中津川-飯田間を走っていた、JR 東海バスの「いいなかライナー」がなくなって久しいですが、伊那バスが伊那市駅-木曽福島駅でごんべえ号を走らせるそうだ。一日四便。いいですね。
こんどはずっと続くといいなー。
March 2008 Archives
GTK+ のWindows 向け解説ページにGTK+ developer files bundleというのが出てた。
個別にダウンロードしなくても、展開するだけで GTK+ の開発環境ができあがる。かなりよさげ。
明日は大学院修了式。
父が学位を頂くので、しっかり写真を撮ろうと思います。
最近すっかり F とか Nikomat ですが、室内だし、連動爪のついてないレンズを使うことにもなるので、FE2 にお出ましを願うことに。やっぱり、FE2 とか FM2 は近代のカメラで、同じ普及価格帯で 40 年前の Nikomat とは、ミラーショックとかが全然違うのね。したがって、室内とか暗いところでは、非常にいい感じです。フラッシュ使わないなら、暗くても露出計が見やすい FM2 に軍配があがるかな。
日吉記念館の後ろから撮るなら、300mm とかほしいところだけど、さすがに 200mm までしか持ってません。テレコンがあればなー。普段、全然望遠レンズなんか使わないので、たまに困るんだ。でも、本当に「たまに」で、普段は 50mm と 28mm があれば幸せに生きていけます。
なんか、子供の卒業式を撮る親、とはまったく逆の立場だな。
僕が博士とったときは、父は「そんなの取って当たり前じゃ！」みたいな感じで、こなかったわけですが (笑)。
でもなんかこう、嬉しいね。
買った。一気に読んだ。
レースの展開がすげえ、いつぞやの TdF とかを思い起こさせる感じだったりして、マジで熱い。
6月開通だそうだ。どこ通るのかいまいちわかりませんでしたが、いい感じだな。
最近は、なんだか急に、いろんな路線が増えるね。
最近大学に行く途中でよく見かける野良ちゃんたち。
すごくかわいい。
あそこにあるアレですが、なんと「売り切れ」のランプが点灯していました。
超ショック。
Apple Store のスケジュール見てたら、Rie さん全国ツアーがスケジュールされてた。すごいな！
Sun. Apr.06 20:00 Shibuya
Sat. Apr.12 17:00 Ginza
Sat. May. 10 19:00 Sendai
Sat. May. 17 14:00 Fukuoka
Sat. May. 24 19:00 Sapporo
Sat. Jun. 14 19:00 Nagoya
Schedule for Osaka/Shinsaibashi: TBD
無料です。みなさまお越しを。
京王線に乗ろうとしたら、「沿線障害物点検のため区間運休中」とのこと。
代行バスが出ている、とのことだったが、現場の案内の人によると混んでいて乗れないから歩いたほうが早いかも、とのこと。結局、動いている駅までは10分か20分くらいで歩けるので、旅行でこっちにきていて困っていた人を案内しがてら、歩いたのだが。
沿線障害物、というから、木とかなにか、背の高いものが倒れて線路をふさいだりしたのかなー、と思ったら、あとで asahi.com をみると、近所で不発弾が出たのだそうだ。
僕の住んでいる調布は、いまでも空港や JAXA があるけど、昔はそれが陸軍の飛行場や中島飛行機なんかで、首都防衛の戦闘機の基地だったりしたわけで、当然軍事施設として空襲の標的だった。うちのあたりは一面の田んぼだったわけだけれど、そういうところに落ちた爆弾のいくつかは不発弾として深く沈んでしまったりなんかして、そのままいまでも埋まっていたりするみたいだ。
この国は一見平和だし、戦争とは関係ないような気がしているけど、戦争の傷跡は僕らの足下にだって眠っている。
仕事をがーっと片付けて、恵比寿天窓 switch へ。
水谷美月さんのライブに行ってきた。
水谷美月さん、という人を僕はこの間まで知らなくて、
友人の Rie さんのライブに行ったときに出演していて知ったのだけれど、
アイルランド民謡とかをやっていらっしゃる、
バイオリンと歌が、とても素敵な方です。
ほんとはほかの二組のアーティストの演奏も聴きたかったんだけど、
仕事をやっつけてから行ったので、時間がありませんでした。
でも、とてもよかった。
録音された音源とか、
ましてやデジタル化された音源とか、
ましてや圧縮された音源とか、
そんなものだけ聴いてちゃダメよね。
ものすごく元気になりました。
がんばろう。
アーティストと同じ空間を共有すること、っていうのが、
音楽でも写真でも、とても大事なんだと思います。
大きなコンサートホールや美術館もいいけど、
ライブハウスとか、小さいギャラリーがとっても好き。
もしかしたら、自転車レースに惹かれるのは、
観客と選手の距離が、そういう感じだからなのかな。
そんなことを思いました。
で、ついに愛用のカメラの修理が終わって、
5年ぶりに動く形で手元に戻ってきたので、明日はちょっと出かけてきます！
いま、フィルムを入れて、すごいウキウキ。
なんかあれだ、
こういうのを「昔の恋人とデートする気分」っていうんだろうな。
もう君を放しはしない、なんちて（笑）。
さだまさしの、「きみのふるさと」という唄が好きだ。
Youtube で見つけた、何処かの誰かが唄ってる、きみのふるさと。
決して上手ではないけれど、
なんか、こういうの、いいよね。
ギター、いいなあ。
同じひとの、「つゆのあとさき」はとてもよかった。
今日は卒業式。卒業生はほとんど研究室にきてくれなかったけど（笑）。
某所で Windows XP なマシンの障害復旧。
Windows Update に2時間以上かかってる。
こんなOSを業務で使うなんて、信じられんね。
世の中の人たちはそんなに業務を停滞させたいのかい？
今日、ついに修理が終わった旨の電話があった。
ひゃっほう！
明日取りに行ってきます。
過労らしく、木金土とほとんど起き上がれない状態でぶっ倒れてましたが、
ようやく復活しました。
ご迷惑をおかけしました...
graphics/imgtops
EPS とさまざまなビットマップイメージの相互変換プログラムだそうだ。
そういうわけで、今日はけっこう速かった。
でも、まだまだだな。
40.87km @ 27.3km/h (1h28m48s) odo 4421.9km
往路、多摩川サイクリング道路経由で 18.97km を 42 分。平均時速 27.0km.
向かい風で苦戦したにしては、まあまあか。
今日も自転車で出動。
一切寄り道なしなので、距離は短いな。
最近は回り道して距離を稼いでいたので、多摩川サイクリング道路を走るのは久しぶり。
36.65km @ 24.6km/h (1h29m20s) odo 4380.9km
帰りはわりと乗れてた気がするのだが、やっぱりまだ本調子ではなくてギアが掛からず、52x17 なんかは踏み切れない。ずっと小ギアに入れて、39x15 か 39x14 くらい。
府中街道を走っているときに水筒を落として、後輪でひっかけた。水筒が後輪に轢かれて下敷きになった恰好(おそらくそうだと思う...)で後輪はロックした状態になり、肝を冷やした。しかしまあ、無事にコントロールを取り戻して路肩に停まる。落車は免れたが、水筒は引きずられて穴があいてしまい、当然中身は流失。自販機で水を買って、もう一本の水筒に流し込む。ついてない。
でも、日に日に乗れるようになっているのがおもしろい。
Greg Lemond は銃弾食らっても (しかも散弾だ) レースに戻ってきたし、Lance Armstrong はガンとの闘病生活から生還して勝ちまくった。僕の大好きな Jan Ullrich は毎年冬になるとデブって、ファンを焦らせたがそれでも毎年のようにパリの表彰台に立った。
だから、負けない。
TOJ の、南信州ステージを観戦に行く日までには完全復活します。
修理に出してるカメラがまだ戻ってきてないわけですが、それはまあ、かなり古いカメラなので部品調達とかで手間取ることもあろう、というもので、気長に待っています。
で、最近はもう、Nikon も MF レンズのラインナップが大幅に縮小されており、レンズを揃えるならいまのうちなんじゃないか、という気がしてきた。
ニコンのレンズで、いま持っているのは、
24/2.8 (非Ai)
28/2 (AiS)
35/2 (Ai) なぜか2本ある。誰かほしい人いる?
