ええ、僕はクリスチャンですが、そう思います。
October 2007 Archives
そうですか。
なんか、車とめたらスプレーペンキで落書きされそう。
昨日の最終便で長崎から帰ってきて、今日は京都。
ねむすぎる。
久々にリポビタン D で気合いを入れたら、
気合いが入りすぎて胃が痛くなってしまった...
やっぱりビタミンの錠剤くらいにしておくのがいいね。
tiff はちょっと hack したら入った。
エラーが出るのが OpenGL まわりだが、libtiff の OpenGL support なんて使わないと思うので、手動でこしらえる作戦。
% sudo port build tiff
エラーで止まる
% cd /opt/local/var/macports/build/
_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_ports_graphics_tiff/work/tiff-3.8.2
% sudo ./configure --mandir=/opt/local/share/man --with-docdir=/opt/local/share/doc/tiff-3.8.2 --with-jpeg-include-dir=/opt/local/include --with-jpeg-lib-dir=/opt/local/lib --with-zlib-include-dir=/opt/local/include --with-zlib-lib-dir=/opt/local/lib
% sudo make
% sudo port install tiff
こんな感じで、わりと簡単だった。
tiff が入って、無事に make できたもの:
- gtk
- ImageMagick
そのほか最近いれたもの:
- aquaterm (昨日更新されて、動くようになった)
- ccache
gimp2 は、libglade で詰まった。glade なんか使ってるのかよ！
gnuplot は、aquaterm は入ったものの、pdflib で止まる。
gtk が入ったので、仕事ができるようになって、めでたい。
Microsoft Office:mac 2004 動いた。
ただ、更新パッケージを web からダウンロードして、それを手動で入れないとダメ。
Gimp.app は動かず。
ジャパンカップロードレース、女子は沖美穂選手の圧勝。
かっこいいっす。
久しぶりの長崎行き。いつもの全日空 667 便。
台風20号が関東地方に接近しており、羽田はすごい雨と風で、真っ暗。離陸してしばらくはかなり揺れたが、雲の上に出たら落ち着いた。
ミーティングでも学会でも、もちろん旅行でもなくて、理由は秘密ですが、けっこう緊張ぎみ (あ、結婚とかでもないですよ?)。
ま、なるようになるさ。精一杯やるだけです。
Macports で徐々に環境構築。
最初から MacOS に入っていてびびったもの
- svn (subversion-1.4.4)
ダメだったもの
- tiff
- mlterm
- w3m (なんか、build がおわらなくなる)
- gtk (tiff から先に進めないのでいまのところダメ: glib は OK)
- screen (標準で最新のが入ってるから、まあいいか)
- gnuplot (AquaTerm がダメ)
- boost
使えているもの
- urxvt (rxvt-unicode)
- lv
- glib
- ptex
- tgif
あと、softwareupate っていうコマンドがあり、softwareupdate --list とか、softwareupdate --install -a とかすると、GUI なしで Apple のアップデートが実行できる。いいかも。前からあったのかな、と思って 10.4 なマシンをみてみたら、前からあったんだ。知らなかった...
rxvt-unicode は案外悪くないので、このまま mlterm から乗り換えてもいいかも。
そういえば、"software update" を起動すると、まだ準備ができてないらしく、
と怒られる。わはは。
普段ふれている時間が圧倒的に長いのは MacBook だ。そろそろハードディスクを交換したいな、と思っていたのだけれど、ちょうど MacOS X 10.5 (Leopard) が届いたので、HGST の 250GB のディスクを購入してやってみることにした。ハードディスクは、近所の PC Depot というお店で 19,970 円だった。秋葉原あたりにいけばもっと安そうだが、家から歩いていける距離なので、手間を考えれば充分に安いと思う。
で、ふつうに Mac を使う人ならば、全然問題ないと思う。たとえば、入れてみてさっくり動いたのは、
- ATOK2007 (なんか、JUSTSYSTEM によると若干不具合があるらしいが、いまのところ快調)
- iLife '08
- iWork '08
- ecto (Blog を書くためのツール: まだ 2.x を使っている)
- Carbon Emacs Package
- Adium X (メッセンジャ)
- Skype
- Growl
といったところ。つまり、普通に使う分なら、まったく問題ない感じ。
不具合があったのは、
- X11.app (なんか、Dock のアイコンが増殖する...)
