僕が広島にいるわけじゃないですけれど (ま、こないだ行ったが)。
さだまさしの「夏 長崎から」が去年で終わって、
今年は「夏 広島から」というのをやるそうだ。
そうかー。長崎から、に行ったのはもう15年近く前だな。
稲佐山から見下ろす夕暮れの海がとてもきれいだった。
しみじみ。
July 2007 Archives
昨夜はフットサル。
初めてだぜ。
相変わらず球技は苦手なんだが、めちゃめちゃ面白かった。
足の裏がむけてしまったので、しばらくお休みです。
自転車ロードレースって足の裏の皮膚が厚くならない部類の競技なんだな。
暑すぎ。
36.55km @ 26.7km/h (1h21m56s) odo 3564.5km
陸上 100m のアジア記録で、9.99 sec. っていうのが出たんだそうです。
時速に換算すると 36km ちょい。
当然、スタートの加速フェーズも入ってるわけで、すげーなー。
今日は後輩とご飯を食べにいったので、けっこう回り道になって、久々に 40km をこえた。
ご飯食べてからはグダグダになってしまい、平均 26.4 とかいうありさまです。
46.37km @ 26.4km/h (1h45m20s) odo 3527.9km
チャリ復活。
往路は向かい風で、平均が 27.3 かなんかだった。
復路で挽回した。でも、往路は途中計測が止まってたみたい。
33.94km @ 28.1km/h (1h12m16s) odo 3480.8km
とにかく暑いんだが、それでもチャリはいいですね。
しばじゅんドラマ出演。
わお。見なきゃ！
The Legend of Tour de France: The Greatest Italian Champions という DVD を買ってきた。
バルタリ、コッピ、ジモンディ、で、パンターニですよ。
うおおお、パンターニ (髪の毛あり) がアタック！アタック！
インデュラインが黄色いジャージで追いかけてくるぜ。
半端じゃない上りっぷりです。
かっこよすぎ。
マジすげえっす。
いや、買ってよかった。
最近の工業製品の海賊版には、不正量産、というのがあるそうだ。
どういうことかというと、外部の業者に量産を委託した場合に、たとえば100個製造して納品すればいいところを、200個作って100個納品して、あとは勝手に売っちゃう、というような方法らしい。
つまり、場合によっては本物とまったく同じものが不正に流通しうるわけで、恐ろしい話だ。
今日はアポロ12号が月面に着陸した日です。
今日は http がしゃべれるようになった。
HTTP 1.1 では chunk transfer mode というのがあり、これは on-the-fly で生成したデータを送れる仕掛けで、けっこう面白いな。データベースのクエリなんかを動的に返す場合に便利なわけだ。
あと、HTTP では、改行は CR+LF だということを、はじめて知った。
DAS client を本気で実装することにしようと思う今日この頃。
DSN のアドレス:
UCSC: http://genome.cse.ucsc.edu/cgi-bin/das/dsn
EnsEMBL: http://www.ensembl.org/das/dsn
KEGG: http://das.hgc.jp/cgi-bin/das/kegg/dsn
DSN entry の、MAPMASTER で示される URL (たとえば http://genome.cse.ucsc.edu:80/cgi-bin/das/hg18) のうしろに、entry_points をつけてやると、そのデータベースの entry point が出る。
http://genome.cse.ucsc.edu:80/cgi-bin/das/hg18/entry_points とか。
同様に、types をつけてやると、そのデータベースから手に入るデータタイプのリストが手に入る。
http://genome.cse.ucsc.edu:80/cgi-bin/das/hg18/typesとか。
entry point には segment (つまり、染色体とか) の id のリストが載っているから、
http://genome.cse.ucsc.edu:80/cgi-bin/das/hg18/features?segment=1:1,5000
みたいに叩けば、1番染色体の 1-5000bp のところのデータががっつり取れる。
ほかにも、
http://genome.cse.ucsc.edu:80/cgi-bin/das/hg18/features?segment=1:1,100000;type=knownGene
特定の type だけを選んだり、
http://genome.cse.ucsc.edu:80/cgi-bin/das/hg18/features?segment=1:1,100000;type=knownGene;type=refGene
複数のtypeを選んだりできる。
UCSC の DAS は human genome とかだとかなりよさそう (EnsEMBL のデータも入ってるし)。
ensGene(EnsEMBL gene), knownGene, refGene, mrna, ECGene (cDNA ベースの予測ツールの結果), geneid (ab initio の予測ツールの結果), genscan(ab initio の予測ツールの結果), nscanGene(比較ゲノムベースの予測ツールの結果) などのデータが使えそう。Thanks to Hacchy!