PC35/2.8 (非Ai)
50/1.2 (AiS)
50/1.4 (非Ai) は、誰かに貸しちゃってる。
55/1.2 (非Ai)
135/2.8 (非Ai)
43-86/3.5 (非Ai)
80-200/2.8 (AiAF ED)
そんな感じ。そんなに長いレンズは使わないので、
35/1.4
85/1.4
くらいを手に入れて、80-200 に露出計連動爪をつければ、けっこういいかなー、と思っているんだけど。
ま、普段は 50mm しか使わないんだけどね...
あと、135/2 はほしいかも。
そう考えると、3本くらい増やせば完結する雰囲気で、けっこう現実的だ。
何年も気になっていた自由が丘の Bianchi というイタリアンのお店にいってみた。東横線自由が丘駅の、都立大学側の踏切のすぐそばにある小さなお店。
お店の前に Bianchi のジャージが飾ってあったり、さりげなくマルコ・パンターニの写真や Giro の記念ボトルが飾ってあったりしますが、まあ、自転車に興味のないひとは気付かないレベルかも。
ひとり 5000 円くらい (ワインとか頼むと話は別ですが)。
とてもおいしかった。
またなんかの時に行こう。
寝るんだ。
今週もチャリ生活。がんばろう。
ちょっと前に書いた hp のちょっと前のマシンで FreeBSD/amd64 が起動しない問題 だが、FreeBSD の bug tracking なところを眺めていたら PR 111955 のほうで、「修正できたと思うよー」ということになっている。
でも 8.0 のほうだからなー。7.1 までに MFC されるかな?
(気合いで自分で MFC できるか、といわれると... ぐぅ)
4 月の 8.0 snapshot で試してみよう。
明日は JR のダイヤ改正。たくさんの夜行列車が消える。
「銀河」、大学院生の頃はずいぶん乗ったなあ。
九州に学会で行った帰りはいつも長崎から「あかつき」で大阪に出て、
大阪で一日過ごしてから「銀河」で東京に帰ったっけ。
東京駅の9番・10番ホームには「東海道線 横浜・小田原・熱海・大阪・下関・博多・熊本・長崎... 方面」という看板が懸かっていた、そんな頃。夕方になれば、長崎・佐世保行きの「さくら」を筆頭に、西へ向かう青い列車がたくさん見られた。
高校生の頃は、もうとっくになくなってしまった「ちくま」によく乗った。
当時は信州ワイド周遊券、というのがあって、それを使うと長野から「ちくま」で、木曽福島まで行けるので、ちょうどそこですれ違う長野行きに乗り換え。高校生や、大学に入りたての頃はまだ青い客車で、寝台車もつながっていた。いつしか電車になり、列車も周遊券もなくなった。
飛行機は便利だし、速いし、何より空を飛ぶことはワクワクするのだけれど、
列車が素敵なのは、いつもの駅から、いつもと違うところにいける、ということ。
いつもと違うところ、は、見知らぬ土地であったり、故郷であったりする。
駅の電光掲示板を流れてゆく、大切な街の名前を見送りながら、
列車に飛び乗りさえすれば、いつでもそこに帰れるのだから、
もうすこしここで頑張ろう、と思ってきた人は、僕だけじゃないと思う。
夜の山手線に揺られながら、
窓に映る自分の顔の向こうを、遙か九州へ旅立つ列車が駆け抜けてゆくのを眺める、
そんな光景は、もう見られない。
寂しいね。
二日続けてしっかり走った。若干あちこちが痛いです。
しかし、相変わらず遅いな。
40.11km @ 23.0km/h (1h44m23s) odo 4344.2km
3ヶ月のブランクの割には、意外と乗れてる感じ。
でも、全然速度はでないし (往路なんか、平均時速が 23km/h 台だ!) 、
帰りはもう、体中に限界がきちゃって、ほんとにつらかった。
45.15km @ 24.4km/h (1h50m58s) odo 4301.3km
やっと体調がよくなってきたので、チャリ生活を再開することにした。
最近ほんとにロード乗ってる人増えたよなー。
だけど、正直に言わせてもらうと、みんな運転ヘタクソで危なっかしいっす。
あと、レース機材に乗っているという自覚がないから、あれじゃすぐダメになるぜ。
乗ってる人も自転車も超カッコいいのに、チェーンがごりごりいってるとかね。
ママチャリのチェーンとは違うのだよ。ちゃんと注油しないとすぐ切れるのだよ(笑)。
ま、そゆわけで、調子にのってるヒヨッコどもに、チャリの乗り方を教えてやるぜ!
どうしたらいいかなー。
/usr/local/lib/ @ nVIDIA な環境:
libGLcore.so{,.1}
XXX-libGL.so.1.%%.libGL-7.0.1
xorg/modules/extensions/XXX-libGLcore.la.%%.xorg-server-1.4_5,1
xorg/modules/extensions/XXX-libGLcore.so.%%.xorg-server-1.4_5,1
xorg/modules/extensions/XXX-libglx.la.%%.xorg-server-1.4_5,1
xorg/modules/extensions/XXX-libglx.so.%%.xorg-server-1.4_5,1
/usr/local/lib @ non-nVIDIA:
libGL.so
xorg/modules/extensions/libGLcore.la
xorg/modules/extensions/libGLcore.so
xorg/modules/extensions/libglx.la
xorg/modules/extensions/libglx.so
XXX-* がオリジナルの x.org なライブラリなわけで、とりあえず、/dev/nvidia0 がない場合には unionfs を使って nVIDIA なファイルを消したり、上書きしたりするようにしてみた。あとは unionfs の安定性次第なんだけど、7.0 の unionfs はどうなんでしょ?
なんとなく intel (4x) を読んでいたら、
The driver supports hardware accelerated 3D via the Direct Rendering Infrastructure (DRI), but only in depth 16 for the i810/i815 and depths 16 and 24 for the 830M and later.
