだ。
容器のフタは缶になってる。底に高分子吸収剤が敷き詰めてあるから、空気中の水分を吸っちゃまずいのかな。
あけました。
水はいっぱいに入れるそうだ。キーボードの上でやるなって?
底に敷いてある吸収剤。水を吸うと膨れるみたい。
しばらく待ちましょう。
吉祥寺で今日みつけたお店。
けっこうファンキーな感じだけど、和ものっぽいですね。
でもこういうの着るキャラクタじゃないです。すいません。
この本面白そうだなー。
Computational Methods for Understanding Bacterial and Archaeal Genomes
いまでもミーティングや、たいていはそのほかのどうでもいい理由で、母校の理工学部には顔を出しているわけですが、昨日いってみたら、入り口がどえらいことになっていた。
卒業生の皆様はびっくりすることと思います... よね?
なんじゃあこりゃあぁぁぁぁぁぁ!!! という、松田優作状態。
しかし、昔の写真は、ちょっと見あたらなかった。
久々に software design を買ってみた。
なんか、一時期から切れ味が悪い雑誌になり、最近買ってなかったのだけど、やっぱりちょっと残念な感じの内容でした。なんでかなー。編集方針が悪いとか執筆陣が悪いとかではない気がするんだよね。やっぱり、Unix を使う人たちが軟弱になったから???
でも、xargs とか find の使い方みたいな記事が載っており、それは非常に参考になった。便利に使わせていただきます。あと、amanda の記事が出てて、やっぱり使おうかなー、と思ったりとか。
システム管理者はこんなふうに、ずっと勉強を続けなきゃいけないわけで、これからはたまに買ってみることにしよう。
電車に乗っていたら急におなかが痛くなって、途中の駅でトイレに寄った。
で、ホームに上がろうとしたら電車がきている気配で、急いで階段を上がると、なんか違う気配。あ、これって、人がのる電車じゃないのね。
総合高速検測車、だって。かっこいー。
引っ張っているのはふつうの京王線の電車だけど、番号が3桁だし、この色だから、やっぱり専用に改造されてるっぽい。
なかにはいろんな機械が積まれてる。
でもよく見ると、「リュックは前に抱えて、座席は一人分に一人」みたいなステッカーがまだ貼られており、最低限の手間で業務用に改造しました、みたいな感じ。
日吉で後輩たちが卒展やってたので、いってきた。
ギャラリー日吉って、カフェの上にあるんだけど、行ったことなかったよ。
差し入れ。
いろいろ写真の話で盛り上がりましたとさ。
やっぱりフィルムですよ、フィルム。
国際会議に投稿する論文を投稿準備中、というか最終段階。
図を Tgif で描いて LaTeX 文書に貼り付け、dvipdfmx で PDF にすると、dvipdfmx は Type 1 標準のフォントを埋め込んでくれないので IEEE PDF eXpress でエラーになる。こまった。
で、TeX のソースや図など一式を tar.gz でまとめて PDF eXpress に投げれば、PDF eXpress の納得する PDF に変換してくれることがわかったんだけど、PDF のチェックだけで 7 分もかかるシステムなので、ソースからだと 20 分くらいかかり、非常に frustrating. もー。
昔、PC-9801 (80286 12MHz) で LaTeX 走らせてた頃のことを思い出したよ。コンパイルするときの [1] [2] [3] の、[ と 1 と ] が別々に出てくるのが見えるんだ。でも、6 ページなら 3 分くらいでコンパイルできたかなあ。PDF にするには GhostScript がいるわけで、さすがにそれは 386 なマシンで DOS extender 使わないと動かなくて、高嶺の花でしたが、まあ、386 なら 20 分くらいかかるかもね (笑)。
とりあえずお風呂入ってきます。出てきたらできてるといいなー。
友人から「mixi で君の日記が見られん」と怒られた。
どうも、mixi で「Movable Type を使っている」という設定にすると、index.rdf を見に行くようだが、MT4 の RSS は rss.xml なので、昔の index.rdf が残ってるを見に行っちゃって、3年くらい前の記事しか出てこなくなる。
というわけで、index.rdf を消して、index.rdf へのアクセスを rss.xml に redirect するように細工してみたら、復活した。mixi としては、mixi のほうで日記を書いてほしいのかもしれませんが、そんなのめんどくさくてやってられませんって。
週末はミラノ-サンレモ。そういう季節か。
春だなあ。
花粉が収まったらチャリ乗ろう。
OverDrive の DVD をまとめてみてる。
6枚目おわり。もうすぐ山岳賞。激熱い。
マンガだけに、ムチャな展開も多いが、
あちこちにけっこう深いロードレース哲学が隠れており、
たまに見ると、忘れていたものを思い出させてくれる。
ショーウィンドウで猫が寝てる！かわいい！ と思ったら、ぬいぐるみ。
液晶ディスプレイって焼き付きは起きないんだと思っていたのだけれど、起きることもあるみたい。
デュアルディスプレイの端末を使っていた学生は、右側をずっと IE 専用に使っていたらしくて、それっぽい模様になってるのを発見。
Mac だと左上にリンゴが焼き付いたりするかね？
いよいよ帰り。
ホテルは港のすぐそばなので、荷物をあずけていたのを回収。
お風呂に入ってからフェリーターミナルへ急ぐと、なんと遅延。21:20 発の予定なのに。
風が強くて海が荒れていた、というのもあるのだけれど、この時期は徳之島のジャガイモだとか、沖永良部の花なんかが大量に積み込まれるので、それでだいたい遅れるそうだ。なるほどー。
しかし、一時間やそこら遅れても誰も怒らないというのが、のどかでいいね。