- MacPorts の一部 (libtiff とか作れないので GTK が使えない。困った...)
といったところ。というわけで、Unix ベースな開発環境として使っている人には、まだ若干不便かもしれない (自分がまさしくそれなんだけど、どうしよう... 昔みたいに /usr/local を自分で作ろうかなぁー)。
こりゃいいぜ、と思ったのは、
- /usr/bin の ssh の、passphrase 入力が keychain 対応 (SSHKeyChain とか要らないっぽい)
- .Mac で、システム環境設定とか Dashboard Widget も sync できる
- Spaces はめちゃめちゃイケてる
- 日本語のフォント増えてる?
といったところ。
来週までは発表ばっかりなので、iWork とか動けば充分幸せなんですが、それ以降のために開発環境まわりをなんとかしないとなー...
「茄子 スーツケースの渡り鳥」みた。
なんていうか、自転車レースには人生のすべてが詰まってる、という感じが出ていて非常にいいね。
それになにより、宇都宮のコースの描写が見事だ。俺、走ったことないけど。
しかし、あー、チャリ乗りてぇなあ。
山をワシワシと登って (できればそこで何人かぶっちぎって)、下りを目一杯攻め込む快感といったらないね！
かなり重要なプレゼンがあり、いままで一番気合いが入っているのではないか、というスライドを iWork '08 で作っている。博士3年の春から Mac に乗り換えて、それ以来、博士の学位審査も含めてほとんどのプレゼンテーションは iWork (というか Keynote) だ。口頭発表のスライドも、ポスター発表のポスターも、みんなこれで作っている。Mac 版の MS Office はなんだか重たい感じがするし...
iWork の弱点はアニメーションと数式とグラフだ、とずっと思っていたのだが、iWork '08 のアニメーションはかなり強力で、洗練されたインタフェイスにまとまっていると思う。グラフは Numbers が入ったことでかなり自由度が上がって、これで充分といってもいいだろう。Numbers は「ふつうの人のための表計算」であって、理系の仕事で使う場合の自由度は Excel ほどではないけれど、Excel の機能が全部必要になるようなことは、そもそもあんまりない。数式はまあ、Grapher で書けないときは工夫するしかないかな。
基本的な操作はある程度 help とかを読んで覚えないといけないのだが、そのあとはいろいろ使っているうちにどんどんわかってくる、というのが Apple のユーザインタフェイスのすごいところだ。まったく恐れ入ります。こういうのが作れるといいなー...
ローソンで売ってた、リラックマどらやき。
かわいい。
ピントが甘くてほんとすいません。
Dock: http://dock.compbio.ucsf.edu/
ドッキング解析をやってくれるプログラム。
ゲノムひろば というのは、日本でゲノム研究に携わっている人々を一箇所に集めて、一般の人々にむけた発表と交流の場にしよう、というイベントで、いままで東京や京都や、福岡なんかでも開催されてきた。今年は大阪で、10月13日と14日の開催だった。
会場は、大阪天満橋の駅のすぐそばにある、OMM ビル。東京でいえば国際フォーラムみたいなものかな。もうすこし小さいけれど。2階は展示ホールになっており、そこを何部屋か借りて開催。
懇親会。兄弟にいる友人はこのイベントを主催している研究室の学生で、「昨日は4分しか寝ていないんです！」だって。4分って、それ、寝てないのと同じだよ... おつかれさまです。
写真は終わる頃にとったので、あんまり人がいないんですが、二日とも大盛況でした。すごかった。
一般の人の関心がけっこう高いんだな、ということを感じるとともに、けっこう真面目にニセ科学みたいなものを信じてしまっている人も何人かきたりなんかして、それも問題だなー、と思った。広報とかそういう、社会との接点の部分はめんどくさくなりがちですが、僕らの研究費の多くは税金で賄われているわけだし、きっちり説明する責任があるよね。みんなに説明する、ということはつまり、次の世代の研究者を育てていく、ということでもあるし。
- マウス (USB の、2ボタンかそこらの) を持っていく
- 大腸菌 (K12 と O157 かなんか) のゲノム比較のデータを作る
忙しい、というのは大抵言い訳なので、
あまり認めたくないんですが、やっぱり忙しいです。
学会なんかの発表は立て続けにやってくるし、中には人生かかったプレゼンテーションとかもあるので。
あちこち知らずにご迷惑をおかけしていると思います。ほんとすみません。
東京に帰ってきたら、家においていった MacBook で仕事してみたりしたわけですが、
いや、Core2Duo 速すぎです。G4 PowerPC でコンパイルするのと全然ちがう...