とか書いてある。これはやってみなければなるまい。さっそく、xorg.conf の device セクションに
Option "AddARGBGLXVisuals" "On"
Option "XAANoOffscreenPixmaps" "True"
Option "DRI" "true"
を書き足して、bzflag で遊んでみた。メニューは速くなってないな。サーバにつなぐと... X が落ちた。
/usr/local/lib/dri/i965_dri.so がない、といわれる。そこで、/usr/ports/graphics/dri を調べてみると、amd64 では i965_dri.so をインストールしないようだが、i386 ではインストールされている。じゃ、これ、(nVIDIA とかの proprietary driver と違って全部ソースがあるわけだし、最近書かれたものなら 64bit safe っぽいから)インストールするようにすればいいんじゃない？というわけ。
ちょっと調べたら、FreeBSD-Bugsの記事とかが出てきた。むふふ。Makefile と pkg-plist を直せばいけそうだ。
そゆわけで、修正して、make; make deinstall; make reinstall したら、bzflag が (そこそこ) 快適。すばらし。
- 研究室にポスターもっていく
- フィルムを現像に出す
- たいやき買ってから研究室いく
遊んでそうにみえるな。まじめにやってますよ。
Baker Bounce: モリケンに教えてもらった三軒茶屋のハンバーガー屋さん。
今度いってみよう。
おくだけいこ師匠がやってたので、やってみた。
ザ・恋愛インタビュアー: あなたの代わりに 1000 人にインタビューしてきました。
あほですが。
「生命力が強い」ってなんだよ。俺、結構病弱なのに。
----------
早速 長名保範 さんについて1000人にインタビューしてきました。
[ 総合的なイメージ ]
- 1位 女性に優しい 410票
- 2位 かなり年下狙い 128票
- 3位 生命力が強い 124票
- 4位 おじいちゃんみたい 121票
- 5位 ジタバタしない 115票
[ こんな恋愛をしてそうBEST3 ]
1位 形にとらわれない掴みどころのない恋愛 357票
2位 我慢を通り越して諦めの恋愛 310票
3位 教育に良さそうなほんわかした恋愛 131票
[ こんな理由で別れそうBEST3 ]
1位 淡々としてなんとなく別れる 468票
2位 彼女が他の人を好きになって別れる 231票
3位 自分の嫉妬に疲れて自ら別れる 99票
[ こんな人がお似合い ]
SかMか
1位 ドMの人 577票
2位 ややSの人 111票
3位 ノーマルの人 111票
性格など
1位 とにかくハキハキしている人 436 票
2位 いいところを認めてくれる人 243 票
3位 少しやんちゃで人なつこい人 119 票
[ 街角の声 ]
東京都在住 17歳 高校生 あいりさん
おさなやすのりさん？うん、なかなかイイと思いまっす！親しみやすいし。
あーでも真面目に告白されたら、なんか、そういうのじゃないかも。
林業従事者が減って、山林があれるのが問題になっているわけだが、
花粉症の人たちを集めて、花粉のオフシーズンに杉の木を切って別のを植林する、というのはどうだろうね？
俺、喜んで協力しますけれど。
http://www.cyclestyle.net/news/detail/1688.html
応募しませんか。
そういうわけで、阪大吹田キャンパスにいってきた。
キャンパスが広くて、懇親会とかで別の建物にいくと迷ったりした。
茨木駅から阪大に行くにはバスが便利。看板の「太陽の塔」がかわいい。芸術は爆発だ！
モノレールからはホンモノがよく見えます。でかいなー。
で、阪大は広いからキャンパス内でロード練とか普通にできそうだ、と思っていたらこんな看板が！おそろしい。
懇親会は学生食堂。すごい回数券があるらしい。いいね。
阪大病院前のモノレールの駅からみた、太陽の塔の後ろ姿。
帰る前に、伊丹空港の551蓬莱。
伊丹空港の展望デッキにあがってみた。広くて気持ちいいね。午後は逆光気味。
自分のポスター。わりと評判よかったです。
- IS とか transposon とか探せるかな? (transposon in transposon とか、泣きそう)
- contig を並べ直すときに近縁種と並べて使えないかな?
- ortholog 探すのに使える?
- draft sequence を読んだあとに速攻で使いたいぜ、というのが多いな。近縁種ゲノムに貼り付けるツールはあるはずなんだけど。
奈良女子大の佐伯先生が、さりげなくポスターで紹介してくださいました。
無重力状態ではバイオフィルムとかがどうなるのか、という研究。宇宙飛行士の健康とかを考えるとかなり重要だと思うのだが、アメリカなんかではそういう情報がけっこう機密扱いらしく、日本は日本でやらなきゃいけないのか。
GenomeMatcher. いろいろかわいい表示が出ます。負けてられません。
[ 実用菌株を中心とした麹菌のゲノム進化の解析と醸造特性との関連について ]
Aspergillus は基本的に glucose と無機塩類があれば育つので、米麦大豆などとの共進化、みたいなのは特にないらしい。ゲノムは数 % の違い。
実際に、清酒と醤油を同じ菌でつくることもできるらしい。
でも、清酒と醤油では培地が違うし、自然に歴史のなかで用途によって適したものが使い分けられてきている、ということらしい。
毒素とかは 2/3 の株遺伝子群がで欠落しており、持っているものでも発現はしていない。
[ ゲノム解析に基づいた清酒酵母の醸造特性の解析 ]
清酒の香り成分などは酵母 (S. cerevisiae に似ている) によって作られる。
S. cerevisiae は一倍体だが、清酒酵母は通常二倍体 (一倍体でも増殖する) 。
低温でよく増殖する、生成酒の香味が優れている、諸味で高泡を形成する、ビオチン非要求性、などが特徴。
協会7号酵母のゲノムはほぼアセンブルが終わっている。実験室酵母とほぼ同じだが、いくつかの染色体で小さな逆位があったりする。
清酒酵母に特異的な遺伝子 (高泡を形成する遺伝子は AWA1 だ!) の多くは、染色体の両端に存在する。
実験室酵母にあって清酒酵母にない遺伝子やその逆は数えるほどしかない。
ビオチンを作る遺伝子 bio6 と bio1 がクラスタを形成し、4つの染色体の末端に存在。清酒・焼酎酵母だけがこれらを持っていて、ビオチンを合成する。
産業上重要な遺伝的形質の多くは量的形質。エタノール生産性とかね。これに関わる遺伝子座を調べるのが QTL analysis.
清酒酵母・実験室酵母それぞれ一倍体を交雑してヘテロ二倍体を作り、それで胞子分離一倍体を得る。これで醸造を行い、DNA マーカーで各種遺伝子の由来 (実験室酵母か醸造酵母か) を調べながら量的形質との関連を探る。
QTL 解析の結果、実験室酵母のほうが醸造酵母よりも生産性が高い物質もある → 改良の余地があることがわかる。
実験室酵母はずっとみんなが増やしているので、実際に飼っているものとの配列の違いが問題に問題になったりしない？ → 遺伝子があるとかないとか、そういう大きな違いのところから始めているので問題ない。
[ 下面発酵酵母の減数分裂分離体を用いたQTL解析 ]
下面発酵酵母は S. cerevisiae ではなく、S. pastorianus.
ワイン酵母系の染色体と cerevisiae 系の染色体を両方もっているが、それらが交雑してしまうことはない。
完全長ゲノムはまだない。ビール大手3社がそれぞれドラフト配列を持っている状態。
QTL 解析をするには遺伝子マーカーを使うが、マーカーの数を増やせば解像度が上がる、というものではない。というのは、交配によってすべてのマーカー間の依存関係を完全に断ち切れるだけの個体を用意しなければならないから。ただ、死んじゃう胞子がけっこうあったりする上に、それをひとつひとつ genotype して発酵試験もしなければいけないので、とても大変。
実験の話が中心でよくわかりませんでした。すいません、、、
[ 地下生命圏におけるメタゲノム解析 ]
ODP: Ocean Drilling Program の掘削コア堆積物中に 1cc あたり 100,000 を超える！
地下生命圏は質量にして地球上の生命圏の 90% を占めるが、海底以下 100m をこえるとほとんどは死んでいたりする、静かな世界。
でも、プレート境界域とか、油田ガス田鉱山といった、水やエネルギーの流れのある場所ではそれに依存した活動的な生態系が生じる。
活動的地下生命圏は条件に依存した、わりと多様性の低い環境。それに対して、海底は非常に複雑。
菱刈金山:
30% が Archaea。16S rRNA の多様性は極めて低い。
末端配列から Bacteria / Archaea の判別がだいたいできることがわかったので、全ゲノム解析中。
ひとつの Archaea (HWCG I) についてはほぼ全長 (1.7M) が決まっている。
冷湧水域堆積物中における嫌気的メタン酸化群集の解析:
メタンハイドレートなど由来の高濃度メタンを含む海水で生きている連中。
メタン生成に関する遺伝子のほとんどすべてがメタゲノムライブラリから検出され、メタン酸化をメタン生成菌の逆反応でやっていることがわかった。すごいなー。
鉱山酸性排水バイオマット:
MS を使った初めてのコミュニティプロテオミクス。
微生物多様性の高い海底下生命圏への挑戦:
16S しかわからないやつとか、山のようにいる。
複雑さとしては、土壌 ＞ 海底 ＞ 腸内 ＞ sargasso sea.