3月なので、島をでていく人の見送りなのか、待合室は人でいっぱい。
制服の女の子たちが輪になって歌って、送られる方は涙ぐんだりして。
島を出る、というのはどういう気持ちなんだろう。
ターミナルの待合室にあるお店で買った、「ミキ」という謎の飲み物。
「これなんですか？」「ミキです」というおばちゃんとのやりとりをしたんだけど、どうもこちらではメジャーなものらしい。お米と砂糖でできていて、おいしいですよー、とのこと。
あとで飲んだら、餅菓子の味がした。そりゃそうか。
で、船に乗って一路鹿児島へ。一路、といっても12時間、そして外海は大時化。
売店で酔い止めを買って飲んだら眠くなり、目が覚めたら鹿児島湾だった。夜中に何度か目が覚めたのだがものすごく揺れており、ここで起きてしまったら終わりだ、と思ってそのまま眠り続けた。
鹿児島中央駅まではタクシー。15年くらい前にきたときとはすっかり変わってしまい、新幹線も通って、在来線のホームは寂しくなったけど、それでも宮崎方面の特急があるので、そちらのホームでなんとか駅弁を手に入れた。
川内からは肥薩おれんじ鉄道。
新幹線を作るとすぐ在来線を第3セクターにするのはどうなのかなー。JR でなくなるとスケールメリットが失われるので、必然的に地方路線は運賃が高くなるわけで、新幹線に通過される人たちのことを考えると、あんまりよくない気がする。
JR ではないので、青春18切符では乗れないんだけど、提示すると2000円の「おれんじ18フリーきっぷ」という一日乗り降り自由の券が買える。通しの運賃より 500 円くらいお得。がんばってるなー、と思う。途中の乗換駅 (阿久根かな?) で、5周年記念グッズ (といっても、絆創膏と綿棒のセット。とても実用的でよろしい) をいただきました。
西方海岸とか、海のきれいな路線だった。むかし西方に写真とりにきたなー。
八代から JR 。熊本で降りて、6年ぶりの 黒亭 でラーメン。すごい並んでました、が、お店の前につくとすでにみんな店内へ吸い込まれてた。ラッキー。
もやしラーメンを注文。きたー！！
今朝到着の「富士・はやぶさ」で東京発の九州夜行が消滅。ということで、たくさん鉄道ファンの人を見かけました。
で、博多まで電車で行って、福岡空港から飛行機で東京へ。
陸海空を制覇した感じ。
さて、奄美大島続編。
ほとんど時間はなかったのだけれど、レンタカー借りてずがーっと回ってきた。
名瀬市街の西北にある、大浜海浜公園というところの海。晴れてたらさぞかしきれいでしょうなあ。
岩の間にはいろんなサンゴが。
よく見ると砂が縞模様になってるんだけど、なんでかしら。波の影響？ 黒いところは粗くて、白いところが細かい砂。
花はトロピカル。
この島は起伏が激しくて、市街地の北東側にちょっと走るとこんな感じ。
西郷隆盛が自殺を図った後、奄美に蟄居させられていたときに建てた家。
上陸して、舫綱を巻き付けた松の木は西郷松という名前になってる。
空港の近くの海辺にはこんな木も。南国ですなあ。
Discovery of new microorganisms in the stratosphere だって。
成層圏で紫外線耐性細菌を採取ですか、マジですか。
はやくゲノム読もう。
P6000 は金属ボディなのですが、いきなり傷だらけになるとアレなので、100円ショップで入れ物を買ってみました。こういうやつ、ウレタンが劣化してくるとぼろぼろになって悲惨なんだけどね... で、これがつっこみどころ満載。
まず注意書きがすごい。
「入れるものの大きさによっては入らないことがあるぞ！気をつけろ！！」だそうです。そりゃ、小学生でもわかりますがな。
それから、日本を含むアジアのどこかでデザインされた証拠に、謎の外国語が書かれています。とりあえず、"Because" の綴りが間違っていることは僕にもわかりますが、それを訂正した上でどういう意味か、と聞かれると、困ります。
Nikon の COOLPIX 7600 というのを長いこと使ってきた。学生のときに買ったはずだから、もう5年くらいかな。いままでの撮影枚数は 1500 枚くらい。一方、5 年で回したフィルムは 100 本は下らないので、銀塩で撮っている写真のほうが圧倒的に多いことになる。携帯している時間はデジタルカメラのほうがずっと長いはずなのに。
で、理由を考えたのだけど、こんな感じ。
- 色とか解像度はそんなに悪くない (1/1.7 inch CCD だしね)
- 露出とかピントとか、いろいろなものがコントロールできない (これがでかい)
- レンズの歪曲がひどい
- レスポンスがいまいち
など。歪曲、というのは、普通の人は気にしないのかもしれないけれど、僕はずっと単焦点のレンズで写真を撮ってきたので、デジタルカメラに触るまでそんなものはほとんどなかったわけで、直線のものが直線に写らない、ということがものすごいストレスだった、というのは事実。むしろ、携帯電話の適当な固定焦点のカメラなんかのほうがまっすぐ写るわけで、多少ピントが甘くてもなんでも、そのほうが気持ちよく感じたりすることもあった。それに、いちおう露出補正の機能はあっても、メニューを開いてひろいろやらねばならず、気軽には使えなかった。
つまり、ポケットに入らない、ということを除けば、自分でピントをあわせて自分で露出を決める、手に馴染んだ古い機材のほうがずっと気軽に撮れるのだ。一枚ずつ丁寧に撮るのなら Nikomat とか FE2/FM2 があるし、大量に撮るような場面ではモータードライブを引っ張り出してきたり、F4 を使えばいい。だから、このデジタルカメラを出してくる場面、というのを考えてみると、
- デジタルじゃないと困る場合: すぐ論文に使うとか、学会でスライドをメモ代わりに撮るとき
- レーサージャージのポケットに突っ込んで自転車でどっかに行く場合
くらいだ。だからこれなら、普段散歩しながら撮るなら、フィルムでいい。