コード修正→make した→実行！→だめだった→ふりだしに戻る が、ぐるぐる回るときはいい感じです。
しかしね、画面が広いのは強烈に便利なんだよね。
つまり、MacBook Pro 17" が現時点で最高のソリューションなわけだ。だれか買ってー。
海外には変な日本語が氾濫してますが、
この本はかなり衝撃的。
日本に帰ってきて、しばらく落ち着くので (大阪とか京都いくけど)、
定期券買いました。今週は雨だしね。
せめて筋トレはさぼらないようにしよう。
出先のアメリカのホテルで猛烈に実装中。
1680x1050 の 17 インチディスプレイは最高に便利です。
持ち運びはつらいけどね。
うおー、
走りたいぜ！
こう出張ばっかりだと、ストレスたまるなあ。
そういえば、こっちくるときのフライトは 777 だったんだが、747 だと窓側の席の上にあるエアコンの吹き出し口が、777 では通路上に設置されており、静かなのと、直接風が当たらないので快適だった。こないだ SQ の 747 で LAX に飛んだときは、
寝ている間に眼が乾いちゃって、左眼の表面に傷が付いて、最初の一日はよく見えなくて不快だったんだけど。
777 までは通路上2カ所から下向きに風が出ていたのが、787 は左右のラゲッジスペースの上下計4カ所からの横向きになるんだそうだ。787 はもちろんボーイングの機体だが、多くの日本の部品と、launch customer である ANA の意見ががっちり入っており、そういう飛行機が来年から世界中を飛ぶというのは、日本のエンジニアとして、なんだか嬉しい。
今年二度目のアメリカ。
海岸のリゾートな感じの場所にあるカンファレンスの会場からダウンタウンのホテルまで、歩いて30分。昔大暴動が起きたロス近郊であり、ダウンタウンは、特に夜なんかは、それなりに怖い。怖い、というのは、結局のところ、アメリカの社会のさまざまな問題が顕在化した結果なのだ。それに比べれば、日本はまだマシだと思う。もちろん、日本も昔と違って、アメリカ化しつつある気がする。みんなでちゃんと考えていかないとね。で、結局、滞在中は、夜に会場から戻ってくるときも含めて、公共交通機関は使わなかったのだが (電車の切符は一度買ったのだが、全然こないのでついカッとなって、歩いて帰ってきてしまった)、安全を確保するために大事なのは「地元の人っぽく振る舞う」ことなんじゃないか、という話を、昼食のときにウィーンの大学の先生とた。地図をみてキョロキョロしたり、というのが、やっちゃいけないことの代表例だ。他民族国家だし、サングラスかけてヘッドフォンして歩いてれば、地球の反対側からやってきた奴だとは誰も思わない。
ま、いろんなことはあるが、この国の連中は基本的にみんな気のいい奴であり (ワシントンあたりの偉い人たちは違う気がする。これは日本でも同じだ)、僕は彼らが好きだ。彼らはたぶん、僕ら日本人と違って誰もが、おおらかに人生を楽しむ、ということを知っている。
ああ、この国の人たちっていいな、と思ったのは何年か前に UA の LAX 行きの便に乗った折、定刻より 45 分くらい早く着陸して、そのときに客席から一斉に拍手が起きたときだ。その頃はまだ、アメリカにはほとんどきたことがなくて、だから一人で街を歩いたこともなかった。だから、アメリカというと、なんかこう、犯罪に巻き込まれるイメージしかなくて、一歩引いたところから見ていたのだけれど、その時に僕のアメリカ像がだいぶ変わった気がする。日本人は飛行機がはやく着陸したからといって、拍手なんかしないけど、この人たちは素敵だな、と思ったのだ。
ただ、ここに住むか、といわれると、やっぱり日本とか、あるいは欧州の田舎とか、そういうところのほうがいいかなー、と思うのだが...