メタゲノムの問題は、基本的に数が多いやつのゲノムだけが見えちゃって「重要だけど少ない」連中のゲノムをとってくるにはものすごくお金がかかること。
これをなんとかしていくには single cell genomics が必要。培養しなくていいしね。
いい菌をとってきた、と思っても single cell genomics な時代だと、もう誰かが読んじゃっておいしいところをもっていかれているかも。これからは地球化学や微生物生態学と、いまゲノムとか応用微生物学をやってるひとが仲良くしないと欧米に勝てないぞ！
[ Lactobacillus brevis KB290のゲノム解析、および抗生物質耐性試験 ]
KB290: 京都の漬物「すぐき」から分離した。
すぐれた耐酸性があり、腸内への到達性が高い。
安全性評価のためにゲノムを解読。109 contigs, 2.4Mbp.
病原因子がないか (日和見感染とかがないか)?
- no virulence gene at cutoff of 10^-10
- 安全性調査のためのデータベース: MvirDB
薬剤耐性がないか (他の菌にうつるおそれがあるので)?
- 欧州にはそういうガイドラインがある
- vancomycin, tetracycline, ciprofloxacin への耐性がガイドラインの数倍。でも、本当にヤバい菌は基準値の 100 倍とかになるらしい!!
- 基準値を超えているので、接合伝達試験をして、他の菌に移るかどうかを試す。相手は E. feaecalis FA2-2 (腸球菌かな?) 問題なかった。
- 既知の耐性遺伝子が存在しないことも確認した。欧州の基準ではその他の耐性遺伝子がないことを確認することも求めており、それもクリア。
- point mutation でものすごく耐性がでることがあるので、そういうのもチェック。
など。とりあえず安全そう。テストって大変だなー。みんなやってるの？？
マウスや人でのテストも問題なし。というか、既にみんな食べているやつなわけで。
腸管への付着性も評価。
腸管付着因子として知られているタンパク質がどれくらいあるかを調べたが、
残念ながら実験の結果も検索の結果も、あまり高くない。
ゲノムでテストをしたほうがコストとかのメリットがある? → もともと食べられていたものなので、最初にマウスとかでやる必要はなかった。ゲノムによる情報も実験と同じくらい重要で効果的であると考えている。動物実験は外部に委託するので、数千万円というお金がかかり、ゲノム解析の方が安い部分もある。
Lactobacillus の病原性としてはどのようなものが考えられる? → DB にあるのは薬剤耐性の translocation。
Translocation は host が病的な状態であるときに問題になることがあり、動物実験をしないといけない部分がある。
応用ゲノム。
[ 38: 塩類集積環境の重金属浄化に有用なセルフクローニング型アーミング Halomonas elongataの作製 ]
塩性化・アルカリ化・重金属の濃縮などが同時に起こる場合の浄化。
H. elongata は金属結合ドメインをもっており、それを外膜リポタンパク質にくっつけることで、細胞表層に呈示するようにする。
外来遺伝子を導入せずに、相同組み替えだけで実現。
1. 高塩濃度条件 (3% NaCl, 18% NaCl) で安定して機能する外膜リポタンパクの選定。
2. 高発現させたときに細胞が凝集しないものをえらぶ
3. そのリポタンパクが欠失しても (これから機能を変えちゃうので) 塩ストレスで死滅したりしないかを確認
Cu 選択的な浄化能を示すものができた。
ドメインを多重化することで、さらにパワーアップ！
[ 39: 枯草菌ゲノム縮小株のトランスクリプトーム解析 ]
枯草菌の高いタンパク質分泌能力と、容易な操作性は工業用途にも便利。
だけど、ストレス反応みたいな、いらない機能もあるわけで、それらを削除することで、物質生産に特化したものをつくりたい。
先行研究で、7.7kbp の外来性遺伝子領域を削除したり、必須遺伝子を同定した研究はあるが、生産性向上に寄与したかどうかの評価はない。
874kbp を削除し、セルラーゼ・プロテアーゼの活性を 200% 向上させることに成功。増殖は若干遅いが、定常期においても高い生産性を維持している。
胞子形成に至るシグマ因子の発現は遅れている？
削減株が培養後期でも活発ということは、後期での viability が低下することにならない? → CO2 排出量が減っていないんで、よさそう。
成長をとめて増殖の準備をしようとするところがなくなる、と思うのですが → 後期の細胞の維持もちゃんとやっていそう。溶菌に関するところは削除されている。
セルラーゼ・プロテアーゼ以外の生産性向上については? → 分泌が律速になってあがらないもの (アミラーゼなど) があることもあるが、そこをいじってやれば何とかなると思う。
[ 40: DNAマイクロアレイデータ解析に基づいたエタノールストレス耐性を示す酵母菌株の創製 ]
実験室酵母と、ストレス耐性を有する醸造酵母(協会7号: IFO2347) の違いは？
ストレス耐性遺伝子の発現はエタノール添加前後で違う？
ストレス耐性遺伝子は、なにもない状態でも醸造酵母のほうがたくさん発現している。
実験室酵母でも、tryptophan の取り込みに関わる遺伝子と、培地への tryptophan 添加でエタノール耐性が出る。
実験室酵母が1倍体で協会7号が2倍体なのはどうかと・・・→ すみません、いろいろありまして。
そうか、酵母菌って2倍体もいるのよね。たいへんだ。
[ 41: 乳酸耐性酵母の分子育種工学 -欠失により乳酸感受性を付与する出芽酵母遺伝子の網羅的同定と機能解析- ]
ポリ乳酸がプラスチックとして注目されており、その原料の乳酸を生産させるのに出芽酵母が注目されている。乳酸耐性をうまくもたせることができれば、中和処理なしで大量生産ができるようになる!
乳酸耐性には液胞や細胞内輸送に関係する遺伝子が重要。
- 破壊でも乳酸耐性を引き起こすことができる
- 多コピーで乳酸耐性を得ることもできる。ストレス応答などの遺伝子をプラスミドにいれて overexpression することで乳酸耐性化。安定して動かすために、染色体上で高発現プロモーターとくっつけて成功。
[ 42: カンジダ酵母における病原性ゲノム機能学（網羅的遺伝子発現制御株の構築と応用） ]
S. Ce の必須遺伝子群との ortholog をもとに、必須遺伝子群を同定。800-1000遺伝子くらい？
Tet 株を使っている。マウスに感染させたあとで、飲み水で発現を制御できるので便利。
これをもとに高真菌薬をつくりたい。必須遺伝子群のなかで、ヒトには存在しないものを標的にすることで薬効が高く、副作用の少ないものを狙う。病原真菌に高く保存されている遺伝子に絞り込むことで広い範囲に効くようにもしたい。
5,300 genes / 150 screened in silico / 10 genes in vitro 。実験頑張ってます。ほんとは10個じゃなくて、もうすこしやりたいですが・・・
抗真菌ペプチド医薬。ペプチドを環状化することで安定化させたい。インシリコで分子進化させたものをいくつか実際につくって、テストしている。
[ 43: 醤油乳酸菌Tetragenococcus halophilus NBRC 12172株のゲノム解析 ]
IS が多くて、他の乳酸菌と比べるとゲノム構造はあまり保存されていない。
でも、COG 分類を眺めると、遺伝子は大差ないことがわかる。
TCA サイクルは一部が欠けている、アミノ酸合成系の一部が欠けている、といった特徴。これはほかの乳酸菌とかわらない。
大事なのは塩耐性。
Choline → Glycine betaine の合成系や Na / K の排出 / 取り込み機構 が重要な重要っぽい。
Na 輸送に際して ATP を作れる! これも塩耐性に貢献しているはず。
ほかの耐塩性乳酸菌とはくらべた？ → ほかのゲノムが公開されたばかりなので、まだ比べていない。
万博公園の競技場でサッカーの試合があるらしく、土曜でバスが激しく遅れて最初の4件は聞けず。
[ 36: シアノバチルスにおけるRNAマッピング ]
西田先生 (板谷先生チーム)。Mega cloning で枯草菌に Synechocystis のゲノムをいれたやつ。
発現をみるために、枯草菌＋ラン藻なタイリングアレイを作成。ラン藻のほうが発現が高い。
しかし、枯草菌のゲノムはちゃんと sense 側が転写されており、antisense はあまり転写されていない
が、ラン藻ゲノムは両方とも同じくらい転写されている。どうやら、ラン藻のほうは方向が定まっていない上に、RNA polymerase による elongation がうまくいっていない模様。
枯草菌 sigB が強烈なストレスを感じていろんなのがズガーっと発現している。
外来性遺伝子にタンパク質がくっついて抑制する、ということがない場合もあり、そういう場合は SigB などはラン藻ゲノムのほうにも影響しているよ。
シアノバチルスではラン藻の sigD も発現している。でも、elongation には効いていないみたい。
何を変えると伸張したり停まったり、ということをこれから調べていきたい。いまのところ、うまく伸張しているもののコンセンサス配列や何かは見つかっていない。
ふたつ丸ごとはいっているので、どちらが親だかわからないのですが、なんで「シアノバチルス」なんでしょか。 → バチルスの培地でしか生えないし、光合成もしないので。枯草菌にすこしずつ枯草菌ゲノムの断片を入れていったから？うまくいけばズバッと光合成するようになるかもしれないけど...