今回新しいのを買うにあたって条件としたのは、
- CCD が前のより小さくないこと
- 手ぶれ補正がついていること
- できれば RAW データが保存できる
- 露出補正がしやすい
- カバンに突っ込んでも不意に電源が入ったりしにくい
といったこと。画素数とかそんなのはどうでもよかったが、このへんの条件を満たすとなるとそこそこのものになる感じ。で、Nikon の COOLPIX P6000 というのにした。
GPS とか有線 LAN がついてるのはおまけ的な感じだが、上に挙げたポイント以外にも
- AF 測距エリアが選べる
- 露出補正はすごく簡単。シャッタースピードと絞りも選べる
- 歪曲収差のデジタル補正モードがある (かなり優秀)
- カスタムファンクションがたくさんあり、それを一発で呼び出す工夫がいろいろ
といった感じで、いろいろハイテクだが、かなり使いやすくて、いい感じ。
がりがり使います。でも 1300万画素もいりませんよ?
ちょっとでかいので、チャリでトレーニングに出るときに持って行くのは古いほうだな。まだまだこっちも使えるしね。
ビルの窓掃除ってすごいよな。
ゴンドラに乗ってやるやつならできそうだけど、これはさすがに無理な気がします。
吉祥寺には Linde というドイツパンのお店があって、ちょっと高いのだけれどとてもおいしい。
で、今日レシートをみたら、
「私が命のパンです」と書いてある。これ、新約聖書のヨハネ6章35節ですね。
なんじゃこりゃ、どういうパン屋さんだ、と思って、ちょっと調べたら、もともとお店の名前はドイツ人の宣教師さん (吉祥寺キリスト集会の関係の人) に由来しているのだそうだ。なるほどー。
袋にも聖句が書いてありました。
全然関係ないものを調べていて偶然見つけました。
マニア向け。富士・はやぶさ併走映像。
なんか、たいていの食堂にはこういう、でっかい貝殻が飾ってある気がします。トロピカル。
あと、よくわかりませんが、畳屋が多かった。和室な家が多いからかな。
大型店舗 (あと大手コンビニも) がそれほどないので、商店街はわりと元気。でも、けっこう謎な感じのお店がいっぱいあって好きです。
花屋さんはカラフル。帰りの船で聞いたところでは、沖永良部あたりは花卉栽培が最盛期みたいです。
HUBS Cafe というところに寄りました。おいしくてすてきなカフェでした。名瀬はなんか、いい感じのカフェがたくさんある気がします。
晴れたので港へ。すごく青い。
東京に帰ってきました。
ぼちぼち写真とか載せていこうと思います。まずは行きのフェリーから。
マルエーフェリーの阪神沖縄航路で、琉球エキスプレス、という船。名瀬・亀徳・和泊に寄港するルート。僕は名瀬までなので、あとは関係ないですが...
大阪南港のフェリーターミナルで乗船手続きをして、乗船券をもらいます。6000円の2等寝台Aと、2000円の2等寝台Bがあって、B ならいいかなー、と思ってきいてみたら、空いてました。やほーい。
ターミナルには迎えのバスがきてくれて、徒歩乗船の人はそれに乗ります。6000t の船ってでかいな!! タラップ登って乗船っていうのが、なんだかいい感じだった。帰りの乗船のときはボーディングブリッジがあって、まあ便利なんですが、ちょっと風情がないよね。
2等寝台Bは、2段ベッドが4つの8人部屋で、あとで聞いたら、Aもベッドは同じで、そのかわり洗面所が付くのだそうです。結局この部屋には僕と、那覇まで行くおじいちゃんのふたりだけだったので、それなら2000円のほうがいいよねー、と、二人で笑ってました。
部屋はこんな感じ。窓際にコンセントがひとつあります。出航して2時間くらい、淡路島をすぎるくらいまでは e-mobile も使えました。この船は食堂がなくて、基本的に各種自動販売機での対応なので、食料はなるべくもって乗った方がいいです。自動販売機は当然売り切れのリスクもあるし、混雑期は大変かも。あと、食事の時間になると売店でお弁当の販売もありますが、これは数が限られています。
夜中に甲板に出ると満天の星空。すごかった。
真っ暗な水平線 (水平線を探そうにも、真っ暗で見えないんだけど) をぼーっと眺めていると、遠くの灯台が見えたりします。灯台ごとに灯りの回ってくる間隔のパターンが違う、と昔だれかに教えてもらいましたが、本当にそうなんだなー、と思った。
昼間は天気があまりよくなくて残念。
屋久島でかかった。島が近づくと携帯電話が使えるようになるのが面白い。
ロビーのホワイトボードには、乗務員さんがいろいろな岬や港の予定時刻を書いてくれます。
2度目の夜がきて、北大東島・南大東島 (たぶん) の灯台を眺めて、そして名瀬入港です。
仲良くなった人たちと別れて、タラップを降りるのは、ちょっと切ない。
ホテルはトロピカルホテル というところで、入港のときに見えます。港からは歩いてあっという間。古くて狭い建物でしたが、大事に手入れされており、快適でした。
わすれてた。
東海道の旅の始まりといえば、まずこれですね。
[ オーバーレイネットワークにおける経路重複を利用した計測手法 ]
Overlay network = Skype とか BitTorrent とか、IP ネットワーク上に構築された論理的なネットワーク。ふつうはエンドポイントに実装するが、ルータ上に実装するルータオーバーレイネットワークを提案。ルータに実装するので効率的なオーバーレイトラフィックの制御ができる。
バンド幅測定の手法はどうかんがえている? (田中先生) → 今回は計測戦略についてなので、具体的にはあまり考えていない → パスを短く区切って測定すると、end-to-end で測定するのに比べて誤差がたまりそうですが → 関連研究で、それでも 80% くらいは信頼できる、というデータが出ている。
[ P2P ファイル共有システムにおけるクエリトレンドパターンの分析 ]