Tour de France のアルプス山岳ステージが終了。
ヴィノクロフは落車とかもあって、調子悪い感じ。
がんばれ！
俺はまだヴィノの優勝をあきらめてないぜ。
MPD という PPPoE の実装を使うと、FreeBSD 標準の PPPoE より速いらしいぞ！ Netgraph 使ってるんだな。
PPTP サーバとかにもなる。
CAcert.org: 無料の SSL 認証局
コピーの裏写りをなくす方法
うわ、なんて簡単なんだ！
やってみよう...
後藤さんによる FreeBSD unionfsの改善提案および修正状況。
最近ちょっと unionfs を使ってみてるのだけど、けっこう不安定な感じ。今後に期待です。
Every object that biology studies is a system of systems. (Frabcius Jacob: 1974)
To understand just on life, you have to swallow the world (someone, 1981)
[ Genome-scale metabolic model of Mycobacterium tuberculosis: what does the TB bacillus eat? ]
治癒には6ヶ月かかる。slow growth mechanism をぶっ壊したい。
急速に発症するのはほとんどが子供への感染の場合。
5-10% がすぐ発症し、90-95% が潜伏。
4 drugs for 6 months to kill TB. でもいろいろ殺しちゃう。
副作用を回避するためにはもっと短期間で済む薬剤が必要。
chemostat を使って、in vivo で TB をいくつかの状態で定常状態に持っていき、transcriptome などをとる。
FBA でモデルを立ててる→mutation の結果を予測するのにも使えるぜー。
しかし、pathway がいろいろわからなかったりとか、いろんな問題がある...
どの遺伝子が essential かを in vitro で検証
TP 146 FP 87 TN 399 FN 85. けっこういい感じだ。
glycerol の供給を減らしてやると、倍増にかかる時間が19時間から69時間に。
TB をはじめとして、多くの抗原が宿主内で長生きするために Isocitrate lyase を必要とする。こいつを knockout してやると、slow growth できなくなることを実験で確認した。
GSMN-TB web server (Genome Biol. 2007, 8(5):R89)
future work: host metabolism を入れてやる必要あり (macrophage とか)
[ In vivo robustness analysis of cell division cycle in yeast with genetic Tug-Of-War method ]
もりやさん @ JST PRESTO / Cancer institute
- what's gTOW ?
- ongoing projects with gTOW
KO (knockout) = reduce gene expression level to 0
KD (knockdown) = reduce to unknown level
OP (overexpression by promoter swapping) = increase to unknown level
gTOW = increase to some regulated level
target gene を入れたプラスミドを作って、ずがーっと増やすんだけど、コピー数を制御するために bias がかけられるような設計にしておく。コピー数の制御ができることは GFP を使って確認してる。
出芽酵母では計算機モデルより、実際の細胞のほうが robust だった！
分裂酵母ではわりと同じ感じ。
他の微生物には適用できる？
→ i'm planning to apply on E.coli
[ The interplay between gene regulatory and metabolic reaction networks in streptomyces ]
環境による phenotypic switching
analysis of microarray data in the context of constraint based models of genome scale metabolic reaction networks.
昨日は久しぶりに献血いってきた。
心拍 52bpm, 血圧 52-100。数字だけはいたって健康です。
もともと腕の血管は太い方ですが、最近体脂肪率がさがってきて、すごいことになってる。
こないだ研究室で話題になってたのだが、前回献血時の総コレステロール量は154.
第2ステージ終わり。
Steegman & Boonen は地元ベルギーで 1-2 finish.