[ 37: 細胞性粘菌の比較ゲノム解析による細胞分化起源の解明 ]
細胞性粘菌は飢餓状態に置かれると多細胞化し、胞子細胞と柄細胞に分化する。
しかし、Acytostelium では柄細胞をつくらずに、セルロースのチューブを作って、すべての細胞が胞子になる。
でも、柄細胞をつくるやつのほうが生存戦略としては有利。
D. discoideum はだいたいゲノムが読まれている。36M くらい。
A. subglobosum を読んだ。まだ contig だが、28M くらいになるはず (バクテリアを食べて生きるので、無菌培養系が必要だった)。
Contig を D. discoideum ゲノムにはりつけていくと、ほとんどの遺伝子に対応。ただし、GC% がだいぶ違うので、tblastx によるアミノ酸配列での比較。
柄細胞形成に必要な遺伝子はもともと持っていた模様。発現しているかはこれから調べていく予定。
けっこうかかっちゃったが、Nikomat 買って 1ロール目の RDPIII を撮り終えた。
東京に帰ったら現像に出そう。
なんていうか、FM2・FE2 に慣れちゃったので、
うわ、こんなにファインダー暗かったっけ？ とか、
うわ、こんなにミラーショック大きいかったっけ？ とか、
そんな感じだけど、でも、それがいい。
なんていうか、音が最高に渋いです。
来週は F と、僕がはじめてつかった Nikomat が修理から戻ってくる予定。楽しみー。
[ 27: 腸管出血性大腸菌の病原性制御因子による遺伝子発現制御機構 ]
O-157 のゲノムはモザイク構造。
いろいろな外来性遺伝子がはいっているために場所によって GC 含量が違う、とか。
では、外来性遺伝子は病原性を発揮するためにどのように制御されているのか？
ふつうは大腸菌の H-NS によって外来性遺伝子が silencing されており、これを knockout すると O-157 でも病原性があがる。
Pch がある・ない条件で、H-NS がどこにくっついているかを調べた。
H-NS と Pch の binding site は非常によく似ている。Pch+ でも H-NS の bind する量はあまりかわらないが、よくみると変わっている (H-NS の bind が若干下がる) ところがあり、そこにはLEE1-5 などの遺伝子がコードされている。
PchA の発現量を増やしてやると、LEE の発現量も増える→病原性上がる。
Pch がついているときは、H-NS が小さな固まりで bind している模様。H-NS がいっぱいくっついているときは転写を阻害しているが、Pch がはいってきちゃうと転写されるようになっているのではないか。
Pch は病原性遺伝子だけを制御している？ → ほかのところにもつきます。あと、H-NS や Pch 以外のファクタもあると思う。
H-NS や Pch がつく場所のコンセンサス配列みたいなのはわかるの？ → AT rich だということくらいしかいえない。タンパクのサイズは 10kd くらい。
[ 28: 枯草菌の複数シグマ因子による転写制御ネットワーク解明の試み ]
たくさんのシグマ因子がたくさんの遺伝子の調節をこまかくやっている。
ECF family が半分くらいあるといわれているが、機能が (環境応答らしい、ということくらいしか) よくわからない場合が多い。発現ストレスが似ていたり、プロモータ領域が似ていたりして、つぶして解析したりすることがむずかしい。
7つあるので、それをまず全部破壊する (抗生物質耐性の遺伝子とかがあるので、マーカーありでやるのは難しい)。
WT でも、胞子形成後に溶菌する。
ECF7 つと、sigI を壊すと溶菌する率があがることがわかった。
いくつかの ECF と sigI を破壊して、同じような様相を呈するケースを探している。
- 溶菌は2成分制御系 (YvrG/ YvrHb とかで、最終的にオートリシン LytC が発現)。
- で、yvrG は sigI に制御されているので、sigI を壊すと最終的に溶菌の制御も壊れる。
- yvr* を IPTG で転写誘導したり、lytC を壊すことで溶菌は抑圧できる。
ECF family は環境応答だけでなく恒常性維持とかにも関わっているらしい。
大腸菌の programmed cell death との関わりは? → やっぱりシグマ因子だけど、大腸菌ではシグマ因子の発現が細胞死を誘導するので、逆になっている。
[ 29: 枯草菌におけるフラボノイド応答性転写制御系の機能解析 ]
気絶。すみません...
[ 30: シアノバクテリアSynechococcus elongatus PCC 7942 における二成分制御系シグナル伝達ネットワークの解析 ]
多くの場合は2成分制御系のヒスチジンキナーゼとレスポンスレギュレータはゲノム上に並んで operon 構造を持っているが、シアノバクテリアでは並んでおらず、orfan になっている。
Operonになっているものもあるが、orphan なものですべてのシアノバクテリアに保存されているものが 7 つ。NblS, RpaB, Syc1065, Ycf29 はシアノバクテリアの必須遺伝子であり、紅藻からも同定されている重要な遺伝子。
相互作用を網羅的に調べてみた。16遺伝子間、10組のパートナーを同定。ヒスチジンキナーゼ同士の組もある。
1対複数のパートナーとかを構成するためには operon より orfan でいたほうが都合がよいのかも？ ということでした。
[ 31: Rhodobacter sphaeroidesの光合成から好気呼吸へのエネルギー代謝転換時における全ゲノム転写プロファイルの動的変化 ]
染色体2つとプラスミド5個。
嫌気性条件下で特異的に光合成 (自己栄養)。酸素があれば呼吸する。酸素のある・なしで定常条件になっている奴らは充分に研究されているが、transition state は？
Gene chip を使って、嫌気性条件から好気性条件へ遷移する transition state における発現をしらべた。NADH dehydrogenase なども嫌気性条件と好気性条件で別々の遺伝子を使ったりしているところがおもしろい。
Class I - IV の遺伝子に発現をみていると、酸素を与えたところで細胞周期が同期している。
好気性条件になると、最初に光合成で作った糖を食べて、それから培地の炭素源を使う。
いろいろな生き物がいるねぇ・・・・
[ 32: 構造-機能解析によるシアノバクテリオクロムの多様性と普遍性の理解 ]
光受容体 (Phytochrom) に似た、シアノバクテリアにしかないシアノバクテリオクロムというのが注目されている。ものすごくたくさん種類があり、吸収スペクトルが違う。
AnPixJ の Pr 型を結晶化することに成功。フィトクロムの Pr 型と比べると、タンパク質と色素の位置関係が違うものの、タンパク質どうし、色素どうしはよく似ている。でも、色素のまわりの水素結合のようすはだいぶ違う。
タンパク質と色素の共進化ですが、祖先型みたいなのはわかるかしら？ → おもしろい suggestion ですが、とてもむずかしい。
ここまで多様な理由は？ → シアノバクテリアは緑色光を吸収する必要があったりとか、そういうことが理由の一つとして考えられる。
[ 21: Replication dynamics of the Vibrio chromosomes affect gene dosage, expression and location ]
ふたつある染色体のそれぞれの複製のときにどんな遺伝子がたくさん発現してるか、とかを実験的に確認。
片方の染色体は重要で安定しており、もう片方は flexible.