P2P なファイル共有システムでは LRU とかで peer の保持するキャッシュが管理されるが、いわゆる「急上昇キーワード」があるので、実際にはキャッシュの生存期間に行く前にみんなが冷めちゃって、キャッシュは無駄になることが多い。
P2P のサービスをクロールしてキーワードを収集。Winny は peer の回線速度によって階層化されるため、速いネットワークにつながっているpeer (回線速度は自己申告) にクエリが集中するので、そこでデータ収集を行った。1ヶ月計測で、ちゃんとべき乗則に従った結果になった。
クエリの推移パターンを FFT で処理し、クエリの類似度を計算。Ward法でクラスタリング。
これ面白いな。
キャッシュの生存期間を決めるには、クエリが減ってからでは遅くて、予測をせねばならないと思うのですが → 今後の課題ということでした。
いろいろなパターンをみせていただいたが、正規化する前の生の値が見てみたいです。急激に増えて急激に落ちるようなのは実際に人気があるのか、とか。→ 3割くらいがそういうキーワードでした。
[ 複数のオーバレイネットワークにおける残余通信時間を考慮した強調ルーティング ]
オーバーレイネットワークの利点: ふつうの IP ルーティングによるのではなく、自前で経路をもてるので自由度が高い。でも、こういうのが増えると、帯域を食い合ったりする。
既存の協調ルーティングでは、新規トラフィックが既存のトラフィックのバンド幅をどれくらい奪うかを計算し、全体としてなるべく影響が小さくなるようにする (全体を見回してやるのは無理なので、ノードごと)。でも、与える影響の持続時間を考慮していない。ファイル転送を例に、タスク完了に必要な残余時間を考慮した協調ルーティング手法を提案・評価。
もともと転送時間がわかっている前提のように見えるが？ → まあ、ふつうの、すでに送った割合で計算で、必ずしも正確でなくてもいいので。
[ ノード性能を考慮した非対称 DHT の提案 ]
DHT = Distributed Hash Table: P2P な overlaid network を使ったデータ構造。
すべてのノードが全体のルーティングテーブルを所持する (対称的)。でもこれはルーティングテーブルの維持が大変。
非対称 DHT では、バンド幅や計算能力などノードの性能に応じて高性能・低性能に分ける。高性能ノードは全体のルーティングテーブルを、低性能ノードは規定数の高性能ノードが見つかるまでルーティングテーブルを拡大。
低性能ノードのルーティングテーブルが小さければ通信量はけっこう減るが、データの取得に失敗する確率が高くなる。でも、挙動の説明できないところも・・・
[ 分散データベースにおける透過的データ利用環境の実現 ]
高知工科大の人類学のプロジェクトで作っている分散 DB の話。かっこいい。実際に使うものを作る、というのはいいね。
[ 定額制 VOD 型 IP 放送におけるユーザ便益と事業者収益に基づく視聴料金設定 ]
ちゃんとユーザ便益と事業者収益について、ゲーム理論をやっている。いいね。
事業者が利益を追求しすぎるとユーザが離れていっちゃうわけで。
12日午前中分。
[ TDMA 型無線メッシュネットワークにおける負荷分散および電波干渉軽減のためのスパニングツリー構築法 ]
無線のマルチホップ網を使って、バケツリレーで外に出る。でも、これだとゲートウェイノードに通信が集中する。それから、リンク間の電波干渉も問題。
blocking metric をもとに電波干渉を抑えるツリーを構築。
ゲートウェイノードを複数設置し、アクセス回線の利用率を均等化するために、どこから外に出るか、というのを最適化する。
スループットは最大 3.1 倍。経路なんかを計算するのは 200 倍速い。
ホップ数の増加による伝送遅延が心配、とのこと。
O(n^4) が O(n^3) に抑えられそう、というのはなぜ？ → ツリーの構築が O(n^3) で、ホップ数の閾値を変えながら最大 n 回のツリー再構築が必要だが、実質的には 1 回か 2 回ですみそうなので。
これは電波干渉を計算するために、事前に配置情報がわかっていないと使えないんじゃないかなー、と思うのですが、おとなしくしてました。
[ 無線メッシュネットワークにおける電波干渉および経路長を考慮した電力制御手法 ]
無線の出力レベルを制御することで電波干渉を減らす。干渉が減れば、TDMA でもたくさんのタイムスロットが取得できる。でも、遠くまで飛ばなくなるので、ホップ数が増える可能性があって、バランスをとることが重要になる。
電力制御は集中制御で行う。
方法1: ノード次数を見る
ほかのリンクとの干渉の可能性が高い、次数の大きなメッシュノードがもつリンクを削除
方法2: ノードの干渉数を見る
干渉領域内に存在するノード数が多いもの
しかし、このどちらも、局所的にホップ数の大きな経路ができてしまう可能性があるので、これらの手法を適用した後にホップ数を考える。
25% くらいフレーム長 (送信に必要なタイムスロット数) が削減できる。
手法間の比較をもうすこしがんばってー。こういうの、ぱっと見すぐ終わっちゃいそうな研究かと思ったんだが (すみません...)、いろいろ掘り下げるとかなり面白そうだ。
[ MANET におけるノードの隣接関係を基にしたルーティング手法の提案 ]
MANET = Mobile Ad-hoc NETwork. マルチホップ通信。
センサネットワークもそう。で、この手のものの多くはバッテリ駆動。
ぬおーん。途中で仕事の電話がかかってきてしまった。
MBC というこの手法をやるために、いろいろ negotiation をするのでパケットが増えてない? → フラッディングしない、というのがポイントで、そこで減っていると思うのですが → フラッディングに相当することを各ノードがやっているのでは...