新世代ネットワーク推進フォーラム。
こんなことやってて大丈夫か、日本。
おまえらまじめに研究しろ、と、つまりそういう意味ですかね。
がんばります。
[ Changing Volumes: S. Hoops ]
体積が変化する場合、initialAmount の場合と initialConcentration の場合で、違う挙動をしなきゃいけない (concentration なら維持するが、amount なら濃度が変化しなきゃいけない... んだと思う)。
hasOnlySubstanceUnit flag
[ MathML: N. Le Novére ]
扱えるようにしたいもの:
sum, product, vector, matrix, selector etc.
SBML は MathML の使える範囲を限定するべきかどうか? うむむ。
[ Putting state-variables on SBML entities: N. Le Novére ]
Stochsim のモデルのプロパティの縮小版。
[ Rule-based modeling ]
Reaction based modeling = 数式に帰着できる
Rule based modeling = SBGN
たとえば physical entity (bond とか) 。
なにがどこに bind みたいのを書ける (いまは celldesigner とかが独自に表現しているやつだ)。
[ らいねんの Hackathon ]
3月に すてれんぼっしゅ (South Africa)
うわ、マジ遠いな...
[ SBML Development process: M. Hucka ]
12月に選挙をして来年から Editor がふえるよー。
[ Status of SBML: M. Hucka ]
Survey by Klipp et al. [ Nat. Biotech. Apr 07]
- 80% は標準化が必要だと認識
- 60% は SBML を使っているといっている
今後の課題
- Validation: Test suite の充実
- Semantics: MIRIAM + SBML recommendation (annotation approach), SBO (annotations regarding mathematical approach), etc.
- Governance: SBML の開発体制をどうするか
[SABIO-RK database: M. Golebiewski @ EML]
シミュレーションには実験による kinetics data が必要で、その kinetic parameter は環境条件によって大きくことなり、酵素の活性とかは生物種その他によって異なる。そういうのを網羅的に扱うデータベース。
人手による作業が大変そうだ。
[ VCell: J. Schaff ]
PIP2 diffusion のシミュレーション結果とか出てた。How cool!
[ SBML3 orientation: M. Hucka ]
SBML を「モジュール化」する。たとえば XML の namespace を使って。
じゃあ、SBML3 の "Core" はどうすればいい?
Level 3 でできてほしいこといろいろ。
[ Modifying SBML level 2 to be Level 3 Core: N. Le Novére ]
なんとかしたいこと
- Inclusion
- Unit of kineticLaw
- Extension of MathML
- No mandatory orders on dependencies
< listOfModules > ができるかな?
[ Model Composition / Aggregation: I. Moraru ]
階層構造は atoms which are not really atomic で実現される。なるほど。
Hierarchal model extension
- Model Container: listOfSubmodels
- Linking elements = overloading: ListOfReplacements
[ Spatial modeling : J. Schaff ]
mesh とは限らないぞ！
1次元や2次元 (膜とか) の系もある。
場、とかも考えねばならないときがある。
うひー。
先日米国から帰国したばっかりですが、また行ってきます。
SBML Forum に出るのだ。
FreeBSD の ports で、gtk の cups support のところでエラーになるなー、と思ってたら、環境依存ではなくて、やっぱり世の中一般のバグだったらしい。
いま portsnap fetch update したら gtk が新しくなってて、修正パッチが当たってた。
ありがたや。
Solaris 10 のパッチを SunSolve から手に入れるには、Solaris Subscriptions への加入が必要だそうだ (Solaris9 までは無償)。
Basic だと 15,000 円くらいみたい。
実は三菱の車が結構好きだ。
ランエボ X、なんか、フロントがスカイラインっぽいな。34 あたりの。
4G63 じゃなくなったのはなんか残念だ。レースを勝ちまくったエンジンだしね。
まー、当分自動車は買わ (え) ないと思うが。
プロジェクタ買った。といっても、スライド見るやつだが。
Zeiss Ikon で、西独製。たぶん 1986 年くらい。上野の「アメ横カメラ」で、15000円！
電球は 24V 250W のハロゲンで、わりとどこでも手に入るやつ。
マガジンは欧州ではスタンダードなものらしくて、GEPE とかで作ってるのだが、日本ではどこで手に入るかな...
高校時代に撮った写真とかはちゃんと選んで mount してあるので、
さっそく壁に映して眺めてみた。
諧調再現性や解像度が無敵に高いところが、生フィルム映写の凄さだ。
最近の写真もちゃんと mount しなきゃな。
というわけで、今日はスライドマウントを大量に購入する予定。