小さい方の origin は plasmid かも、というお話。
[ 22: プラスミド分配の目的地を規定するモータータンパク質、ParA ]
細胞分裂のときにプラスミドはどうやって分配されるのか？
プラスミド分配に必要なタンパク質には actin type のものと walker type のものがある。
actin type はうにょーっと伸びるわけだが、walker type は細胞の極から極へ移動し、プラスミドを連れていくっぽい。
ParA protein に YFP, Plasmid に LacI promoter + CFP をつけて動態を観察。
ParA を追いかけると、細胞中央に輝点が現われ、1/4 地点に移動した後に 3/4 地点にも現れる。
プラスミドがふたつになる前に ParA がふたつになっている？
ParA を壊したり、ParA の ATPase を壊したりすると、局在しなくなる。
ParA を overexpression させたら? → 安定しなくなっちゃいます
[ 23: 枯草菌の50Sリボソームサブユニットの生合成におけるGTP結合タンパク質の結合モデルの提案 ]
50S subunit の後期生合成の関する研究。なんかすごい。
でも、完璧にウェットなお話でした。わからんです。
[ 24: Phylum Bacteroidetesに位置する細菌の菌体外タンパク分泌機構と滑走運動機構との関連性 ]
自分で糖発酵をせず、エネルギーを外界に依存。
表面に強力なプロテアーゼ (ジンジパイン: これ自体病原因子?) を持つ。たいていは膜結合な複合体になる。
分泌機構はよくわかっていないが、変異株にはジンジパインを外側に出すことができず、前駆体を細胞内に蓄積してしまうものがある。
P. gingivalis 輸送系に影響を与える変異を F. johnsoniae にいれてやると、滑走しなくなる。
膜タンパクであるところが共通だけど、それ以上のことについてはまだよくわからない。
[ 25: 分裂酵母Meu14は前胞子膜開口部を量依存的に制御する ]
分裂酵母の胞子形成。減数分裂後に核を包み込むように膜が生成される。
膜が袋状になるしかけが不思議。膜の先端には Meu14 というタンパク質があり、それが巾着の口をとじるところに関係している？
膜と核と Meu14 を蛍光で観察。
Meu14 がないと、開口が維持されず、さっさと口を閉じてしまって、核を包み込むことができなくなる。
Meu14 を overexpression させると、口が大きく開き、開口している時間も長くなる (開くのにかかる時間は同じで、閉じるのに時間がかかる) が、まあ、わりとうまく動く。
開口は Meu14 の重合で、閉じるのは脱重合とすると、重合は濃度に依存し、脱重合は依存しないので、この現象が説明できる。
また、Meu14 は開口部をもたない膜には局在しないことが確認された。
脱重合のトリガになるような因子はなにかある？ → まだわかっていません。
膜の開口部がどういう構造になっているかわかる？一重膜の開口部って？ → あ、二重膜です。
動画を見ていると開口部どうしがおたがいにくっついて同調しているようにみえるんだけど → 相互作用しているかもしれないんだけど、近接している時間は非常に短いので、そうじゃないかも。離れていても同調して閉じます。
中身の核やなにかとの相互作用はないんですか？中身がちゃんとしたものであることを確認してから閉じているとかはない？ → Meu14 がないと、核を分配するスピンドルが折れちゃったりするので、何かあると思う。
Bioinformatics のセッション。
[ 14: メディカルゲノム黄色ブドウ球菌タンデムパラログ遺伝子群における多様性形成モデル ]
バスに乗り遅れて、間に合わなかった...
[ 15: ゲノムアライメントに基づく近縁微生物ゲノムのコア構造の抽出 ]
基生研の内山先生。
Core = 類縁ゲノム感で主に垂直的に伝搬し、広く保存されている。
共通部分をとることで見つけるのが簡単。でも、
- 全部が持っている遺伝子は、生物種が増えるほど減る
- 正しいオーソログをどうとるか？
そこで、遺伝子の並び順の保存性に基づいて決定することにする。
MBGD で ortholog group を作成、グラフを作って DP で決定。
半分以上で保存されていればいいことにして、バチルス: 1376, 腸内細菌: 1814 のコア遺伝子セットを抽出。
ゲノムが大きいからといって、コア遺伝子を全部持っているとは限らず、コア構造からはたくさん欠失してしまっている場合もある。
並びはわりときれいに保存されている。
コア遺伝子には metabolism とか replication が多い。逆に膜輸送・signal transduction とかが少ない傾向。
RECOG というツールを公開予定。MBGD でできることがだいたいできる?
[ 16: 248種の原核生物ゲノム間の膜タンパク質割合 ]
SOSUI: 膜タンパク質予測ツール。
このツールを使った結果、総遺伝子数に占める膜タンパク質の割合はどんな生物種でもだいたい同じ、と予測。
多少ばらつきがあるが、ばらつきは正規分布でフィッティングできる。
ゲノムにランダムな変異を与えて (ただし、アミノ酸組成の割合は保つという制約あり) シミュレーションしてみると、同じ傾向のばらつきになる。
本質とは関係ないが、めちゃめちゃスライドがかっこいい。図とかが気合い入ってる。
Mac かと思ったら、Office XP なんだけどね。やっぱりツールよりセンスが重要ってことです。
[ 17: オリゴペプタイド情報を用いた一括学習型の自己組織化マップ法による機能未知のタンパク質類の機能推定法の開発 ]
SOM で、2連・3連アミノ酸の使用頻度を学習させることでタンパク質の機能を分類。
タンパク質はひとつひと機能とは限らない、とこいうところが今後の問題。
[ 18: 代謝ネットワークにおけるノードの「機能」とネットワーク内での「位置」の関係に関する研究 ]
完全に気絶してました。
[ 19: KazusaAnnotation: ゲノム情報への注釈付け、注釈の利用を支援するシステム ]
Social bookmark による open annotation.