[ 無線マルチホップ網における隣接ノード間連携に基づく自律的バーストアクセス制御 ]
無線マルチホップ網における TCP 通信の公平性とか。
送信権を獲得するために backoff algorithm を使うと、毎パケット backoff time 分待たなければならないので、その分スループットが低下する。802.11e では RTS/CTS (request to send / clear to send) を使って TXOP limit と呼ばれる時間までバースト転送を行うことができる。しかし、ネットワークの状況変化に対する適応性がないこと、送信権の獲得が乱数に基づくこと、が問題。
一定の時間ごとに隣接端末間でのパケット転送数の目標数を設定し、送信を行うときにはその目標と実績を照らし合わせて転送サイズを決定。
この方式のキモは、個々の端末が知りうる局所情報だけを用いて制御するところ。
隣接ノードのネゴシエーションが結局 backoff 時間分になっちゃうのでは? → RTS/CTS のパケットに情報を付け足すだけだから、たいしたことないです。通信当事者だけでやるんで、全体にデータが流れたりすることはない。
どれくらい公平性が上がったか、あるいはスループットが向上したか、といったところをもうちょっと評価したらいいのでは → がんばります。
[ 家電製品のネットワーク化の展開に関する一検討 ]
白物家電のネットワーク化。いろいろあって結局のところ普及していないが、細かいエネルギ管理に使えるのではないか？
ネットワークセキュリティが心配だが、ネットワーク化されるとメーカはどこでどれだけ使用されているかが把握できるので、製品リコールなどのときの対応が容易なので、そのあたりの安心感がセキュリティリスクを越えられるか?
[ SDH/OTN 統合ネットワーク管理方式の一考察 ]
OTN が拡がってきているが、既存のサービスを収容するための SDH もまだまだ重要。そこで、OTN と SDH を相互接続する必要性が出てきている。
Ring in Ring: SDH のリングが実際には OTN のリングに収容されているようなトポロジ構成。
SDH で何ホップかあるような場合に、SDH 装置を順番に通っていく必要があるので、何度も SDH と OTN を行ったり来たりする。
[ ホームネットワーク故障切り分け方式の検討: 効率的な故障診断のための可視化 ]
Flet's みたいなサービスを保守するための可視化ツールの話。流れているパケットを眺めて、どういう機材がつながってるのか、NAT がどういう構成になってるとか、そういうのを情報収集する。
むーん。
こういうの作るのは難しいな。わしゃ、中がどうなってるかわからない機材が家の gateway になっているのとかが我慢ならないので、家の出入り口は FreeBSD なわけですが。というかまあ、そういう、自分で故障診断する人はどうでもいいのか。
セキュリティも大事だが、こうやって局側から診断してくれるサービスのための何か、というのも必要だな。
[ ASパス詐称経路ハイジャックの検出手法の検討 ]
AS = 自律システム。
つまり、間違ったルーティング情報を (故意にしろ不意にしろ) 流してしまって事件が起きる、というのを検出したりする。
これには、隣接関係を評価すればよい。
同じ subnet を名乗るやつが二つ現れた場合、検出はできるが防御はできない。妥当性の評価は隣接関係で行う。
事例としてはどんなのがある? → パキスタン政府がパキスタンの ISP に対して youtube.com への経路をハイジャックするように指示し、その経路情報が間違って外に出ちゃったことがある (うひー)。
IRR にはどんな情報がある？ → 現状IRR にはだいたい下流の AS しか入れていないが、この手法が有効であることを主張して、みんながすべての隣接 AS を入れるようになればいいと思う。
[ インターネットバイパス網のアドレス構成に関する考察 ]
コネクション型のネットワークに IP トラフィックを載せる。IP アドレスをネットワークのトポロジに対応した転送アドレスに変換すれば、交換機の負担を軽減することができる。
しかし、マルチキャストはやっかいだ!