いやー、いいね。かっこいいね。
そして、David Millar が総合3位にいるぜ！
おかえりなさい。
俺はといえば、帰りにどっかの工事現場で、舗装なおした直後だったらしくて、タールかなんかでタイヤがべたべたになり、げっそり。だって、走ってるとずーっとべたべたべたべた音がするんですよ。
36.20km @ 27.6km/h (1h18m34s) odo 3441.2km
あー、ぼーっとしてたら、はじまっちゃってる。
Prologue: Cancellara, Kroeden, Hincapie
Etape 1: McEwen, Hushovd, Boonen
とまあ、そういうわけで、なんか、予想通りの面々です。
今年は Vinokorourov に優勝してもらいたいなー。
土曜は久々にチャリ乗った。しばらくサボっており、体重も増え気味だったのでどうなることかと思ったが、圧倒的だった。明日も自転車で出勤する予定。あらゆるぶっちぎってやるぜ！
SPAM があんまりなので、しばらく MacOS についてくる Mail.app を使っていたのだが、やっぱりメールは Emacs で書いた方がなにかと幸せだ、ということがわかってきた。マウス使わなきゃいけないなんて、めんどくさすぎ。
そういうわけで、ちょっとメールサーバにしているマシンの環境を整備してみた。具体的には、
- procmail
- SpamAssassin
を入れただけですが。両方とも ports で楽ちん。
まず、/usr/local/share/spamassassin/10_default_prefs.cf を編集して、
report_safe 0
にした。これ、デフォルトは 1 で、そうすると SPAM と判定されたメールは添付ファイルとして送られてくるので、誤判定されたときにちょっと不便。
次に、procmail を使って、
- X-Spam-Status: ヘッダがなければ spamassasin に渡して、
- X-Spam-Status: Yes なら /path/to/my/imap/INBOX.SPAM へ、そうじゃなければ /path/to/my/imap/INBOX へ振り分け
という設定を書く。~/.procmailrc はこんな感じ。
PATH=/bin:/sbin:/usr/local/bin
DEFAULT=/path/to/my/imap/INBOX
LOCKFILE=$HOME/.lockmail
#LOGFILE=$HOME/.procmaillog
:0fw: .lockmail.spamassassin
*!^X-Spam-Status*
|spamassassin
:0
* ^X-Spam-Status: Yes
/path/to/my/imap/INBOX.SPAM
:0
$DEFAULT
DEFAULT=/path/to/my/imap/INBOX
LOCKFILE=$HOME/.lockmail
#LOGFILE=$HOME/.procmaillog
:0fw: .lockmail.spamassassin
*!^X-Spam-Status*
|spamassassin
:0
* ^X-Spam-Status: Yes
/path/to/my/imap/INBOX.SPAM
:0
$DEFAULT
~/.qmail はこれだけ。procmail に丸投げ。
|preline /usr/local/bin/procmail
それから、学習させるための script も書いてみた。SPAM とそうじゃないメールをちゃんと分けたあとで ssh 経由でリモートから叩けば簡単だし、SPAM フォルダも空にしてくれるし、いい感じだ。うちは IMAP のメールボックスが mbox 型式なので、メールをバラすのに im を使っているのだが、Courier-IMAP で Maildir 型式、とかならもっと簡単だと思う。
#!/bin/sh
imget --src=local:/path/to/my/imap/INBOX.SPAM --dst=+spam
sa-learn --spam ~/Mail/spam/*
rm -f ~/Mail/spam/*
imget --src=local:/path/to/my/imap/INBOX --dst=+ham --keep=1 > /dev/null
sa-learn --ham ~/Mail/ham/*
rm -f ~/Mail/ham/*
imget --src=local:/path/to/my/imap/INBOX.SPAM --dst=+spam
sa-learn --spam ~/Mail/spam/*
rm -f ~/Mail/spam/*
imget --src=local:/path/to/my/imap/INBOX --dst=+ham --keep=1 > /dev/null
sa-learn --ham ~/Mail/ham/*
rm -f ~/Mail/ham/*
誤判定は最初からほとんどなく、判定結果の精度はけっこういい感じだ。
四元数。
なんだか難しいのだが、すごいね。
制御だけじゃなくて、CG とかでも使うみたいだ。
Pukiwiki-mode と https に対応させるためのパッチ をインストールした。
Pukiwiki-1.4.5 では、index からページを選択して編集、というのができなかったんだけど、最新版の 1.4.7 にアップデートしたらちゃんとできるようになった。
なんていうか、えらい便利です。
http://biotech.nikkeibp.co.jp/bionewsn/detail.jsp?id=20045215&newsid=SPC2007062947609&pg_nm=1&sai1=0&new1=1&news1=0&icate=1