http://a.kazusa.or.jp/
アノテーションと文献と関連づけとか、そういう感じ。どの文献にどの遺伝子がでてきたか、みたいなのを集積できるのだが、どうやら手動っぽい。
ふうむ。
でも、social bookmark 的にやれるのはおもしろいね。
[ 20: GenomeMatcher比較ゲノム用ソフトウエア ]
http://www.ige.tohoku.ac.jp/joho/gm.html
- BLAST, clustalW などを呼べる
- ユーザの注釈情報を簡単に反映できる
Excel からannotation が copy&paste で流し込める (フォーマットは決まってるけどね)。かっこいい！
拡大したりパラメータをかえて描いた絵を一覧にしておけるところがイカす。
gap のところを clustalW に投げたりできるのかー。
うおお。細かいところを見られるのがいいね。
丸いのも見られる。
やべー、俺もやることはまだまだあるな！
どれくらい大きい配列までいける？ → 300Mbp くらいまで行ける。10Mbp くらいに区切って、1時間とか。
メタゲノムのセッション。
[ 8: 原油 n-アルカンの多様性と原油由来 DNA から推定される微生物集団のプロファイリング ]
原油から DNA を抽出して、もともとの生物を調べたい。
地球上の炭素のうち、生物がサイクルしているのはほんの一部で、その一部が石油になったりする。
原油のなかには原油を分解する菌とかも入っちゃうので、その中から大昔のゲノムを抽出するのは難しい。
原油は産出場所によって、アスファルト含有量とか粘土といった性質が違う。n-アルカンの diversity はその一つ。
中東産 (3種類例がでてた) のものはほぼ均一。日本や中国の原油はそれぞれ違う。
iso-octane で沈殿させて、泥のようなものがたまったところから DNA 抽出キットで DNA を拾う (菌そのものを拾って培養するわけじゃなくて、配列だけ拾う)。
16S rRNA から菌種を推定。アルカンを分解する菌、芳香族を分解する菌などが出てくるが、シアノバクテリアや耐熱性の菌などが出てくる上に、産地でそれぞれまったく異なった population になる。
世界中の原油から出てくる菌は石油の精製に関わっている？
中国の砂漠とか台湾の山とか、ヨルダンの温泉からとったシアノバクテリアに類似する rRNA が出てきたりしてる。
なんかすげーなー。
原油を微生物が作った、と証明している人はいないから、まず菌をとって、石油ができるところを証明しないといけないのでは？ → おっしゃる通りですが、それは無理だと思うわけで、いまのやりかたでできることもあると思う。
真核生物といっしょにいる可能性の高い共生 (あるいは病原) 微生物に偏っているとか、そういうことはある？ → まだ何もわかっていません。
PCR プライマー的に古細菌などはみている？ → 1種類しか見つかっていませんが、見てはいます。
炭化水素の代謝とかは？ → メタゲノムなのでぜひやりたいが、なにぶん収量が少ないので。
[ 9: 偽遺伝子が明らかにしたシロアリ腸内共生未培養新門細菌の適応進化 ]
シロアリの腸には6万の原生生物と1千万の腸内細菌！
これらが木材のセルロースを分解したり、窒素固定をして窒素を補ったりする (いくら木を食べても、タンパク質不足なので)。
でも、ほとんどが培養されていないので何をしているかわからない。
Trichonympha agilis という原生生物が重要。で、こいつは中に細菌をたくさん飼っている (新門である Termite Group 1: TG1)。Trichonympha も TG1 も培養できないが、たくさんとってきて TG1 細菌 Rs-D17 の環状ゲノムを決定した。こいつは 121 個の偽遺伝子を持っている! 偽遺伝子があるので、細胞内共生の様子を探ることができる。ゲノム長は 1.1Mbp
偽遺伝子はおもに DNA 修復、細胞壁合成、トランスポート、defense など。環境応答系はそもそも遺伝子が欠落している。
dnaA (染色体複製開始因子) が pseudogene になっている！
同じように dnaA が欠損しているのが、昆虫の細胞で共生する奴らなので、どうやらそういう関係にあると dnaA が欠落するらしい。recA などの recombination 系を使ってなんとか複製している、といわれている。
ペプチドグリカン合成系 (細胞壁つくる) はほぼ残っているように見えたが、ほとんどが偽遺伝化している。偽遺伝子で残っているということは、共生し始めてそれほど時間がたっていない？
制限酵素遺伝子群は26セットもあるけど、2セットを除いてほとんど偽遺伝子になっているか、認識ユニットだけで制限酵素ユニットが落ちている。
CRISPR システムを持っているから、ファージの攻撃が多い環境だった?
アミノ酸合成や補因子合成の遺伝子は生きているので、シロアリにアミノ酸や補因子を供給する役割を果たしている？
偽遺伝子になるか欠落するかはどう違うの？ → よくわからないんだけど、いらなくなって deletion しようと思っても、修復系の遺伝子がまだ生きているとけっこう残っちゃうのかな、と。
高等シロアリには、共生原生生物はいない (細菌はいるけど)
[ 10: シロアリ共生原生生物のメタトランスクリプトーム解析 ]
嫌気性の奴らが多く、培養は大変。材料はオオシロアリ。
原生生物は Parabasalia と Oxymonadida が主。これらをまとめて EST 解析。
total RNA から rRNA を抽出して構成生物種を解析。
mRNA だけを抽出して、完全長 cDNA library を作成。平均 573bp, 合計 140Mbp.
micro manipulator を使って特定の原生生物の細胞をとり、cDNA library をつくることもやってみた。
actin, alpha/beta-tublin など、代表的な遺伝子をしらべてみると、かなり diversity が大きい。
木質分解酵素の種類やタイプも、原生生物ごとに異なる。
結晶性・非結晶性セルロースの分解系がかなり発現している。こいつらはカビ・キノコのセルラーゼと違って、セルロースへの binding site をもっていない。
メタゲノム的には何かやってない？ → どうしても細菌と (ゲノムサイズの大きな) 原生生物が混じっちゃうので、まだやってません。
[ 11: 持続可能型社会への貢献遺伝子データベース "膨大な環境由来メタゲノム配列からの有用遺伝子探索" ]
メタゲノム配列からの有用遺伝子探索。
長浜バイオ大の人のスライドっていつもこんな感じな気がする。
自分の学生がやったら怒るけど、でも、これはこれでけっこう好き。
メタゲノムでみつけた遺伝子の大半は機能注釈がついていない。これを、
- 学生にテーマをみつけさせて
- Swiss-Prot とかで関係する遺伝子をみつけさせ
- それに近いメタゲノムな遺伝子を blast で釣ってくる (もちろん、ほかにも curation のプロセスを踏んでいる)
といった感じでデータベースに登録していく。
[ 12: メタゲノムからの未知有用遺伝子スクリーニング法の開発 ]
- 活性ベース: クローンを作って、酵素活性でスクリーニング
- 配列ベース: 酵素の配列をもとに選抜し、実際に発現させる
- SIGEX (Substrate Induced Gene Expression): 酵素活性をはかるのではなく、プロモータが on になるかを (GFP とかで) 見て釣ってくる。かっこいい。でも、ウソなのを引いて来ちゃうこともあるので注意。
[ 13: プロファージ遺伝子を含む原核生物ゲノムからの遺伝子予測 ]
メタゲノム遺伝子予測に向けた metagene というソフトウェア (高木先生のところで作った)
- GC% から2連コドン頻度を推定して、予測に利用 (生物種が不明な場合の遺伝子予測に有効)
- Bacteria-Archia の推測を、2連コドン頻度をもとに行う
など。入力の生物種をきにせずに遺伝子を予測できる。完全長でも、700bp にちぎった断片配列でもイケる。200bp とかになると、さすがにしんどい。あんまり短く読んでくるシーケンサだと・・・
で、Bacteria-Archia に加えて Phage も入れた。最新版は MetageneV.
O157 のようなファージ由来の外来性遺伝子に対する感度が向上。
極端ならいいけど、GC% が 50% くらいでどっちつかずだと怖くない? → テストデータを見る限りではうまくいっている。
[ 1: アオコ形成シアノバクテリアMicrocystis aeruginosaのゲノム構造解析 ]
アオコはいろいろな微生物が作る。
単細胞性の奴が多い。Microcystis aeruginosa とか。
毒素 (ペプチドとか) を作る。非運動性。水に浮いている状態で群体をつくる。
群体はバイオフィルムというか、多糖のかたまりのようなもの。
ゲノムは 5.8Mbp, 6312 protein coding gene, 2 rRNA set, tRNA 42
転移性遺伝因子 (IS, MITE) が多い。
Synechocystis に似ているが、似ていない COG category もあるぞ。
Synechocystis は群体をつくらない。多糖合成が違い?
いまのところ Mycrocystis のゲノムからは、多糖合成のところはよくわかってない。
似ていないの:
- IS と MITE がたくさんある (repeat sequence が多い、組み替えが頻繁に起きる)
- Signal transduction mechanism が半分くらいに減っている。わりと簡単
- Cell motility: まあ、運動しないのでね
- 二次代謝産物の transport, catabolize 関係
- Replication recombination and repair: 制限酵素とかたくさん持っている!