バイパス網のほうが輻輳しちゃって、バイパスしなければよかった、ということになったら？ たとえば、トラフィックが増えてきたらバイパス網に回すとかすればいいと思うが → その場合にはふつうの IP のほうを圧縮して対応するが、どうしても足りなくなった場合のことはこれから考えなければならない。
VMware で CAD を動かす環境を持っていたりする関係で、MacBook のディスクがほとんどいっぱいになっており、250GB のうち 230GB 以上を使った状態になっていたのだけれど、残り 20GB だと、ちょっとでかい計算をして結果を保存すればいっぱいになっちゃう。というわけで、500GB のハードディスク買った。ぷらっとオンライン で 11,000 円。もっと安い通販はたくさんありそうだけど、普段仕事でお世話になっている業者さん、という安心感は大きいよね。営業の人の顔も見えるし、何かとオンラインで済む時代になったけど、人と人のつながりっていうのは大事だと思います。
というわけで、500GB になった。Mac のすばらしいところは、OSのインストールからアプリケーションの再インストールとアップデートまで、2，3時間で終わるということ。自分のホームディレクトリの移行は、Unix ユーザならおなじみの rsync で、大事なディレクトリからはじめればすぐに作業マシンとして使えるようになるし、あとは寝ている間にでもやっておけばよい。
データの移行は、けっこう前に買った、玄人志向の怪しげな SATA (2.5inch) - USB 変換ボックスを使ったのだけれど、40MB/sec くらい出ており、まあ、USB の限界までびしっと使えるということで、いい感じ。まあ、ハードディスクはもっと速いと思うので、本当は Firewire 800 とか eSATA があればいいんだけど、MacBook にはどっちもないからね...
安全カミソリを京都のホテルに忘れてきちゃったので、奄美のホテルのとなりにあったでっかい薬局に買いにいったわけです。
そしたら、同じ Schick Quatro 4 で、
普通のやつ (替え刃1枚つき) ＞ 電気でぶるぶるするやつ (替え刃1枚付き) ＞ 電気でぶるぶるするやつ (替え刃3枚＋シェービングフォームつき)
という不思議な価格構成でした。一番デラックスなやつにしたぜ!
でも、帰りは飛行機に乗る前にシェービングフォームのスプレー缶捨てなきゃなあ。
淡路島の東側を航行中。
豊橋駅といえば、壺屋の稲荷寿司。
昼間に豊橋通ったら、いつもこれ。
東海道下ってきました。
浜松といえばこれ。
餅入りどらやきの、あんこが巨大で半径が小さい版。改札のなかの売店で売ってます。
「夜明け前」を読み終えたので、次の本はこれ。
ヒトゲノムプロジェクトの大物、Francis S. Collins 先生が書いた "The Language of God" という本を読んでいる。彼は科学者であると同時にクリスチャンであり、科学と信仰、という二項対立で語られがちなテーマについて、それが矛盾しないものである、ということを説いた本。
序章にこんな記述がある。
This rising cacophony of antagonistic voices leaves many sincere observers confused and disheartened. Reasonable people conclude that they are forced to choose between these two unappetizing extremes, neither of which offers much comfort. Disillusioned by the stridency of organized religion, slipping instead into various forms of antiscientific thinking, shallow spirituality, or simple apathy. Others decide to accept the value of both science and spirit, but compartmentalize these parts of their spiritual and material existence to avoid any uneasiness about apparent conflicts.
日本語にするのは面倒だな。下手な訳で申し訳ないです (英語を日本語に直す、というのはすごく久しぶりだ...)。
(科学と信仰に関する) 対立意見の不協和音の高まりは、たくさんのふつうの人々を混乱させ、また、がっかりさせてしまった。理屈のわかる人たちは、どちらも充分に納得がいくものでないと知りつつも、そのどちらかを選択しなければならないと気づいている。彼らは既存のかっちりした宗教を捨てて、さまざまな形の非科学的な考えや、浅薄なスピリチュアリティ、あるいはただの無神論へと移っていった。あるいは他の人は両方の価値を受け入れつつも、これらをそれぞれ精神と物質の問題として区別し、そこにある明確な矛盾を避けようとしている。
アメリカでは創造論を語る人たちの一部が行き過ぎてしまった (と、僕は思っているが、これについての意見はさまざまだと思う) おかげで、進化論と創造論、という対立が、科学と宗教、あるいは科学と聖書の対立のように語られてしまっている面があるのだけれど、進化論を受け入れることと、初めに神天地を造り給いし、という聖書の言葉を信じることは矛盾しない、と主張するのがこの本であり、そしてその主張は決して間違いではないと思う。
僕自身も、一応なんとなく生命科学をやっている (本職はやっぱり計算機科学なんですが) 研究者であり、神学にも興味を持つクリスチャンでもあり、でも、そこにはなんの矛盾もない、むしろ、キリスト教の神様というのはきわめて scientific な存在である、と思う。この著者がいうところの、「神様の言葉」であるゲノムを読み解く、とか、あるいはそれから構成される細胞のしくみの数理モデルを解き明かす、というのは、僕らが「どうやって」生きているのかを知る、その最前線であり、ものすごくエキサイティングな仕事だ。科学は「なぜ」生きているのか、という問いには答えてくれないけれど、"How" と "Why" の間をつなぐのは、人それぞれの重要な仕事であると思う。
一方でこれは、日本の心ある科学者の多くが憂慮しているニセ科学の問題と深いつながりがあるのではないか、と思う。この国には宗教というものがない、というのがまた問題をややこしくしていて、ニセ科学というのはある意味で、科学の顔をしてやってくる新興宗教なのではないか、と思う。つまり、宗教っぽいものと科学っぽいものを、うまく調和させて見せてくるところに、その気持ち悪さと、拡がりやすさがあるわけです。みんなもうちょっと理科を勉強していれば、こんなことにはならないと思うんだが。
ま、例によって、読み終わるまでにまた2ヶ月くらいかかると思うので、またちょこちょこ書こうと思います。
Contadorが勝った。
春だなあ。
[ 原始的な真核藻類 Cyanophora paradoxa のフィコビリソームの解析 ]
おそらくもっとも原始的な真核藻類。
葉緑体の2枚の膜の間にペプチドグリカンを持つ。
形成のされかたもほかの生物の葉緑体とはだいぶ違う。
[ 植物内生細菌 Azospirillum sp. B510 のゲノム構造解析 ]
rrn のコピーがたくさん。9セット。
プラスミドにのみ存在しているものもある・・・必須遺伝子が主染色体にない、ということはあるのか？
E.coli の必須遺伝子 303 のうち、18遺伝子がプラスミドの配列にヒットした!!
複数の染色体様構造を持つケースはいくつかの proteobacteria でも報告されているが、6 つもあるのは珍しい。
[ 植物生息微生物の群衆構造に対する根粒共生系の影響 ]
過剰窒素施肥で根粒菌のバランスが変わる。なるほどー。
[ 改良型汎用 RIVET (Recombinant in vivo expression technology) による根粒菌共生遺伝子の新規検出 ]
根粒菌は根毛から感染。宿主特異性がある。
共生には効かないけど競合に効く遺伝子がある? ふうむ、おもしろいな。
[ 次世代シーケンサを用いた感染症のメタゲノミック診断 ]
患者さんからの臨床検体を直接シーケンスして診断する試み。
従来の細菌検査では培地や PCR プライマーをいろいろ用意しなければならなかったが、シーケンサを用いれば単一の手法で検査を行うことができる。ウイルスや寄生虫にも適用可能かもしれない。ただしインフルエンザなどの場合、RNA 抽出＋ cDNA の作成、が必要。
[ タイリングアレイによるらい菌ゲノム全域の網羅的発現解析 ]
RNA 発現を RT-PCR で定量して、いくつかの偽遺伝子が転写されていることがわかった。
タイリングアレイはそれから。
60bp のプローブを 18bp 間隔。相補鎖分も作成。
治療前後の RNA 発現パターンを測定できると病態解析ができたりするかなー。
偽遺伝子がなんらかの役割をもっていて、選択圧に対する抵抗力になっている？
M.ulcerans もけっこう偽遺伝子があるので、偽遺伝子が残る、というのは Mycobacterium に特有だったりするのでは？ (まだ検討されてないそうですが)
[SOLiD]
csfasta format というので配列がでてくる。2base encoding.
[ Structure evaluation using the consensus and quality assessment for protein modeling ]
構造予測コンテストの話。
[ BL-SOM ]
池村先生のところの発表。
生物種の推定だけではなくて、タンパク質機能推定にも使える?
SOM の specificity / sensitivity はどうやって評価するの? → たとえば COG を正解セットにして評価するとか。
[ Genome Matcher ]
大坪さん。
配列解析のところは BLAST と MUMmer.
多対多の dot-plot のやりかたは参考になるかも? でもお互いあんまりマネしない方がいいよね...
Excel2Fasta とか、GenBank2Excel とか、いけてる。
blastn とか tblastn のところを入れ替えるのはユーザができる？→プログラムなおさなあかん。
いろんなツールは pipeline にできる? → Excel に貼り付けてくりかえし。
[ 大量のオーソログデータを用いた微生物の系統推定 ]
着目する遺伝子をかえると、種の系統関係が変わってしまうことがある。
原核生物17門について新しい方法でオーソログデータセットを作成し、それをもとに系統関係を決定。新しい系統樹分岐点評価法を開発する。
MBGDから入手したオーソログセットから、アウトパラログ(種分化の前に起こった遺伝子重複によって生じた遺伝子群)を除去。それをもとに連結系統樹を作成し、連結系統樹のそれぞれの分岐点が、各オーソログ系統樹によってどれだけ支持されているかを計算する。
去年僕が写真を撮りまくっていたからか (笑)、撮影しちゃだめよ、ということになっていたので、今年は文章だけ。
今日から中央大 @ 後楽園 でやってます。
初日の今日は、大学であれこれやってたので、夕方のポスターセッションから。
[ 海洋植物プランクトンに感染するウイルスのゲノム性状 ]
既知のウイルスファミリに属さないもの。
dsDNA, ssDNA, ssRNA (ds=double strand, ss=single strand) ウイルスを分離。
一本鎖で、一部にだけ二本鎖領域がある DNA とか。不思議ちゃん。
インテイン = 前駆体タンパク質から splice される、タンパク質版のイントロンみたいなもの。
partial double strand DNA というのはほかにもあるらしい。
宿主は藻類とからしい。
[ Acytostelium 属細胞性粘菌のゲノム・cDNA 解析 ]
D. discoidium A. Acytostelium
size 36M / 28M
AT contents 78.8% / 43.7%
Coverage 8x / 6x
Gene model 13,340 / 11,xxx
Acytostelium の遺伝子構造を確定して、おおよその発現情報を得たい。
cDNA を作ってアセンブルして、ゲノムに当てたら 3,451 個当たった。
[ ゲノム解析が明らかにしたシロアリ腸内原生生物細胞内共生細菌の空中窒素固定能 ]
木材には窒素がほとんどないから、それだけ食べても生きていけるわけがなくて、腸内細菌が空中の窒素を固定していることがわかった。1uL くらいの腸に、数千の原生生物と一億の腸内細菌。
原生生物は木片を食べている。
共生細菌は培養できないので、１細胞を取り出してきて DNA を増幅して配列読んだ。
窒素固定遺伝子をはじめとして、多くの遺伝子が Bacteroidales のものに似ている。水平伝搬?