[ 2: NITE・バイオ有用シアノバクテリアSpirulina (Arthrospira) platensis NIES-39のゲノム解析 ]
NITE の藤澤先生。
古代メキシコの時代から食品だとか添加物として。タンパク質含有量が 65%.
健康補助にもつかわれている。
アフリカのチャド湖で採取され、国内で維持されてきた株をゲノム解析。
Contig が 19 本の状態。contig 総延長が 6.69Mbp, 推定ゲノムサイズは 6.78Mbp. GC contents 44.3%.
2 rRNA set, 42 tRNAs. Tandem repeat (74mer とか) が多いのでなかなか contig のギャップが埋まらない。
Group II intron のためにゲノム内の相同領域が多い (dotplot だと真っ赤な状態) のも原因。
71 ORF coding group II introns + 79 non ORF coding group II introns. 前者から ORF を取り除くと、両者は非常によく似た配列。
88 Rfam:RF00029 (RNA doman V, VI) RNA motifs.
それだけ内部ホモロジが高いとゲノムが不安定にならない? → どうやって安定化しているかは謎です。
[ 3: グラム陽性嫌気性球菌Finegoldia magna ATCC 29328株の全ゲノム解析 ]
Peptostreptococcus 属の一菌種。皮膚や粘膜の常在菌。
アルブミン結合タンパク (抗貪食性に寄与) やコラーゲン接着因子、セリンプロテアーゼなど、病原性が高い感じのものをたくさんもっているが、ゲノムはあまり解析されていない。
1.79Mbp, 32.3% GC content, 1631 ORFs...
IS はひとつしかないので、外来遺伝子とかはあんまりなくて安定していそう。
糖をほとんど分化できないが、アミノ酸代謝は合成も分解もあり。TCA サイクルは acetate でとまっており、嫌気性代謝経路が著しく欠落。
菌体の表面にアルブミン結合タンパクを持っており、食われないようになっている。
4つのアルブミン結合タンパクを発見。4つとも GA module (アルブミン結合部位) を持っている。
染色体の sortase の数は他の菌とさほどかわらないが、プラスミドにはたくさん (でも、この株特有の現象かも?)。
(sortase や基質の同定は in silico)
sortase ってなに? (アホですいません。電気屋なのでね...)
アルブミン結合タンパクが抗貪食性に寄与するメカニズムは？ → 分子レベルではまだわかってません
[ 4: α溶血性レンサ球菌Lactococcus garvieaeの比較ゲノム解析によるブリ属魚類への病原性遺伝子の探索 ]
ブリの病気。敗血症と膿瘍と両方。
Lactococcus なので、チーズスターターと近い (でも、ヨーグルトスターターの近縁にも危ない奴がいるぞ！)
ウシ敗血症でみつかった菌。でも、健常動物の腸管や生野菜なんかからも取れる。
ブリに対して病原性のある株 (Lg2 株) とない株 (ATCC49156株) が存在。莢膜があるものが毒性あり。
このふたつは非常にきれいに synteny がでるが、真ん中がちょこっと逆胃している。
Lg2株も、TTC 添加 EF 寒天培地で増やしてやると弱毒化。莢膜合成遺伝子群にフレームシフトが起きている。
野菜由来の株はブリに対する毒性なし。莢膜生成遺伝子群がない。
莢膜と hemolysin の存在が類似している。hemolysin っぽい遺伝子はふたつあり、毒性がある株にもない株にもまったく同じ配列で存在している。
莢膜は病原因子だけど毒素ではなさそう。生体侵入時の菌体の防御系？
莢膜はなにでできてる？→多糖だと思うんだけど、まだよくわからない。
[ 5: Streptococcus mutansゲノム解析に基づく種レベルでの進化機構の解析 ]
むしばです。
でも、もっと危ない病気も起こすらしい。
日本で分離された S. mutans NN2025 のゲノム解析。2Mbp くらい。
ファージの残渣がほとんどないので、ファージ抵抗性がある模様。
全体的にぐるっと逆位する rearrangement が多いっぽい。
解析に Mauve 使ってる!!! がびーん。Mauve でおもしろそうなブロックをしぼって long PCR したり。
Mauve で出てくる gap は IS や Tn で、外来性遺伝子はこのあたりで獲得していると思われる。
CRISPR-1, CRISPR-2(Clustered regulated interspaced short palindromic repeats?) が外来遺伝子に対する抵抗性を持つ。
[ 6: 腸管出血性大腸菌（O26, O111, O103）の全ゲノム解析 ]
EHEC: 腸管出血性大腸菌 (O157, O26, O111, O103 など)
O157-specific genes: 1632 (ゲノム中に散在、外来性と思われる)
3型分泌装置、志賀毒素 (Stx1 & Stx2) などをもつのが、EHEC のくくりで、系統樹的な違いではない。
Prophages: 18 (lambda-like が多い。Stx1,2 も)
Integrative elements: 6
O157 vs K12 でたくさんドットが出るところは、prophage だったりするところが多い。
EHECのなかでは O157 だけが系統樹的にだいぶ遠い。別々に毒性を獲得しながら平行進化してきたと考えられてきた。
配列を調べてみると O157 とほかの EHEC はかなり近いんだけどね...
(すみません、途中で意識が飛びました)
[ 7: 結核菌 (Mycobacterium tuberculosis) 北京型ファミリ内における微小分子進化 ]
繰り返し配列の変化。
ゲノムの安定性が高く、水平伝搬とかが少ないので系統樹が書きやすい。
北京型結核菌は東アジア (China, Korea, Japan) あたりの結核菌のほとんどを占める。
結核菌には VNTR (縦列反復配列多型) が多数 (十数個) あり、型別分類に利用される。
VNTR 領域を PCR して電気泳動して分類できる。
MST (minimum spanning tree) で、VNTR 型別から系統樹を作成。300株以上で、既存の SNPs による分類とも重なる。
VNTR 変異は、系統分類の分子マーカーとして使える。
時間がなくて、MacBook で Keynote から Acrobat にデータを流して PDF にしようとしたら、Distiller が死んじゃって、うまくいかなかった。Leopard ではうまく動かないみたい。8.0 買うかなー。
しんどいねぇ。
4/1 から mixi の利用規約が改正される模様。
第21条に「本規約は法令よりも優先」みたいな記述があるんだけど、これはどういうことだろう... ここは日本ですよ。国内の企業が国内の人間に対して提供するサービスは、当然国内の法律が適用されるはずですが。
しかも、23条には「準拠法は日本の」とか書いてあるし。法令より優先するなら準拠法なんていらないでしょ。
でもって、附則には「施行前にユーザによって行われた行為も対象」みたいなことが書いてあるわけですが、なんか、「法令よりも優先」とか書かれているものに、こういう附則がついているとものすごく不気味。21条のそれがなければ、別にかまいませんけれど。
これって、ちゃんと法律のことわかってるひとが書いたのかしら?
法治国家をナメてるのか、それとも僕ら素人にはよくわからない難しい法律のお話があるのかしら。無効確認訴訟とか起きそうだな。
mixi ってすてきな会社だな、と思ってたのだけど...
何かを壊された気分。
仕事ばっかりだが、たまには身の回りのこともせねばならない。
というわけで今日は、
- 昼間で寝た。じゃないと身体がもたない
- ひたすら実装した (身の回りのことではないな)
- 愛用の、スターバックスのタンブラーを歯ブラシと漂白剤で洗った (普段から気をつけてても、どうしても茶渋とかたまるからねー)
- もろもろの請求を ANA カードに一本化
した。いちばん進んだのは実装かもね。それって仕事じゃん。むふ。