木片を原生生物が分解して単糖をつくると、その一部を共生細菌がとりこんで、窒素代謝に使っている。すげーな。
[ 機能性メタゲノム解析により明らかにされた環境中の芳香環分解遺伝子の実態 ]
分解メガプラスミド (50kb 以上) があって(染色体に乗っていることもあるけど) 、分解遺伝子群はだいたいひとまとまりのオペロン構造になっている。
[ 環状DNA合成法およびcell-free cloning法 ]
微量の微生物 DNA 増幅の場合、コンタミネーションコントロールが問題で、既知配列じゃないとだめ。
byproduct = DNA プライマーを使うのが問題で、プライマーの single strand にくっついちゃう。
RNA プライマーを使えば、プライマー由来の byproduct がなくなる。
[ Pre-amplified inverse PCR を用いた環境試料からの新規エステラーゼ遺伝子の取得 ]
遺伝子の全長を復元する Inverse PCR は (たぶん self ligation の効率が悪いので) PCR よりたくさん試料が必要。
事前に対象のところだけ増幅したい。
終わったあとは、なかよしチームで東京ドームのあたりのレストランへ行き、アメリカンな感じの体に悪そうな揚げ物いろいろを食べてきました。
胃の薬飲んで寝るかなー。
確定申告書を作ったら追加納税せよ、とのことで、ようやく税務署いってきました。
お金なくなった。だって、月収の 1 割くらいですよこれ。
まあ、しかし、国税を払うということは間接的に自分の大学に研究費を払うようなもの、と思って納得することにしました。違うか...
ミーティングで長崎いってきました。
みなさま、修了おめでとうございますー。
で、帰りにひとりでちゃんぽん食べてきた。空港行きのバスに乗ってしばらく、おなかいっぱいで苦しかった。
長らく補修工事中だった、わしの大学の本館ですが、卒業式で写真を撮るのには間に合いそう。
この写真は１週間くらい前で、今はもうほとんど囲いは外されてます。
ほほーう。シマノから
SM-CN79というのが出て、工具がなくてもチェーンがつなげるようになったそうだ。
これでチェーン切り携帯しなくてもいいかな、と思ったんだが、よく考えると、チェーンがだめになった場合は、そこのリンクを切らなきゃいけないわけだから、だめですね。ふつうのアンプルピンでいいや。
日東、という会社はいろいろありますが、自転車業界だと、ハンドルとかを作っているメーカーがとても有名。
で、Cyclingtime に、日東の作ってるハンドルいろいろ についての記事が出てた。すごい。
かくいう僕も日東のハンドルを一度使ってから離れられなくなりましたが、なかなか深いね。てか、これ書いてる人そうとうマニアだな (笑)。
ゲノム微生物学会のページに、吉川寛先生の網羅と枚挙という記事が載っていた。非常に興味深い。
「人工物と異なり、自然には原子から宇宙まで網羅できるものなど存在し得ないから、網羅とは所詮相対的なものだと思われていた。ところがゲノムの解読が行われて、その常識的感覚が覆った。情報量が巨大だから、あまり気にかけていなかったのかもしれないが、ゲノムの塩基配列は、当たり前だが有限なのである。」
ゲノム解読というのは、生命現象を理解する上で登場人物のリストを明確にすることだと思う。もちろん、ゲノム配列のあちこちには未知の遺伝子という隠れキャラがたくさん潜んでいるんだけどね。
いまやラップトップのハードディスクにヒトゲノムすらも余裕で収まる時代。生物屋さんから計算機屋さん、制御屋さんまで含めてみんなでその分析に取り組んでる。だから面白い。
仏像を大量に盗んでいた奴がつかまったそうだ。
なんかの会社の偉い人だそうだが、なんでそんなことするかね?
まあ、まじめな話をしたかったのではなくて、
「マッハ!!!!!!!!」という映画を思い出した。CG なし、スタントなし、ワイヤーなしの、ものすごいアクション映画で、ストーリーはわりとどうでもいい感じだったが、いちおう盗まれた村の仏像を取り戻す、というのが目的になっていた。すげえかっこいいんだ。
DVD もってたんだけど、誰かに貸したままだな...
Cycle Calculator: ギア比計算する dashboard widget.
わはは。いいね。
花粉飛んでます。
でもいい天気です。
最近運動不足なので、チャリで出勤。どうなるやら。
日経 PC online に、格安自転車を使うことで失われる3つの感覚 というのが出ており、非常に面白かった。
「最後に、これは自転車に限ったことではないが、自分の可能性が失われる。人は道具を持った時、人／道具というマン・マシン一体のシステムとなる。良い道具を持つということは、人という存在を拡張することなのだ。」
なるほどね。
俺は、普通の人は、ちょっといい感じのチャリがあればそれでいいと思うんですが、ロードレーサーは「人という存在を拡張する」ひとつの極端な例です。自分の足で一日に 100km 移動できるか、と言われると 99% 無理ですが、ロードレーサーで 100km 走れ、といわれたら、50% くらいの人がやってみればできるんじゃないか、と思う。
ダメな道具は人間もダメにする、という視点は、なかなか興味深い。
